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- PDB-4h10: Intermolecular recognition revealed by the complex structure of h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h10
タイトルIntermolecular recognition revealed by the complex structure of human CLOCK-BMAL1 basic Helix-Loop-Helix domains with E-box DNA
要素
  • Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator-like protein 1
  • Circadian locomoter output cycles protein kaput
  • E-box DNA antisense strand
  • E-box DNA sense strand
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / bHLH / circadian transcription / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


photoperiodism / CLOCK-BMAL transcription complex / positive regulation of skeletal muscle cell differentiation / regulation of hair cycle / positive regulation of protein acetylation / negative regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / regulation of type B pancreatic cell development / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of cellular senescence / chromatoid body ...photoperiodism / CLOCK-BMAL transcription complex / positive regulation of skeletal muscle cell differentiation / regulation of hair cycle / positive regulation of protein acetylation / negative regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / regulation of type B pancreatic cell development / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of cellular senescence / chromatoid body / positive regulation of circadian rhythm / oxidative stress-induced premature senescence / negative regulation of TOR signaling / negative regulation of cold-induced thermogenesis / response to redox state / protein acetylation / negative regulation of fat cell differentiation / E-box binding / aryl hydrocarbon receptor binding / energy homeostasis / regulation of neurogenesis / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / NPAS4 regulates expression of target genes / regulation of insulin secretion / cellular response to ionizing radiation / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / DNA damage checkpoint signaling / transcription coregulator activity / Hsp90 protein binding / circadian regulation of gene expression / chromatin DNA binding / Heme signaling / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / circadian rhythm / PML body / positive regulation of inflammatory response / : / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / chromosome / HATs acetylate histones / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / : / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / helix loop helix domain ...: / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / : / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Basic helix-loop-helix ARNT-like protein 1 / Circadian locomoter output cycles protein kaput
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.402 Å
データ登録者Wang, Z. / Su, X.-D.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2013
タイトル: Intermolecular recognition revealed by the complex structure of human CLOCK-BMAL1 basic helix-loop-helix domains with E-box DNA.
著者: Wang, Z. / Wu, Y. / Li, L. / Su, X.D.
履歴
登録2012年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator-like protein 1
B: Circadian locomoter output cycles protein kaput
C: E-box DNA sense strand
D: E-box DNA antisense strand


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4094
ポリマ－26,4094
非ポリマー00
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area12150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.740, 98.740, 62.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator-like protein 1 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP3 / Brain and muscle ARNT-like 1 / Class E basic helix-loop- ...Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP3 / Brain and muscle ARNT-like 1 / Class E basic helix-loop-helix protein 5 / bHLHe5 / Member of PAS protein 3 / PAS domain-containing protein 3 / bHLH-PAS protein JAP3


分子量: 8693.161 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 66-128 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARNTL, BHLHE5, BMAL1, MOP3, PASD3 / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O00327
#2: タンパク質 Circadian locomoter output cycles protein kaput / hCLOCK / Class E basic helix-loop-helix protein 8 / bHLHe8


分子量: 8535.914 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-89 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLOCK, BHLHE8, KIAA0334 / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O15516, histone acetyltransferase
#3: DNA鎖 E-box DNA sense strand


分子量: 4588.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized single-strand DNA
#4: DNA鎖 E-box DNA antisense strand


分子量: 4591.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized single-strand DNA
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.29 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 20% (w/v) PEG 3350 and 0.2 M magnesium formate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→38.8 Å / Num. all: 14060 / Num. obs: 14045 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.8 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 33.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.402→38.8 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 704 5.01 %5%, randomly selected
Rwork0.1952 ---
obs0.1975 14045 99.57 %-
all-14060 --
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.974 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.6354 Å20 Å20 Å2
2---4.6354 Å2-0 Å2
3---9.2707 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.402→38.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数958 609 0 106 1673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071648
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2552338
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.07670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004195
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.402-2.58710.35641660.29132580X-RAY DIFFRACTION99
2.5871-2.84740.32151320.27642663X-RAY DIFFRACTION100
2.8474-3.25930.24441380.20782655X-RAY DIFFRACTION100
3.2593-4.10560.21271250.17022669X-RAY DIFFRACTION99
4.1056-38.83630.20951430.1632774X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4830.32450.38830.7957-0.03010.7905-0.3613-0.2052-0.24580.00420.0309-0.0831-0.1695-0.28990.10530.2933-0.0833-0.03160.2302-0.03080.04826.8482-17.12319.8084
20.75150.6397-0.2981.336-0.00350.21590.01650.30960.2115-0.3779-0.0255-0.1456-0.2218-0.43860.11640.4028-0.0576-0.06150.3959-0.04310.014822.931-12.13045.7056
31.89510.5934-0.43833.5237-0.38712.2158-0.5776-0.1334-0.2577-1.317-0.0257-1.11190.45190.28780.45590.5122-0.18720.21640.097-0.02660.365934.9013-23.3106-2.4323
40.1568-0.430.40614.706-0.87751.3441-0.4493-0.0764-0.1077-0.66910.0912-1.55360.10370.02990.25110.3456-0.21870.20190.21160.02090.464737.8154-20.6268-0.5949
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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