ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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Blu-Ice | Maxデータ収集 | HKL-3000 | | 位相決定 | REFMAC | 5.7.0029精密化 | HKL-3000 | | データ削減 | HKL-3000 | | データスケーリング | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.15→29.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 0.838 / SU ML: 0.018 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.14313 | 5480 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.12835 | - | - | - |
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obs | 0.12909 | 104170 | 99.94 % | - |
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all | - | 104170 | - | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.577 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.86 Å2 | 0.86 Å2 | -0 Å2 |
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2- | - | 0.86 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | -2.79 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.1 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→29.94 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1955 | 0 | 30 | 417 | 2402 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.014 | 0.019 | 2137 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.001 | 0.02 | 1939 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.719 | 1.943 | 2946 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg0.821 | 3 | 4464 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg4.531 | 5 | 285 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg33.364 | 23.659 | 82 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg9.225 | 15 | 276 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg18.542 | 15 | 10 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.095 | 0.2 | 335 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.011 | 0.021 | 2519 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.003 | 0.02 | 487 | X-RAY DIFFRACTION | r_rigid_bond_restr4.23 | 3 | 4076 | X-RAY DIFFRACTION | r_sphericity_free56.165 | 5 | 110 | X-RAY DIFFRACTION | r_sphericity_bonded14.243 | 5 | 4389 | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.195 | 395 | - |
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Rwork | 0.171 | 7698 | - |
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obs | - | - | 99.54 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.5665 | 0.1176 | 0.0226 | 0.0361 | 0.085 | 0.6727 | -0.011 | 0.0332 | 0.0006 | -0.006 | 0.008 | -0.0034 | -0.0041 | 0.0165 | 0.003 | 0.0085 | -0.0032 | 0.0021 | 0.0078 | -0.002 | 0.0559 | 37.0618 | 29.1589 | 21.1569 | 2 | 0.4607 | -0.0728 | -0.003 | 0.0815 | -0.1097 | 0.5909 | -0.0117 | -0.0302 | -0.0098 | 0.0134 | 0.0056 | 0.0108 | 0.002 | -0.0231 | 0.006 | 0.0092 | 0.0019 | 0.0034 | 0.0074 | 0.0029 | 0.0545 | 24.4262 | 28.349 | 40.4539 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A3 - 130 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | B3 - 125 | | |
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