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- PDB-4h62: Structure of the Saccharomyces cerevisiae Mediator subcomplex Med... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h62
タイトルStructure of the Saccharomyces cerevisiae Mediator subcomplex Med17C/Med11C/Med22C
要素
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22
キーワードTRANSCRIPTION / MEDIATOR COMPLEX / NUCLEUS
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIH-class transcription factor complex binding / core mediator complex / mediator complex / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIH-class transcription factor complex binding / core mediator complex / mediator complex / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / cellular response to heat / DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22, Saccharomycetes / Mediator complex, subunit Med17 / Subunit 17 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator complex, subunit Med11 / Surfeit locus protein 5 subunit 22 of Mediator complex / Mediator complex protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lariviere, L. / Plaschka, C. / Seizl, M. / Wenzeck, L. / Kurth, F. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure of the Mediator head module.
著者: Lariviere, L. / Plaschka, C. / Seizl, M. / Wenzeck, L. / Kurth, F. / Cramer, P.
履歴
登録2012年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references
改定 1.22013年1月2日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
K: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
V: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22
Q: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4944
ポリマ－44,2993
非ポリマー1951
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area17360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)261.230, 261.230, 47.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 / Mediator complex subunit 11


分子量: 4341.593 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal region (Unp residues 84-115) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: MED11, YM9718.11C, YMR112C / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pRARE / 参照: UniProt: Q99278
#2: タンパク質・ペプチド Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator complex subunit 22 / Suppressor of RNA polymerase B 6


分子量: 3404.732 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal region (Unp residues 96-121) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: MED22, SRB6, YBR1721, YBR253W / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pRARE / 参照: UniProt: P32570
#3: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator complex subunit 17 / Suppressor of RNA polymerase B 4


分子量: 36552.348 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal region (Unp residues 377-687) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: MED17, SRB4, YER022W / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pRARE / 参照: UniProt: P32569
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES, 4 M ammonium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97972 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→130.615 Å / Num. all: 24338 / Num. obs: 24338 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 16.46
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.6922 / Mean I/σ(I) obs: 0.56 / Rsym value: 0.6922 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→65.308 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 31.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 621 4.99 %
Rwork0.2043 --
obs0.2056 24328 99.88 %
all-24338 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→65.308 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2544 0 12 0 2556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072586
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2183477
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4391015
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083416
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005434
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0001-3.12030.38871390.35862554X-RAY DIFFRACTION100
3.1203-3.26230.40651200.33082567X-RAY DIFFRACTION100
3.2623-3.43420.33751390.28682590X-RAY DIFFRACTION100
3.4342-3.64940.26141350.24232568X-RAY DIFFRACTION100
3.6494-3.93110.24371340.20572548X-RAY DIFFRACTION100
3.9311-4.32670.25161360.18942586X-RAY DIFFRACTION100
4.3267-4.95260.18061340.15312563X-RAY DIFFRACTION100
4.9526-6.23890.22231380.20622568X-RAY DIFFRACTION100
6.2389-65.32290.20191390.19342570X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6819-1.5348-0.56635.16482.00750.7862-0.36440.09740.01470.64211.1533-0.46670.6065-1.80530.85231.6481-0.4746-0.25342.12410.57491.189832.2847112.654795.3126
21.75620.65170.89579.11257.3876.06490.0963-1.2561-0.1580.5946-1.28981.8344-0.3833-1.373-1.87711.2972-0.06770.13021.13740.09810.791641.6547123.708598.3504
35.90092.59180.34093.1549-0.13534.465-0.03850.3658-0.74730.0679-0.0852-0.1740.2578-0.0592-2.78251.04190.0577-0.13530.85530.04641.140141.2822112.237784.1853
42.12090.3001-0.68022.8806-0.72023.4520.2571-0.3632-0.4130.3328-0.075-0.5063-0.42610.0157-0.00011.20480.0098-0.09331.01770.12790.916956.2513142.685888.7657
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN K AND RESID 93:111 )K93 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN V AND RESID 100:121 )V100 - 121
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN Q AND ( RESID 383:541 OR RESID 594:611 ) )Q383 - 541
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN Q AND ( RESID 383:541 OR RESID 594:611 ) )Q594 - 611
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN Q AND ( RESID 542:580 OR RESID 612:684 ) )Q542 - 580
6X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN Q AND ( RESID 542:580 OR RESID 612:684 ) )Q612 - 684

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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