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万見
- PDB-4hb3: Crystal structure of CRM1(T539S)-Ran-RanBP1 with weakly bound unm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hb3
タイトルCrystal structure of CRM1(T539S)-Ran-RanBP1 with weakly bound unmodeled Leptomycin B
要素
  • Exportin-1
  • GTP-binding nuclear protein Ran
  • Ran-specific GTPase-activating protein 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT/ANTIBIOTIC / HEAT repeat / nuclear export / Ran-RanBP1 / LMB / leptomycin B / PROTEIN TRANSPORT-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / manchette / cellular response to mineralocorticoid stimulus ...tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / manchette / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / importin-alpha family protein binding / protein localization to kinetochore / SUMOylation of RNA binding proteins / U4 snRNA binding / protein localization to nucleolus / spindle pole body / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / nuclear export / Nuclear import of Rev protein / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / RNA export from nucleus / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear import signal receptor activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / MAPK6/MAPK4 signaling / dynein intermediate chain binding / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal large subunit export from nucleus / spermatid development / U5 snRNA binding / viral process / U2 snRNA binding / positive regulation of protein binding / U6 snRNA binding / sperm flagellum / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / mRNA export from nucleus / U1 snRNA binding / ribosomal small subunit export from nucleus / centriole / GTPase activator activity / protein export from nucleus / mitotic spindle organization / male germ cell nucleus / hippocampus development / Transcriptional regulation by small RNAs / G1/S transition of mitotic cell cycle / recycling endosome / kinetochore / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / GDP binding / melanosome / nuclear envelope / mitotic cell cycle / G protein activity / actin cytoskeleton organization / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / GTP binding / protein-containing complex binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal ...Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Exportin-1 / Ran-specific GTPase-activating protein 1 / GTP-binding nuclear protein Ran
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sun, Q. / Chook, Y.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Nuclear export inhibition through covalent conjugation and hydrolysis of Leptomycin B by CRM1.
著者: Sun, Q. / Carrasco, Y.P. / Hu, Y. / Guo, X. / Mirzaei, H. / Macmillan, J. / Chook, Y.M.
履歴
登録2012年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22013年2月6日Group: Database references
改定 1.32013年5月8日Group: Structure summary
改定 1.42017年7月26日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding nuclear protein Ran
B: Ran-specific GTPase-activating protein 1
C: Exportin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,8006
ポリマ－158,2183
非ポリマー5823
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9240 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area57340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.118, 106.118, 305.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 24456.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62826
#2: タンパク質 Ran-specific GTPase-activating protein 1 / Chromosome stability protein 20 / Perinuclear array-localized protein / Ran-binding protein 1 / RANBP1


分子量: 16378.788 Da / 分子数: 1 / Fragment: RanDB1 (UNP residues 62-201) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41920
#3: タンパク質 Exportin-1 / CRM1 / Chromosome region maintenance protein 1 / Karyopherin-124


分子量: 117382.797 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / Mutation: T539S,Y1022C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30822

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非ポリマー , 4種, 71分子

#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細CHAIN C COMPRISES RESIDUES 1-376 AND 414-1058 OF EXPORTIN-1 (UNP P30822) WITH RESIDUES 377-413 DELETED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 18% PEG3350, 200 mM ammonium nitrate, 100 mM Bis-Tris, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 42836 / Num. obs: 41422

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0117 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 36.893 / SU ML: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.416 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27601 2151 5 %RANDOM
Rwork0.24108 ---
obs0.2428 40512 96.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 85.317 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10793 0 34 68 10895
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0211271
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.027613
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8371.96515294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.768318697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.53651379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.5625.094534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.98152079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4191551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.21747
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022231
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.455 139 -
Rwork0.42 2559 -
obs--92.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64110.5998-0.59061.8059-0.34112.85640.12670.04210.01530.00550.0166-0.1932-0.33320.2677-0.14330.0646-0.06750.0370.2667-0.07290.18444.12348.90732.059
21.43241.13121.01424.58450.85384.39060.0259-0.180.1167-0.2878-0.0702-0.1746-0.70340.22810.04420.3493-0.16380.16440.1238-0.03420.22746.64870.24217.098
30.598-0.1175-0.16010.65320.13831.22540.0658-0.007-0.0097-0.04310.0042-0.0851-0.14950.0373-0.06990.0243-0.01610.01240.0731-0.01890.1385-12.78238.51631.028
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 216
2X-RAY DIFFRACTION1A301 - 302
3X-RAY DIFFRACTION2B80 - 200
4X-RAY DIFFRACTION3C0 - 1052
5X-RAY DIFFRACTION3C1101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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