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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4h5b | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of DR_1245 from Deinococcus radiodurans | ||||||
要素 | DR_1245 protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Secretion chaperone-like fold | ||||||
機能・相同性 | Yope Regulator; Chain: A, - #70 / Putative sensory transduction regulator YbjN / Putative bacterial sensory transduction regulator / Yope Regulator; Chain: A, / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / BROMIDE ION / : / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Deinococcus radiodurans (放射線耐性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Norais, C. / Servant, P. / Bouthier-de-la-Tour, C. / Coureux, P.D. / Ithurbide, S. / Vannier, F. / Guerin, P. / Dulberger, C.L. / Satyshur, K.A. / Keck, J.L. ...Norais, C. / Servant, P. / Bouthier-de-la-Tour, C. / Coureux, P.D. / Ithurbide, S. / Vannier, F. / Guerin, P. / Dulberger, C.L. / Satyshur, K.A. / Keck, J.L. / Armengaud, J. / Cox, M.M. / Sommer, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: The Deinococcus radiodurans DR1245 Protein, a DdrB Partner Homologous to YbjN Proteins and Reminiscent of Type III Secretion System Chaperones. 著者: Norais, C. / Servant, P. / Bouthier-de-la-Tour, C. / Coureux, P.D. / Ithurbide, S. / Vannier, F. / Guerin, P.P. / Dulberger, C.L. / Satyshur, K.A. / Keck, J.L. / Armengaud, J. / Cox, M.M. / Sommer, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4h5b.cif.gz | 138.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4h5b.ent.gz | 110.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4h5b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/4h5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/4h5b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 17524.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 株: R1 / 遺伝子: DR_1245 / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9RUY5 |
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-非ポリマー , 5種, 222分子
#2: 化合物 | ChemComp-BR / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-K / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.53 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.7 M NH4(SO4)2, 27% w/v glycerol, 100 mM KBr, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.91983 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月14日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91983 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→45.9 Å / Num. obs: 28448 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / % possible all: 95.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→45.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 4.507 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.394 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.231 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→45.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.995→2.047 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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