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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4h6i | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Staphylococcal Complement Inhibitor SCIN-B | ||||||
![]() | Fibrinogen-binding protein | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Complement System / Innate Immunity / Staphylococcus aureus Structural Biology | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Garcia, B.L. / Geisbrecht, B.V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Structurally Dynamic N-terminal Helix Is a Key Functional Determinant in Staphylococcal Complement Inhibitor (SCIN) Proteins. 著者: Garcia, B.L. / Summers, B.J. / Ramyar, K.X. / Tzekou, A. / Lin, Z. / Ricklin, D. / Lambris, J.D. / Laity, J.H. / Geisbrecht, B.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 57.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 449.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10123.601 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: SAV1159, SAV_1159 / プラスミド: pt7HMT / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.03 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 16mg/ml protein sample stored in 10mM Tris (pH 7.4), 50mM NaCl; Crystallization conditions: 0.2M AmSO4, 30% PEG 8k. Crystals appear in 5-7d, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月1日 / 詳細: mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 4.6 % / Av σ(I) over netI: 18.57 / 数: 25131 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.02 / D res high: 3.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 5479 / % possible obs: 93.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 3.093→50 Å / Num. all: 5479 / Num. obs: 5479 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 10.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: STARTING MODEL 3T49 解像度: 3.091→32.741 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.83 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 109.7075 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.091→32.741 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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