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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4h4q | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Ferredoxin reductase, BphA4 E175Q/Q177K (reduced form) | ||||||
![]() | Biphenyl dioxygenase ferredoxin reductase subunit | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Flavoprotein | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / dioxygenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nishizawa, A. / Harada, A. / Senda, M. / Tachihara, Y. / Muramatsu, D. / Kishigami, S. / Mori, S. / Sugiyama, K. / Senda, T. / Kimura, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Random Mutagenesis with the Project Assessment for Complete Conversion of Co-Factor Specificity of a Ferredoxin Reductase BphA4 著者: Nishizawa, A. / Harada, A. / Senda, M. / Tachihara, Y. / Muramatsu, D. / Kishigami, S. / Mori, S. / Sugiyama, K. / Senda, T. / Kimura, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4h4pC ![]() 4h4rC ![]() 4h4sC ![]() 4h4tC ![]() 4h4uC ![]() 4h4vC ![]() 4h4wC ![]() 4h4xC ![]() 4h4yC ![]() 4h4zC ![]() 4h50C ![]() 2yvfS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43221.250 Da / 分子数: 1 / 変異: E175Q, Q177K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-FMT / #3: 化合物 | ChemComp-FAD / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.91 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 2.5M Sodium formate, 0.1M acetate buffer, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月13日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→19.86 Å / Num. all: 34855 / Num. obs: 34855 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 25.88 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.06 Å / % possible all: 98.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2YVF 解像度: 1.95→19.855 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.09 / FOM work R set: 0.8546 / SU ML: 0.22 / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 21.41 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 53.64 Å2 / Biso mean: 20.2479 Å2 / Biso min: 4.43 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.855 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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