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万見
- PDB-4h0u: Crystal structure of thymidylate synthase from Corynebacterium gl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h0u
タイトルCrystal structure of thymidylate synthase from Corynebacterium glutamicum in complex with dUMP
要素Thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE / nucleotide / dUMP
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Wang, W.C. / Chang, C.M.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of thymidylate synthase from Corynebacterium glutamicum in complex with dUMP
著者: Wang, W.C. / Chang, C.M.
履歴
登録2012年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
C: Thymidylate synthase
D: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,2768
ポリマ－121,0434
非ポリマー1,2334
水1,33374
1
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1384
ポリマ－60,5222
非ポリマー6162
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area21230 Å2
手法PISA
2
C: Thymidylate synthase
D: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1384
ポリマ－60,5222
非ポリマー6162
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.042, 87.815, 165.747
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Thymidylate synthase / TS / TSase


分子量: 30260.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: cg0966, Cgl0844, thyA / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: Q8NS38, thymidylate synthase
#2: 化合物
ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl, 21% PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→30 Å / Num. obs: 27894 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.115
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 5.08 / Num. unique all: 2911 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H0R

4h0r


解像度: 2.75→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 12.743 / SU ML: 0.261 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24112 1516 5.2 %RANDOM
Rwork0.18653 ---
obs0.18934 27894 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.959 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.98 Å20 Å20 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8264 0 80 74 8418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0218580
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3441.94811686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.22851018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.77724.467441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.363151349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.5761546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7531.55104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45228225
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.06733476
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4174.53461
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 101 -
Rwork0.226 2021 -
obs--99.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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