PDB-4h5j: Crystal Structure of the Guanine Nucleotide Exchange Factor Sec12...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h5j

タイトル

Crystal Structure of the Guanine Nucleotide Exchange Factor Sec12 (P64 form)

要素

Guanine nucleotide-exchange factor SEC12

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / COPII vesicle budding / potassium binding site / beta propeller

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of COPII vesicle coating / COPII-mediated vesicle transport / protein secretion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.601 Å

データ登録者

McMahon, C. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The structure of sec12 implicates potassium ion coordination in sar1 activation.
著者: McMahon, C. / Studer, S.M. / Clendinen, C. / Dann, G.P. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.

履歴

登録	2012年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月14日	Group: Database references
改定 1.2	2013年1月9日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h5j.cif.gz	261.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h5j.ent.gz	220.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h5j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4h5j_validation.pdf.gz	434.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4h5j_full_validation.pdf.gz	438.2 KB	表示
XML形式データ	4h5j_validation.xml.gz	24.9 KB	表示
CIF形式データ	4h5j_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/4h5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/4h5j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4h5iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4h5i-1 6x7p-d 2p1a-d 4h5i-2 4g2o-d 4iis-2 3pzg-d 4g6w-d 7k9a-2 4ez8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Guanine nucleotide-exchange factor SEC12

B: Guanine nucleotide-exchange factor SEC12

ヘテロ分子

80.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Guanine nucleotide-exchange factor SEC12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Guanine nucleotide-exchange factor SEC12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	189.473, 189.473, 53.424
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質	Guanine nucleotide-exchange factor SEC12 / Protein transport protein SEC12 分子量: 40229.582 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-354 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SEC12, SED2, YNR026C, N3244 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11655
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.25 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.3 詳細: 91 mM Tris, pH 8.0, 181 mM potassium citrate, pH 8.3, 22% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9792, 0.9794, 0.9640

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月1日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9792	1
2	0.9794	1
3	0.964	1

反射

解像度: 2.6→100 Å / Num. obs: 34159 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Χ²: 1.072 / Net I/σ(I): 7.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.6-2.69	7.4	0.446	3419	0.827	1	99.8
2.69-2.8	7.6	0.354	3363	0.844	1	100
2.8-2.93	7.8	0.286	3369	0.868	1	99.9
2.93-3.08	7.9	0.208	3373	0.908	1	100
3.08-3.28	8	0.159	3398	0.995	1	99.8
3.28-3.53	8.4	0.123	3407	1.088	1	99.9
3.53-3.88	8.9	0.104	3413	1.148	1	100
3.88-4.45	9.1	0.09	3426	1.238	1	100
4.45-5.6	9	0.078	3435	1.313	1	100
5.6-100	8.9	0.072	3556	1.324	1	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
PHENIX	dev_1144	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CBASS		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.601→47.368 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2164	1726	5.06 %
R_work	0.1787	-	-
obs	0.1807	34137	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 130.34 Å² / B_iso mean: 34.2637 Å² / B_iso min: 4.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.601→47.368 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5261	0	6	86	5353

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5355
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.189	7237
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	867
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	913
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.635	1956

