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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4h4v | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Ferredoxin reductase, BphA4 E175C/T176R/Q177G mutant (oxidized form) | ||||||
要素 | Biphenyl dioxygenase ferredoxin reductase subunit | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Flavoprotein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / dioxygenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acidovorax (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Nishizawa, A. / Harada, A. / Senda, M. / Tachihara, Y. / Muramatsu, D. / Kishigami, S. / Mori, S. / Sugiyama, K. / Senda, T. / Kimura, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Random Mutagenesis with the Project Assessment for Complete Conversion of Co-Factor Specificity of a Ferredoxin Reductase BphA4 著者: Nishizawa, A. / Harada, A. / Senda, M. / Tachihara, Y. / Muramatsu, D. / Kishigami, S. / Mori, S. / Sugiyama, K. / Senda, T. / Kimura, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4h4v.cif.gz | 103.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4h4v.ent.gz | 75.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4h4v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4h4v_validation.pdf.gz | 702.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4h4v_full_validation.pdf.gz | 705.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4h4v_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4h4v_validation.cif.gz | 33 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/4h4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/4h4v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4h4pC 4h4qC 4h4rC 4h4sC 4h4tC 4h4uC 4h4wC 4h4xC 4h4yC 4h4zC 4h50C 2gqwS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43180.227 Da / 分子数: 1 / 変異: E175C, T176R, Q177G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acidovorax (バクテリア) / 株: KKS102 / 遺伝子: bphA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E7FJB9, ferredoxin-NAD+ reductase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-FMT / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.28 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 2.5M Sodium formate, 0.1M acetate buffer, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月16日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→85.13 Å / Num. all: 95724 / Num. obs: 95724 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 12.24 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.48 Å / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2GQW 解像度: 1.4→47.221 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / FOM work R set: 0.8813 / SU ML: 0.11 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 18.53 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 55.09 Å2 / Biso mean: 16.4012 Å2 / Biso min: 5.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→47.221 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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