[日本語] English
万見
- PDB-4h2r: Structure of MHPCO Y270F mutant, 5-hydroxynicotinic acid complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h2r
タイトルStructure of MHPCO Y270F mutant, 5-hydroxynicotinic acid complex
要素2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FAD-binding motif / Oxygenase / FAD / 3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD binding / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能
: / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-hydroxypyridine-3-carboxylic acid / BETA-MERCAPTOETHANOL / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium loti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.473 Å
データ登録者Kobayashi, J. / Yoshida, H. / Mikami, B. / Hayashi, H. / Kamitori, S. / Yagi, T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 2-Methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
著者: Kobayashi, J. / Yoshida, H. / Mikami, B. / Hayashi, H. / Kamitori, S. / Yagi, T.
履歴
登録2012年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
B: 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,81411
ポリマ－83,5652
非ポリマー2,2499
水1,45981
1
A: 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
B: 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
ヘテロ分子

A: 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
B: 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,62822
ポリマ－167,1304
非ポリマー4,49818
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)56.891, 284.553, 125.001
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase


分子量: 41782.488 Da / 分子数: 2 / 変異: Y270F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium loti (根粒菌) / 株: MAFF303099 / 遺伝子: mlr6788 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q988D3, EC: 1.14.12.4

-
非ポリマー , 5種, 90分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物 ChemComp-5HN / 5-hydroxypyridine-3-carboxylic acid / 5-Hydroxynicotinic Acid / 5-ヒドロキシニコチン酸


分子量: 139.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO3
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 8% PEG 8000, 0.1M Tris-HCl, 10mM 5-Hydroxynicotinic acid, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→50 Å / Num. obs: 40356 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 39.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.36→2.4 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 1897 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GMB

3gmb


解像度: 2.473→46.953 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2612 1761 4.96 %
Rwork0.2069 --
obs0.2095 35487 96.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 16.167 Å2 / ksol: 0.305 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 99.01 Å2 / Biso mean: 45.6828 Å2 / Biso min: 21.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-28.0428 Å2-0 Å2-0 Å2
2---17.2458 Å2-0 Å2
3----10.7971 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.473→46.953 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5730 0 150 81 5961
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086016
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5138180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5822180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08886
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061042
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4734-2.54030.3602950.2834176568
2.5403-2.6150.35151400.2826258297
2.615-2.69940.40341410.2844259297
2.6994-2.79590.35621310.2523259498
2.7959-2.90780.30811280.2478261797
2.9078-3.04020.28071220.2355261598
3.0402-3.20040.2841440.2215262198
3.2004-3.40090.26831280.2236265899
3.4009-3.66340.25661370.22562692100
3.6634-4.03180.26011400.18462710100
4.0318-4.61480.20461360.16282695100
4.6148-5.81250.23581460.18252753100
5.8125-46.96150.21821730.1789283299

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る