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- PDB-4h3w: Crystal structure of a putative secreted protein (BDI_1231) from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h3w
タイトルCrystal structure of a putative secreted protein (BDI_1231) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.00 A resolution
要素hypothetical protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / two beta barrel domains / secreted protein / ORFan / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Jelly Rolls - #1260 / Protein of unknown function (DUF4621), C-terminal domain / Protein of unknown function DUF4621 / Protein of unknown function (DUF4621) / Hypothetical Protein Tm1070; Chain: A / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / DUF4621 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Parabacteroides distasonis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein (BDI_1231) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2012年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein
B: hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8062
ポリマ－74,8062
非ポリマー00
水7,080393
1
A: hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4031
ポリマ－37,4031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4031
ポリマ－37,4031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.746, 65.323, 78.756
Angle α, β, γ (deg.)91.640, 92.350, 104.500
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein


分子量: 37402.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parabacteroides distasonis (バクテリア)
株: ATCC 8503 / 遺伝子: BDI_1231, YP_001302614.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A6LBC8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細1. THE CONSTRUCT (RESIDUES 24-352) WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG ...1. THE CONSTRUCT (RESIDUES 24-352) WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. 2. THE PROTEIN WAS REDUCTIVELY METHYLATED PRIOR TO CRYSTALLIZATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30.0% polyethylene glycol 4000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M TRIS pH 8.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97885
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月2日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97885 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→48.317 Å / Num. obs: 53817 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 30.595 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.87-1.940.571.813764397161.5
1.94-2.010.4212.518617509591.8
2.01-2.110.2713.922778626293
2.11-2.220.2154.820391556992
2.22-2.360.1556.820208556390.1
2.36-2.540.1169.121096570693.5
2.54-2.790.08812.219498533988.1
2.79-3.190.05718.520446557290.5
3.19-4.020.0424.519209528485.3
4.020.03828.419668545687.7

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XSCALEMarch 15, 2012データスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.87→48.317 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 7.939 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.155
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3.SOLVENT WAS EXCLUDED FROM TLS REFINEMENT. 4. THE PROTEIN WAS SUBJECTED TO REDUCTIVE METHYLATION PRIOR TO CRYSTALLIZATION LYSINES HAVE BEEN MODELED AS N-DIMETHYL-LYSINE (MLY).5. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 6. THE NOMINAL RESOLUTION IS 2.00 ANGSTROMS WITH 7826 OBSERVED REFLECTIONS BETWEEN 2.00-1.87 (71.2% COMPLETE FOR THIS SHELL) INCLUDED IN THE REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2382 2703 5.1 %RANDOM
Rwork0.1963 ---
obs0.1984 53272 86.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 171.09 Å2 / Biso mean: 42.5108 Å2 / Biso min: 20.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20.85 Å2-0.47 Å2
2--3.15 Å20.1 Å2
3----3.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→48.317 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4836 0 0 393 5229
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195112
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4792.0247004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.872311169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6375679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.90326.278223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.16515647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5071513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.2832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215798
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021037
LS精密化 シェル解像度: 1.872→1.921 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.489 91 -
Rwork0.449 2185 -
all-2276 -
obs--49.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.05420.62950.58280.98080.44131.7230.0862-0.00190.07990.0822-0.0289-0.025-0.197-0.085-0.05740.12040.03770.02040.01620.02120.157713.23153.793944.4131
20.7998-0.5499-0.54810.87950.41731.81450.09160.0158-0.0415-0.0781-0.0124-0.04150.2171-0.1386-0.07930.1189-0.0509-0.05060.02620.02520.15339.8578-23.923351.2473
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 350
2X-RAY DIFFRACTION2B38 - 349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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