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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4h8p | ||||||
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タイトル | NEAT5 domain of IsdX2, a B. anthracis hemophore in complex with heme | ||||||
要素 | Iron Transport-associated domain protein | ||||||
キーワード | HEME-BINDING PROTEIN / NEAT domain Near Iron Transport / Heme Transport Heme Acquisition / Hemophore | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus anthracis (炭疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Owens, C.P. / Goulding, C.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013 タイトル: The Near-iron Transporter (NEAT) Domains of the Anthrax Hemophore IsdX2 Require a Critical Glutamine to Extract Heme from Methemoglobin. 著者: Honsa, E.S. / Owens, C.P. / Goulding, C.W. / Maresso, A.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4h8p.cif.gz | 42.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4h8p.ent.gz | 28.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4h8p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/4h8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/4h8p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14706.717 Da / 分子数: 1 / 断片: NEAT5 domain, UNP residues 675-797 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: BA_4787, BAS4442, GBAA_4787 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81L45, UniProt: A0A6L8PXZ2*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.1 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 10% PEG 3000, 0.2 M Zn acetate and 0.1 M sodium acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月19日 |
放射 | モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→54.51 Å / Num. obs: 13751 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.148 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3SIK 解像度: 2.05→34.475 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.42 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.884 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→34.475 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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