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- PDB-4h75: Crystal structure of human Spindlin1 in complex with a histone H3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h75
タイトルCrystal structure of human Spindlin1 in complex with a histone H3K4(me3) peptide
要素
  • Histone H3
  • Spindlin-1
キーワードGENE REGULATION / Tudor domain / H3K4me3 binding / methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


gamete generation / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / methylated histone binding / meiotic cell cycle / Wnt signaling pathway / spindle / structural constituent of chromatin / nucleosome / chromatin organization ...gamete generation / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / methylated histone binding / meiotic cell cycle / Wnt signaling pathway / spindle / structural constituent of chromatin / nucleosome / chromatin organization / nuclear membrane / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spindlin/Ssty / Spindlin/spermiogenesis-specific protein / Spindlin/spermiogenesis-specific domain superfamily / Spin/Ssty Family / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A ...Spindlin/Ssty / Spindlin/spermiogenesis-specific protein / Spindlin/spermiogenesis-specific domain superfamily / Spin/Ssty Family / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3-7 / Spindlin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.098 Å
データ登録者Yang, N. / Wang, W. / Wang, Y. / Wang, M. / Zhao, Q. / Rao, Z. / Zhu, B. / Xu, R.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Distinct mode of methylated lysine-4 of histone H3 recognition by tandem tudor-like domains of Spindlin1.
著者: Yang, N. / Wang, W. / Wang, Y. / Wang, M. / Zhao, Q. / Rao, Z. / Zhu, B. / Xu, R.M.
履歴
登録2012年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22012年11月14日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spindlin-1
B: Histone H3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6927
ポリマ－28,1052
非ポリマー5885
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area11620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.429, 42.685, 50.307
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Spindlin-1 / Ovarian cancer-related protein


分子量: 27128.732 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-262 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPIN1, OCR, SPIN / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y657
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3


分子量: 976.155 Da / 分子数: 1 / 断片: H3K4(me3) peptide (UNP residues 2-9) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5TEC6

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非ポリマー , 4種, 115分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.1 M CHES, pH 9.5, 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.098→50 Å / Num. all: 16132 / Num. obs: 16119 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 35.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 2.098→2.18 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 1567 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NS2

2ns2


解像度: 2.098→38.866 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2183 808 5.03 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.1828 16132 --
obs0.1828 16078 99.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.898 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2204 Å2-0 Å20 Å2
2---4.0807 Å2-0 Å2
3---2.8603 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.098→38.866 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1675 0 34 110 1819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071767
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0642396
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.195666
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004301
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.098-2.22940.25251330.18372475X-RAY DIFFRACTION100
2.2294-2.40150.23131400.18422509X-RAY DIFFRACTION100
2.4015-2.64310.24081380.18532505X-RAY DIFFRACTION100
2.6431-3.02540.26371330.2032522X-RAY DIFFRACTION100
3.0254-3.81120.19871270.17352563X-RAY DIFFRACTION100
3.8112-38.87280.20371370.17712696X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.6656 Å / Origin y: 9.2954 Å / Origin z: 10.3739 Å
111213212223313233
T0.1608 Å20.0439 Å2-0.0035 Å2-0.1224 Å20.0302 Å2--0.1135 Å2
L2.6415 °20.1618 °2-0.1579 °2-2.4075 °2-0.1706 °2--2.4369 °2
S-0.0491 Å °-0.1913 Å °-0.0505 Å °0.2128 Å °0.1823 Å °0.246 Å °0.1104 Å °-0.2058 Å °-0.0512 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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