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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4h2q | ||||||
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タイトル | structure of MHPCO-5HN complex | ||||||
![]() | 2-methyl-3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid oxygenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / FAD-binding motif / Oxygenase / FAD / 3-hydroxypyridine-5-carboxylic acid | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kobayashi, J. / Yoshida, H. / Mikami, B. / Hayashi, H. / Kamitori, S. / Yagi, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of 2-Methyl-3-hydroxypyridiine-5-carboxylic acid oxygenase 著者: Kobayashi, J. / Yoshida, H. / Mikami, B. / Hayashi, H. / Kamitori, S. / Yagi, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 104 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 751.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 757.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3gmbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 41798.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 466分子 










#2: 化合物 | ChemComp-FAD / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-BME / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-5HN / | ||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.94 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 8% PEG 8000, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.48→50 Å / Num. obs: 71338 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 12.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.48→1.51 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 3525 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3GMB 解像度: 1.502→41.795 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.18 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.76 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.375 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.59 Å2 / Biso mean: 14.6153 Å2 / Biso min: 5.34 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.502→41.795 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25
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