PDB-4h3m: mPlumAYC-E16A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h3m

タイトル

mPlumAYC-E16A

要素

Fluorescent protein plum

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Discosoma sp. LW-2004 (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Moore, M.M. / Chica, R.A.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Recovery of Red Fluorescent Protein Chromophore Maturation Deficiency through Rational Design.
著者: Moore, M.M. / Oteng-Pabi, S.K. / Pandelieva, A.T. / Mayo, S.L. / Chica, R.A.

履歴

登録	2012年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月16日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h3m.cif.gz	182.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h3m.ent.gz	144.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h3m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/4h3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/4h3m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4h3lC 4h3nC 2qlgS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4h3l-1 4emq-4 5ebj-d 2qlg-2 4uts-2 5h89-1 6yls-d 4zin-2 2qlh-2 5oqa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Fluorescent protein plum

B: Fluorescent protein plum

53.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fluorescent protein plum

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Fluorescent protein plum

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.240, 64.690, 94.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A' and (resseq 6:64 or resseq 69:204 or resseq 208:220 )
2	1	1	chain 'B' and (resseq 6:64 or resseq 69:204 or resseq 208:220 )

#1: タンパク質	Fluorescent protein plum / mPlumAYC-E16A 分子量: 26541.914 Da / 分子数: 2 / 変異: E16A,T195A,I197Y,A217C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Discosoma sp. LW-2004 (イソギンチャク) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5S3G7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	MET66, TYR67, AND GLY68 CIRCULARIZED INTO ONE CHROMOPHORE (NRQ).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.3 uL + 0.3 uL drops, precipitant: 200 mM magnesium chloride, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 50% (v/v) PEG200, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 90 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.5418, 1.5621, 1.7321

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月1日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	1.5621	1
3	1.7321	1

反射

解像度: 2→53.429 Å / Num. all: 26118 / Num. obs: 23844 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2-2.11	2.6	0.15	4.4	1	95.1
2.24-2.39				1	94.2
2.58-2.83				1	94.3
3.16-3.65				1	91.9
4.47-6.32				1	85.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QLG

2qlg

解像度: 2→40.26 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2744	1206	5.07 %	RANDOM
R_work	0.2148	-	-	-
obs	0.2178	23808	91.17 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.282 Å² / k_sol: 0.438 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.7892 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	6.1624 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.8828 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→40.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3185	0	0	211	3396

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3362
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.397	4581
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.992	1187
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	487
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	605

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1450	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1450	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.063

