ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | PHASER | 2.1.4位相決定 | | PHENIX | 1.6.4_486精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.068→45.508 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / FOM work R set: 0.8598 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.73 / 立体化学のターゲット値: MLHL
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2238 | 1319 | 5.08 % |
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Rwork | 0.1825 | - | - |
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obs | 0.1847 | 25975 | 98.94 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.52 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 65.14 Å2 / Biso mean: 20.8442 Å2 / Biso min: 2.72 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 3.0274 Å2 | -0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -2.6411 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.3863 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.068→45.508 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3469 | 0 | 0 | 314 | 3783 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.007 | 3599 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.039 | 4927 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.076 | 511 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.004 | 645 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.964 | 1202 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.0685-2.1513 | 0.2535 | 122 | 0.1981 | 2601 | 2723 | 95 | 2.1513-2.2492 | 0.2286 | 147 | 0.196 | 2651 | 2798 | 98 | 2.2492-2.3678 | 0.2448 | 136 | 0.1872 | 2692 | 2828 | 99 | 2.3678-2.5161 | 0.2688 | 148 | 0.1855 | 2703 | 2851 | 99 | 2.5161-2.7104 | 0.2316 | 135 | 0.1924 | 2745 | 2880 | 100 | 2.7104-2.9831 | 0.2446 | 148 | 0.2037 | 2739 | 2887 | 100 | 2.9831-3.4146 | 0.262 | 168 | 0.191 | 2771 | 2939 | 100 | 3.4146-4.3015 | 0.1741 | 156 | 0.1563 | 2813 | 2969 | 100 | 4.3015-45.5189 | 0.1987 | 159 | 0.1752 | 2941 | 3100 | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.4252 | 0.2843 | -0.0052 | 0.7152 | -0.2254 | 0.0983 | 0.0483 | 0.0129 | -0.0038 | 0.2158 | -0.0926 | -0.1094 | -0.0448 | -0.0507 | -0.0052 | 0.0592 | -0.0123 | -0.0094 | 0.0503 | 0.0002 | 0.0382 | 5.2565 | -0.4733 | -27.7358 | 2 | 0.2192 | 0.0828 | -0.0717 | 0.6994 | -0.0823 | 0.4176 | 0.0184 | -0.0186 | -0.0131 | 0.0667 | 0.0849 | 0.1138 | 0.0123 | -0.0126 | 0.1207 | 0.0729 | -0.0109 | 0.0218 | 0.0739 | 0.0069 | 0.0858 | -12.034 | 21.7983 | -11.8909 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain AA1 - 226 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain BB1 - 225 | | | | |
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