+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4h5b | ||||||
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Title | Crystal Structure of DR_1245 from Deinococcus radiodurans | ||||||
Components | DR_1245 protein | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Secretion chaperone-like fold | ||||||
Function / homology | Yope Regulator; Chain: A, - #70 / Putative sensory transduction regulator YbjN / Putative bacterial sensory transduction regulator / Yope Regulator; Chain: A, / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / BROMIDE ION / : / YbjN domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Deinococcus radiodurans (radioresistant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Norais, C. / Servant, P. / Bouthier-de-la-Tour, C. / Coureux, P.D. / Ithurbide, S. / Vannier, F. / Guerin, P. / Dulberger, C.L. / Satyshur, K.A. / Keck, J.L. ...Norais, C. / Servant, P. / Bouthier-de-la-Tour, C. / Coureux, P.D. / Ithurbide, S. / Vannier, F. / Guerin, P. / Dulberger, C.L. / Satyshur, K.A. / Keck, J.L. / Armengaud, J. / Cox, M.M. / Sommer, S. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2013 Title: The Deinococcus radiodurans DR1245 Protein, a DdrB Partner Homologous to YbjN Proteins and Reminiscent of Type III Secretion System Chaperones. Authors: Norais, C. / Servant, P. / Bouthier-de-la-Tour, C. / Coureux, P.D. / Ithurbide, S. / Vannier, F. / Guerin, P.P. / Dulberger, C.L. / Satyshur, K.A. / Keck, J.L. / Armengaud, J. / Cox, M.M. / Sommer, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4h5b.cif.gz | 138.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4h5b.ent.gz | 110.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4h5b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4h5b_validation.pdf.gz | 461.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4h5b_full_validation.pdf.gz | 466.1 KB | Display | |
Data in XML | 4h5b_validation.xml.gz | 16.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4h5b_validation.cif.gz | 23.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/4h5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/4h5b | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 17524.619 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Deinococcus radiodurans (radioresistant) Strain: R1 / Gene: DR_1245 / Plasmid: pET21d / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q9RUY5 |
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-Non-polymers , 5 types, 222 molecules
#2: Chemical | ChemComp-BR / | ||||||
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#3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-K / | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.04 Å3/Da / Density % sol: 59.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 1.7 M NH4(SO4)2, 27% w/v glycerol, 100 mM KBr, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.91983 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 14, 2010 / Details: Mirrors |
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91983 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→45.9 Å / Num. obs: 28448 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / % possible all: 95.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2→45.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 4.507 / SU ML: 0.072 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.127 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.394 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.231 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→45.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.995→2.047 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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