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0801	0.3324	126	0.2163	2575	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0801-2.1748	0.2812	139	0.1962	2526	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1748-2.2894	0.2907	161	0.2111	2410	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2894-2.4329	0.2873	126	0.2071	2608	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4329-2.6207	0.2932	124	0.2162	2521	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6207-2.8843	0.3298	148	0.2092	2458	X-RAY DIFFRACTION	90
2.8843-3.3015	0.2423	127	0.2142	2567	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3015-4.1589	0.2266	127	0.1978	2487	X-RAY DIFFRACTION	89
4.1589-40.2684	0.2675	128	0.25	2450	X-RAY DIFFRACTION	84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3136	0.2354	0.1907	0.236	0.0445	0.2834	-0.0105	0.0743	-0.0733	-0.0314	0.0268	-0.0743	0.0155	0.0536	-0.0797	0.0368	0.0011	0.0654	0.1156	-0.147	0.1586	-18.7464	-21.3027	-5.9755
2	0.2067	-0.1393	0.2523	0.3701	0.4735	1.8502	-0.1041	-0.127	-0.0182	0.1408	0.0998	0.0227	0.0783	0.0734	-0.1299	0.0502	0.0529	0.0102	0.0503	0.0434	0.0314	-19.0532	-20.9134	17.4881
3	0.8453	-0.3125	-0.4948	1.5786	1.0882	1.7525	-0.0694	-0.0474	-0.0423	0.1311	0.0277	0.0226	0.1736	0.139	0.0267	0.0952	0.0669	0.0758	0.079	0.0644	0.0235	-20.667	-23.5952	22.6596
4	0.0963	0.0436	0.1047	0.0744	-0.0554	0.6485	-0.0149	0.037	-0.0091	-0.0356	-0.0221	0.0191	0.0022	-0.0462	-0.0551	0.0282	-0.0344	-0.0223	0.0673	-0.0636	-0.0527	-23.6408	-18.6119	0.9423
5	2.7606	1.1458	-1.2864	1.3127	-1.0361	1.2831	0.0008	0.1063	0.0911	-0.0576	0.0752	0.0531	0.0358	-0.0653	0.0396	0.0167	-0.018	-0.0441	0.0919	0.0649	0.1283	-24.8866	-14.0108	2.0526
6	0.1018	0.158	-0.0413	0.2639	-0.0853	0.0308	0.0484	-0.0913	-0.0034	0.0773	-0.0018	0.0305	-0.0502	0.017	0.1113	0.0017	-0.041	0.0539	0.0936	0.1004	0.0345	-26.7722	-21.41	21.8555
7	0.1117	0.197	-0.0046	0.4911	0.3162	0.7199	-0.0619	-0.0586	-0.0305	-0.0625	0.0836	-0.0781	-0.0356	0.0358	-0.0033	0.0154	0.0264	-0.0139	0.0499	-0.0066	0.0234	-20.623	-12.9664	14.1491
8	0.5082	0.0065	0.0829	0.2705	-0.0683	0.4258	0.0916	0.0649	-0.0359	-0.0503	0.0387	-0.0092	-0.003	0.0158	0.2198	0.0189	0.0481	0.0241	-0.0978	0.0034	0.1102	-10.2919	-13.4137	-1.9134
9	0.7311	-0.6357	-0.8064	1.8481	1.4329	2.0405	-0.0318	-0.159	0.1672	0.101	0.1093	-0.053	-0.0931	0.0351	-0.0443	0.0448	0.0409	0.0061	0.0724	-0.098	0.1002	-12.1749	-7.7805	19.3062
10	0.3309	-0.331	-0.3377	0.768	0.6224	0.532	-0.0827	-0.1229	0.1021	0.1315	0.11	0.0099	-0.0066	0.0207	0.0322	0.0951	0.069	-0.0259	0.0651	-0.0115	0.0608	-11.6706	-12.2531	20.8211
11	0.3063	-0.4679	-0.2677	1.1048	0.2399	0.3079	0.0541	0.0525	-0.0679	-0.0143	0.0072	0.0455	0.067	0.0075	-0.0458	0.1544	0.0853	-0.0789	0.0417	-0.0458	0.1828	-12.4637	-25.4104	4.6893
12	0.5707	-0.2332	0.0933	0.304	-0.2871	0.3085	-0.046	-0.132	-0.0329	0.0618	0.0304	0.0542	-0.0482	0.0003	-0.113	0.0694	0.0473	0.0247	0.0502	0.0265	0.0798	-15.5047	-19.9568	14.1611
13	1.0037	-0.2752	-0.0378	0.1131	-0.0506	0.1022	-0.0669	-0.1213	0.0819	0.1162	0.0787	-0.0292	-0.0692	-0.0084	0.0891	0.1687	0.1187	-0.0278	0.1194	-0.0269	0.0587	-22.8687	-6.3594	31.6432
14	0.1615	0.0508	-0.0752	0.1105	-0.2173	0.4245	-0.0125	0.0101	0.0075	0.0562	0.0266	0.0261	-0.0642	-0.0691	-0.0855	0.0609	0.1943	-0.0118	0.1313	0.0075	0.0621	-25.9246	-3.4184	17.3209
15	0.3286	-0.0723	-0.1148	0.2491	0.0429	0.1317	-0.0423	-0.0227	0.0546	0.1056	0.018	0.0567	-0.0935	-0.0362	-0.0765	-0.0292	0.1148	0.0279	-0.1042	-0.046	0.0557	-11.1708	-3.1433	10.9425
16	0.0145	0.0566	-0.0408	0.3557	0.0433	0.4425	0.0425	-0.0458	0.0995	0.1104	0.03	0.1462	-0.1245	-0.0974	0.2487	-0.0243	0.1374	0.0881	0.0771	-0.138	0.1009	-17.597	-2.5791	18.2687
17	0.3948	-0.1723	-0.0764	0.7151	-0.0038	0.2289	-0.0205	0.0098	0.017	0.0096	-0.0061	0.0451	-0.079	-0.0806	-0.0095	0.0445	0.0331	0.0084	0.0243	-0.0015	0.0615	-5.0061	-10.2085	1.1776
18	0.669	0.3053	-0.3828	0.6589	-0.1954	0.3746	-0.0628	-0.0105	-0.0488	0.0352	-0.0152	0.0317	0.0551	-0.0345	-0.1424	0.046	0.0535	0.0661	0.0043	-0.0378	0.0639	-26.2965	-8.1413	9.6401
19	0.909	0.6551	-0.8521	0.7139	-0.6136	2.5249	0.0666	-0.1134	-0.0152	0.1987	-0.0207	0.1142	-0.0204	-0.0673	-0.1003	0.1125	0.0165	0.0807	0.0947	0.1084	0.0822	-33.1526	-17.7682	19.4289
20	0.9425	1.2192	-0.7788	1.6553	-0.8436	2.0978	-0.0228	0.052	-0.0023	-0.0623	-0.0039	0.1565	0.1779	-0.1338	-0.0569	0.0601	0.0325	0.0074	0.0589	0.013	0.0855	-21.7007	-6.9269	3.5059
21	1.0276	-0.5607	0.5709	1.7586	-0.0801	2.4963	-0.0073	-0.1286	-0.0943	0.158	-0.0579	0.0944	0.157	-0.0803	0.0679	0.071	-0.0184	0.0429	0.1264	0.0567	0.086	3.7226	-21.373	52.8869
22	0.0313	-0.0417	0.0328	0.1063	-0.0312	0.2835	-0.0022	0.0188	-0.0206	-0.0398	0.0128	-0.0379	0.0831	0.0026	-0.0393	0.0971	0.0001	-0.0346	-0.0282	-0.0343	0.0949	5.1983	-23.091	37.8455
23	1.3687	-1.0889	0.017	1.0725	0.7074	2.5116	0.0109	0.0507	-0.1053	-0.0313	-0.0056	0.0496	0.1204	-0.0401	0.0001	0.1568	-0.0869	-0.0909	0.1388	-0.053	0.0943	3.5191	-17.7518	17.0363