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.601-2.6772	0.2758	154	0.2183	2666	2820	99
2.6772-2.7636	0.2795	145	0.2124	2648	2793	100
2.7636-2.8623	0.2761	161	0.2176	2659	2820	100
2.8623-2.9769	0.2375	128	0.208	2721	2849	100
2.9769-3.1124	0.2588	126	0.196	2679	2805	100
3.1124-3.2764	0.2633	129	0.1952	2686	2815	100
3.2764-3.4817	0.2301	163	0.1944	2671	2834	100
3.4817-3.7504	0.214	139	0.1716	2696	2835	100
3.7504-4.1276	0.2028	136	0.1788	2720	2856	100
4.1276-4.7244	0.1898	148	0.1323	2711	2859	100
4.7244-5.9504	0.1673	157	0.146	2739	2896	100
5.9504-47.3761	0.1596	140	0.18	2815	2955	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0435	-0.038	0.003	0.0263	-0.0011	-0.0013	0.0266	0.0493	-0.1026	-0.0581	-0.0352	0.0887	0.0233	-0.0243	-0.0287	0.12	0.1823	-0.1173	-0.0609	-0.0548	0.1832	67.5034	25.4956	-15.6503
2	0.0127	-0.0167	-0.0127	0.0138	0.0154	0.0141	-0.0624	-0.044	0.0086	0.0396	0.0104	0.0318	0.0203	0.0188	-0.0457	0.3024	0.2179	-0.0034	0.1946	-0.0117	0.1784	64.4703	35.8408	4.2907
3	-0.0005	-0.0005	-0.001	0.0094	0.0125	0.016	-0.0299	-0.0327	-0.0518	0.087	0.098	0.1167	0.0161	-0.0469	0.0807	0.1806	0.1812	0.1308	0.0761	0.1411	0.3292	64.0334	16.1058	4.3182
4	0.0093	0.0037	-0.0034	0.0048	-0.001	0.002	0.012	-0.0101	-0.0117	0.0022	-0.0125	0.0105	0.0029	0.0028	-0.0076	0.1943	0.0423	0.0142	0.0708	0.0166	0.0195	93.8978	-10.6315	-4.6619
5	0.0056	-0.0064	0.007	0.0064	-0.007	0.008	0.012	-0.0203	-0.0248	0.0147	-0.0174	-0.0236	0.0059	0.0109	0.0007	0.1293	0.028	-0.0037	0.0798	0.0479	0.0296	101.108	-12.5225	-0.1238
6	0.0134	-0.0025	0.0048	0.0052	0.0082	0.0076	0.0089	0.0135	-0.0155	-0.0722	0.0066	0.013	0.0438	-0.0018	0.0163	0.2552	0.0212	-0.0219	0.0371	0.0252	0.031	91.9549	-19.8044	-20.2707
7	0.0006	-0.0004	-0.0019	0.0059	0.0038	0.0043	-0.0019	0.0029	-0.0125	0.0011	0.0061	0.0058	-0.0035	-0.0042	0.0045	0.2064	-0.0121	-0.0509	0.0556	-0.0043	0.0906	75.905	-25.7941	-18.5507
8	0.0091	-0.0026	0.0032	0.0054	-0.0029	0.0033	-0.0032	0.0059	0.0207	-0.018	-0.0024	0.0047	0.0314	-0.0073	-0.0003	0.1968	-0.0069	-0.054	0.0934	-0.0211	0.1733	68.3214	-23.4238	-13.9961
9	0.008	0.0038	0.0031	0.0034	0.0069	0.0119	-0.0235	-0.0124	0.0036	-0.0039	-0.0167	0.0632	-0.0079	-0.012	-0.0243	0.1152	-0.0234	0.0387	0.0015	-0.0068	0.1546	72	-17.9152	-1.5459
10	0.0006	-0.0013	-0.0001	0.0011	0.0009	0.0029	0.0019	0.0005	0.0092	0.0108	-0.0075	0.0016	-0.0022	-0.0026	-0.0049	0.1082	-0.0095	-0.0184	0.0357	0.0347	0.0007	86.35	-11.7736	-0.3779
11	0.0015	0.0003	-0.001	0.0008	-0.0005	0.0017	0.0061	-0.0145	-0.0084	-0.0058	0.0054	0.0029	0.0025	-0.0106	-0.0001	0.158	-0.0254	0.0339	0.0523	0.0319	0.0586	84.7322	-15.7208	7.2538

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 144 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 145 through 224 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 225 through 344 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 39 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 40 through 65 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 66 through 164 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 165 through 200 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 201 through 224 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 225 through 304 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 305 through 328 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 329 through 347 )	B

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関連情報:EMDBヘッダ

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