PDB-4h18: Three dimensional structure of corynomycoloyl tranferase C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h18

タイトル

Three dimensional structure of corynomycoloyl tranferase C

要素

Cmt1

キーワード

TRANSFERASE / alpha / beta hydrolase / mycoloyltransferase / trehalose O-mycolyltransferase / external membrane

機能・相同性

Esterase-like / Putative esterase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Cmt1

機能・相同性情報

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.755 Å

データ登録者

Huc, E. / de Sousa D'Auria, C. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Salmeron, C.H. / van Tilbeurgh, H. / Bayan, N. / Houssin, C.H. / Daffe, M. / Tropis, M.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2013
タイトル: Identification of a mycoloyl transferase selectively involved in o-acylation of polypeptides in corynebacteriales.
著者: Huc, E. / de Sousa-D'Auria, C. / de la Sierra-Gallay, I.L. / Salmeron, C. / van Tilbeurgh, H. / Bayan, N. / Houssin, C. / Daffe, M. / Tropis, M.

履歴

登録	2012年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h18.cif.gz	266 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h18.ent.gz	213.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h18.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/4h18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/4h18	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1va5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2v77-2 1mu8-d 1ta2-d 6yhj-d 1gj4-d 4lx4-3 1ghx-d 3ohg-d 4jvm-1 3epa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cmt1

B: Cmt1

C: Cmt1

D: Cmt1

ヘテロ分子

161 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Cmt1

登録者が定義した集合体
40.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cmt1

登録者が定義した集合体
40.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cmt1

登録者が定義した集合体
40.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Cmt1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.4 kDa, 1 ポリマー
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5

A: Cmt1

C: Cmt1

ソフトウェアが定義した集合体
80.7 kDa, 2 ポリマー
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6

D: Cmt1

ヘテロ分子

B: Cmt1

ソフトウェアが定義した集合体
80.8 kDa, 2 ポリマー
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7

C: Cmt1

B: Cmt1

A: Cmt1

D: Cmt1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
161 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.804, 190.688, 78.497
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-434- HOH

#1: タンパク質	Cmt1 / Hypothetical esterase / Putative uncharacterized protein Cgl0343 / Trehalose corynomycolyl transferase 分子量: 40365.941 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 株: ATCC 13032 / 遺伝子: cmt1, Cmt1, cg0413, Cgl0343, WA5_0336 / プラスミド: pCGl482 / 発現宿主: Corynebacterium glutamicum (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8NTG4, trehalose O-mycolyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 978 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 4000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9788 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月8日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.755→42.811 Å / Num. all: 128497 / Num. obs: 128495 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.89 % / B_iso Wilson estimate: 22.82 Å² / R_merge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 9.46
反射シェル	解像度: 1.755→1.86 Å / 冗長度: 3.91 % / R_merge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 20505 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VA5

1va5

解像度: 1.755→37.646 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2031	6424	5 %	RANDOM
R_work	0.163	-	-	-
obs	0.165	128479	99.41 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.755→37.646 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9495	0	1	978	10474

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	9832
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.386	13435
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.003	3483
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	1439
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1761

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.755-1.7748	0.2834	205	0.2391	3902	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7748-1.7957	0.2637	213	0.2256	4049	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7957-1.8176	0.2745	214	0.2085	4058	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8176-1.8406	0.2589	211	0.1968	4020	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8406-1.8648	0.243	214	0.1904	4059	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8648-1.8903	0.2509	211	0.1896	4012	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8903-1.9173	0.244	215	0.1849	4076	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9173-1.946	0.2444	213	0.1729	4056	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-1.9764	0.2163	212	0.1727	4027	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9764-2.0088	0.2126	215	0.1678	4075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0088-2.0434	0.221	212	0.1591	4034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0434-2.0806	0.2149	212	0.1606	4022	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0806-2.1206	0.2212	214	0.1625	4068	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1206-2.1639	0.2112	213	0.1596	4044	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1639-2.2109	0.2116	213	0.159	4052	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2109-2.2623	0.2219	214	0.1612	4062	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2623-2.3189	0.2013	214	0.1622	4067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3189-2.3816	0.2	214	0.1593	4078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3816-2.4516	0.2179	214	0.1601	4064	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4516-2.5308	0.2125	215	0.1615	4074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5308-2.6212	0.2065	214	0.1645	4064	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6212-2.7261	0.218	214	0.1663	4075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7261-2.8501	0.2123	215	0.1675	4082	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8501-3.0003	0.1925	215	0.1644	4091	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0003-3.1882	0.1906	215	0.1611	4090	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1882-3.4342	0.1858	218	0.1564	4129	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4342-3.7796	0.1934	215	0.15	4084	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7796-4.3258	0.1651	217	0.1344	4119	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3258-5.4474	0.1669	219	0.1408	4164	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4474-37.6549	0.1591	224	0.1701	4258	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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