24	0.3243	0.0114	0.4397	0.3507	0.3538	4.6173	0.0068	-0.0227	-0.1038	0.0743	0.089	-0.0343	0.2802	0.1234	-0.2145	0.133	0.0232	-0.0538	0.1045	-0.0447	0.1004	8.2948	-23.4786	31.8982
25	3.5996	-0.7953	-0.8639	2.1593	0.036	0.2202	-0.0067	-0.3361	0.1124	0.0943	0.0237	-0.1789	-0.0003	0.124	-0.0269	0.0318	0.0321	-0.0109	0.1359	0.0066	0.055	7.9291	-14.776	51.3938
26	0.2233	0.2004	0.0856	0.7558	-0.1794	0.284	0.0702	0.2264	-0.0474	-0.2139	0.1223	0.0314	0.0266	0.1121	0.1798	0.0653	0.0185	-0.0061	0.1557	-0.0347	0.033	8.581	-15.9285	32.3294
27	0.4822	-0.0242	0.0314	0.0853	-0.1381	0.2262	-0.0251	-0.0664	-0.003	0.0197	0.0338	-0.0397	-0.0198	-0.029	0.0122	0.0241	0.0275	0.0101	-0.036	-0.0458	0.0828	-3.9477	-13.062	49.4132
28	1.2759	0.4173	-1.0153	2.3643	-2.4557	2.8385	0.0681	0.192	0.0712	-0.2254	0.0737	0.0624	-0.0985	-0.0034	-0.0465	0.149	-0.0377	-0.0005	0.1603	0.0432	0.0598	-2.1576	-7.9804	28.4903
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30	1.039	-0.527	-0.0527	5.2534	-2.1524	1.306	-0.0365	-0.0103	-0.0851	-0.0416	0.0287	0.032	0.0555	-0.029	-0.1051	0.1968	-0.0425	-0.0145	0.0561	0.0226	0.0857	-2.1445	-25.8567	42.7788
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33	0.8984	0.219	-0.4828	0.1651	-0.3322	0.6649	0.0245	0.0688	0.0415	0.0598	-0.0235	-0.0313	-0.1796	0.1543	-0.1152	0.1327	-0.0865	-0.0059	0.1781	-0.0027	0.0271	8.6005	-3.9879	31.6011
34	1.3726	1.1306	-1.5637	2.0269	-0.993	2.0133	-0.0197	0.1886	0.054	-0.1201	0.0634	0.1024	-0.0734	-0.3065	-0.0318	0.1099	0.0292	0.0197	0.1213	0.0098	0.0619	-9.4857	-4.7766	39.8536
35	5.9546	-0.7692	-2.4062	2.5477	-0.1863	3.1693	0.0788	0.0248	0.1676	-0.0629	-0.0635	-0.1862	-0.0855	0.0807	-0.0654	0.2248	-0.1373	0.0318	0.1363	0.0395	0.0797	10.2675	-0.8617	27.7674
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37	0.701	0.5324	-0.1173	1.9283	0.0502	0.3038	-0.0592	0.0668	-0.0136	0.015	0.0459	0.102	0.0449	-0.195	-0.0123	0.1036	-0.0031	0.0222	0.0927	0.018	0.0503	-10.4027	-11.0333	46.7668
38	6.455	-3.9959	-4.0416	2.8799	2.8242	3.2715	-0.0246	-0.039	0.1524	0.0603	-0.0271	-0.0338	-0.125	0.1099	-0.0448	0.1268	-0.0368	0.0402	0.0849	0.0012	0.0857	9.4758	-6.6379	39.1879
39	2.6132	-0.4656	-1.1264	1.5909	0.0535	2.2149	0.102	0.2745	-0.0221	-0.2482	0.0344	-0.1174	0.0029	0.1039	-0.0774	0.1066	0.0315	0.0547	0.2366	-0.021	0.0831	16.3754	-16.4916	32.9703
40	1.1203	-0.0218	-0.9218	0.4458	0.0801	2.149	0.0614	0.0206	0.2407	0.1096	-0.0034	0.1832	-0.3302	-0.044	0.0385	0.1704	-0.0204	-0.0002	0.0808	-0.0495	0.2632	3.6818	-3.1612	46.7644

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 6:11)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 12:25)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 26:30)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 31:38)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 39:44)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 45:55)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 56:72)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 73:91)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 92:101)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 102:109)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 110:115)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 116:128)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 129:138)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 139:146)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 147:167)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 168:181)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 182:195)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 196:203)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 204:212)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 213:220)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 6:11)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 12:20)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 21:26)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 27:34)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 35:39)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 40:72)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 73:91)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 92:101)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 102:109)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 110:115)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 116:129)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 130:137)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 138:149)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 150:161)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 162:169)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 170:181)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 182:193)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 194:202)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 203:214)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 215:222)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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