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- PDB-4hah: Structure of the Salmonella plasmid virulence C protein (SpvC) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hah
タイトルStructure of the Salmonella plasmid virulence C protein (SpvC)
要素27.5 kDa virulence protein
キーワードLYASE / Phosphothreonine Lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離 / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phosphothreonine lyase fold / phosphothreonine lyase / OspF/SpvC / OspF/SpvC superfamily / Salmonella virulence-associated 28kDa protein / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MAPK phosphothreonine lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Shenoy, A.G. / Johnson, S.J. / Hengge, A.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Mechanistic and structural investigations of phosphothreonine lyase class of enzymes.
著者: Vyacheslav, I.K. / Shenoy, A.G. / Johnson, S.J. / Hengge, A.C.
履歴
登録2012年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 27.5 kDa virulence protein
B: 27.5 kDa virulence protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3622
ポリマ－55,3622
非ポリマー00
水8,431468
1
A: 27.5 kDa virulence protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6811
ポリマ－27,6811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 27.5 kDa virulence protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6811
ポリマ－27,6811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.528, 71.912, 106.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 27.5 kDa virulence protein


分子量: 27681.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: mkaD, PSLT038, SPV, spvC, vsdD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus (RIL) / 参照: UniProt: P0A2M9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 3350 (a 50% w/v solution) 0.1M Ammonium Chloride (1M stock solution) , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年5月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→32.264 Å / Num. all: 331429 / Num. obs: 45887 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.22 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.35 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 4573 / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→32.264 Å / SU ML: 0.59 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 1988 4.36 %random
Rwork0.1935 ---
obs0.1952 45609 97.83 %-
all-47397 --
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.385 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4282 Å20 Å20 Å2
2--0.8316 Å2-0 Å2
3---5.6137 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.264 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3496 0 0 468 3964
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073580
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0244814
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2711362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069482
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004646
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8-1.86430.35871690.33123726372685
1.8643-1.9390.29381950.28244232423296
1.939-2.02720.30121970.23784366436699
2.0272-2.13410.27462000.20984370437099
2.1341-2.26770.22862010.18834402440299
2.2677-2.44280.22882000.183844084408100
2.4428-2.68850.2692030.19344474447100
2.6885-3.07730.23932030.192144594459100
3.0773-3.8760.20942060.172145284528100
3.876-32.26910.18522140.171346834683100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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