PDB-4h7m: The X-ray Crystal Structure of the Trichoderma harzianum Endogluc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h7m

タイトル

The X-ray Crystal Structure of the Trichoderma harzianum Endoglucanase 3 from family GH12

要素

Endo-1,4-beta-glucanase

キーワード

HYDROLASE / endoglucanase / GH12

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulase / cellulase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Trichoderma harzianum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.068 Å

データ登録者

Liberato, M.V. / Polikarpov, I.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: X-ray Structure and Molecular Dynamics Simulations of Endoglucanase 3 from Trichoderma harzianum: Structural Organization and Substrate Recognition by Endoglucanases That Lack Cellulose Binding Module.
著者: Prates, E.T. / Stankovic, I. / Silveira, R.L. / Liberato, M.V. / Henrique-Silva, F. / Pereira, N. / Polikarpov, I. / Skaf, M.S.

履歴

登録	2012年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h7m.cif.gz	183.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h7m.ent.gz	153.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h7m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/4h7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/4h7m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2q04-1 6fym-1 4mye-d 5x07-1 4not-d 5k09-7 2q04-5 5x07-4 4f0e-3 4f0e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endo-1,4-beta-glucanase

B: Endo-1,4-beta-glucanase

49.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Endo-1,4-beta-glucanase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Endo-1,4-beta-glucanase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	47.542, 55.569, 157.261
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Endo-1,4-beta-glucanase 分子量: 24566.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichoderma harzianum (菌類) / 株: IOC-3844 / 遺伝子: Egl3 / プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): MutS / 参照: UniProt: I3RY46, cellulase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.81 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.0 M Sodium chloride, 12 %(w/v) PEG 6000, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.46 Å

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.46 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 26039 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.113 / Χ²: 1.002 / Net I/σ(I): 23.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.07-2.14	6.3	0.199	2487	1.057	1	97.5
2.14-2.23	6.4	0.187	2510	0.995	1	97.5
2.23-2.33	6.3	0.177	2534	0.998	1	98.6
2.33-2.45	6.4	0.164	2548	1.04	1	98.5
2.45-2.61	6.5	0.155	2589	0.965	1	99.3
2.61-2.81	6.7	0.143	2614	0.971	1	100
2.81-3.09	6.9	0.13	2617	1.015	1	100
3.09-3.54	7	0.119	2634	0.958	1	100
3.54-4.46	7	0.103	2668	1.029	1	100
4.46-50	6.7	0.07	2838	0.998	1	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 47.06 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	45.51 Å
Translation	2.5 Å	45.51 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.068→45.508 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / FOM work R set: 0.8598 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.73 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2238	1319	5.08 %
R_work	0.1825	-	-
obs	0.1847	25975	98.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 29.52 Å² / k_sol: 0.372 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 65.14 Å² / B_iso mean: 20.8442 Å² / B_iso min: 2.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.0274 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.6411 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.3863 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.068→45.508 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3469	0	0	314	3783

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3599
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.039	4927
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	511
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	645
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.964	1202

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0685-2.1513	0.2535	122	0.1981	2601	2723	95
2.1513-2.2492	0.2286	147	0.196	2651	2798	98
2.2492-2.3678	0.2448	136	0.1872	2692	2828	99
2.3678-2.5161	0.2688	148	0.1855	2703	2851	99
2.5161-2.7104	0.2316	135	0.1924	2745	2880	100
2.7104-2.9831	0.2446	148	0.2037	2739	2887	100
2.9831-3.4146	0.262	168	0.191	2771	2939	100
3.4146-4.3015	0.1741	156	0.1563	2813	2969	100
4.3015-45.5189	0.1987	159	0.1752	2941	3100	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4252	0.2843	-0.0052	0.7152	-0.2254	0.0983	0.0483	0.0129	-0.0038	0.2158	-0.0926	-0.1094	-0.0448	-0.0507	-0.0052	0.0592	-0.0123	-0.0094	0.0503	0.0002	0.0382	5.2565	-0.4733	-27.7358
2	0.2192	0.0828	-0.0717	0.6994	-0.0823	0.4176	0.0184	-0.0186	-0.0131	0.0667	0.0849	0.1138	0.0123	-0.0126	0.1207	0.0729	-0.0109	0.0218	0.0739	0.0069	0.0858	-12.034	21.7983	-11.8909

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	1 - 226
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	1 - 225

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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