PDB-4h17: Crystal structure of an isochorismatase (PP1826) from Pseudomonas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h17

タイトル

Crystal structure of an isochorismatase (PP1826) from Pseudomonas putida KT2440 at 1.60 A resolution

要素

Hydrolase, isochorismatase family

キーワード

HYDROLASE / Rossmann-like fold / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an isochorismatase (PP1826) from Pseudomonas putida KT2440 at 1.60 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2012年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.2	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h17.cif.gz	172.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h17.ent.gz	137 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h17.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4h17_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4h17_full_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示
XML形式データ	4h17_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	4h17_validation.cif.gz	31.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/4h17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/4h17	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ooz-d 4lxa-3 4otg-d 2igy-1 5f9e-1 6nw3-2 5ux4-2 3gw5-1 2wni-2 3l38-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: JCSG-399287

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hydrolase, isochorismatase family

B: Hydrolase, isochorismatase family

ヘテロ分子

44.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.169, 49.348, 156.593
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 195 / Label seq-ID: 4 - 196

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

詳細

CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	Hydrolase, isochorismatase family 分子量: 21696.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア) 株: KT2440 / 遺伝子: PP_1826 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q88LV1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.81 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.200M (NH4)2SO4, 20.00% PEG-3350, No Buffer pH 6.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97925,0.97910

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月31日 / 詳細: double crystal monochromator

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97925	1
3	0.9791	1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.645
1	1	K, H, -L	2	0.355

反射

解像度: 1.6→28.973 Å / Num. obs: 51103 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.81 % / B_iso Wilson estimate: 16.915 Å²
R_free details: The R-free set was chosen at random with the twin law incorporated
R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 19.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs
1.6-1.64	100	3.83	0.536	2.4	14357	3751	0.624	0.536	2.4
1.64-1.69	99.9	3.87	0.451	2.9	13878	3589	0.524	0.451	2.9
1.69-1.74	100	3.86	0.363	3.6	13632	3529	0.421	0.363	3.6
1.74-1.79	100	3.87	0.309	4.2	13338	3449	0.359	0.309	4.2
1.79-1.85	99.9	3.87	0.234	5.6	12914	3337	0.272	0.234	5.6
1.85-1.91	99.9	3.87	0.183	7.2	12491	3225	0.212	0.183	7.2
1.91-1.99	99.9	3.86	0.136	9.8	12088	3132	0.158	0.136	9.8
1.99-2.07	99.9	3.84	0.109	12.4	11565	3008	0.126	0.109	12.4
2.07-2.16	99.9	3.85	0.09	14.9	11202	2907	0.105	0.09	14.9
2.16-2.26	99.9	3.84	0.074	18.4	10520	2742	0.086	0.074	18.4
2.26-2.39	99.9	3.82	0.063	22	10106	2645	0.073	0.063	22
2.39-2.53	99.8	3.8	0.056	24.6	9467	2491	0.066	0.056	24.6
2.53-2.71	99.7	3.77	0.051	28.8	8943	2372	0.06	0.051	28.8
2.71-2.92	99.6	3.75	0.045	34.2	8221	2195	0.052	0.045	34.2
2.92-3.2	99.5	3.77	0.035	44.2	7643	2030	0.04	0.035	44.2
3.2-3.58	99.4	3.75	0.028	54.2	6927	1848	0.033	0.028	54.2
3.58-4.13	99.3	3.69	0.023	63.2	6137	1663	0.027	0.023	63.2
4.13-5.06	99.7	3.71	0.023	66.4	5202	1404	0.027	0.023	66.4
5.06-7.16	99.7	3.62	0.029	58.2	4112	1136	0.033	0.029	58.2
7.16-28.97	97.6	3.35	0.023	62.9	2176	650	0.027	0.023	62.9

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SHELX		位相決定
SHARP		位相決定
XSCALE	March 15, 2012	データスケーリング
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.6→28.973 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU B: 1.759 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.015 / ESU R Free: 0.015 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1564	2586	5.1 %	RANDOM + TWIN LAW
R_work	0.1357	-	-	-
obs	0.1367	51033	98.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 61.86 Å² / B_iso mean: 18.6092 Å² / B_iso min: 8.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.81 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.973 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2957	0	42	442	3441

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	3265
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	3140
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.6	1.996	4457
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.206	3	7261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.219	5	439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.18	23.256	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.05	15	515
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.953	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	505
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3780
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	719

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11366 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.596→1.637 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	147	-
R_work	0.183	3157	-
all	-	3304	-
obs	-	-	88.15 %

精密化 TLS

T33: 0.0059 Å² / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.234	-0.0607	0.0394	0.0976	-0.0595	0.1624	0.0054	0.0118	-0.03	0.0038	0.0143	0.0059	0.0109	-0.0045	-0.0197	0.0294	-0.0005	-0.0026	0.0046	-0.0024	-4.1024	1.0632	11.2988
2	0.3216	-0.0631	-0.0268	0.2601	0.094	0.2747	0.0128	-0.0286	-0.0279	0.0234	0.0154	-0.0008	-0.0175	0.0168	-0.0282	0.0347	-0.0027	0.0025	0.0035	0.0009	10.6905	13.2487	27.2255

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 196
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 196

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)