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- PDB-4gzj: Active-site mutant of potato endo-1,3-beta-glucanase in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gzj
タイトルActive-site mutant of potato endo-1,3-beta-glucanase in complex with laminaratriose and laminaratetrose
要素Glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase
キーワードHYDROLASE / glucoside hydrolase / GH17 family / pathogenesis-related class-2 protein (PR-2) / carbohydrate/sugar binding / catalytic nucleophile mutation / laminaratriose / laminaratetrose / TIM Barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / defense response / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 17 signature. / Glycoside hydrolase family 17, plant / Glycoside hydrolase family 17 / Glycosyl hydrolases family 17 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-laminaribiose / 1,3-beta-D-glucan glucanohydrolase (Glucan endo-1,3-beta-glucosidase a)
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum tuberosum (ジャガイモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Wojtkowiak, A. / Witek, K. / Hennig, J. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structures of an active-site mutant of a plant 1,3-beta-glucanase in complex with oligosaccharide products of hydrolysis
著者: Wojtkowiak, A. / Witek, K. / Hennig, J. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Two high-resolution crystal structures of potato 1,3-beta-glucanase reveal subdomain flexibility with implications for substrate binding
著者: Wojtkowiak, A. / Witek, K. / Hennig, J. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Three-dimensional structures of two plant beta-glucan endohydrolases with distinct substrate specificities.
著者: Varghese, J.N. / Garrett, T.P. / Colman, P.M. / Chen, L. / H j, P.B. / Fincher, G.B. / Peumans, W.J.
#3: ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure at 1.45-A resolution of the major allergen endo-beta-1,3-glucanase of banana as a molecular basis for the latex-fruit syndrome.
著者: Receveur-Br chot, V. / Czjzek, M. / Barre, A. / Roussel, A. / Peumans, W.J. / Van Damme, E.J. / Roug, P.
履歴
登録2012年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3983
ポリマ－36,5511
非ポリマー8472
水6,413356
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.307, 49.202, 57.431
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase / 1 / 3-beta-D-glucan glucanohydrolase


分子量: 36550.934 Da / 分子数: 1 / 断片: mature endo-1,3-beta-glucanase, UNP residues 24-338 / 変異: E259A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / 株: DESIREE / 遺伝子: glub20-2 / プラスミド: pET-30a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: Q70C53, glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1/a3-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose / beta-laminaribiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗菌剤 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-laminaribiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.77 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium citrate, 0.2 M ammonium acetate, 24% PEG 8000, 0.4 mM laminarahexose, streak seeding, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8148 Å
検出器タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年2月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ge(111) triangular bent crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8148 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→40 Å / Num. all: 44391 / Num. obs: 44391 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 4390 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0003精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4GZI

4gzi


解像度: 1.55→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.569 / SU ML: 0.049 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: R-FREE / σ(I): -3 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1806 1139 2.6 %RANDOM
Rwork0.1507 ---
all0.1515 43213 --
obs0.1515 43213 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0.47 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2509 0 57 356 2922
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222653
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6441.9643612
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8873.0015351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.25314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.66124.925134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.92515423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5021512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022916
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02522
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1730.22406
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.21356
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21476
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.2247
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1340.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1950.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0511.51599
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.321.5634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59222555
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4731167
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6744.51057
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 95 -
Rwork0.199 3125 -
obs-3125 99.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.50050.08250.05520.75290.27220.45940.00070.03970.0033-0.0240.0213-0.0087-0.01380.0184-0.0220.0193-0.0020.00970.0240.00640.0155-10.4542-0.7620.6537
21.24170.82780.43630.92910.5440.5761-0.05250.00880.1396-0.0783-0.01750.1359-0.0941-0.07330.070.04140.015-0.01390.02920.00180.0335-25.89798.533515.7886
30.86220.04390.32380.9869-0.05781.1941-0.02270.105-0.0377-0.085-0.0056-0.0167-0.0339-0.01910.02820.0145-0.00620.01080.0316-0.00870-24.6351-6.77239.5673
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 178
2X-RAY DIFFRACTION2A179 - 262
3X-RAY DIFFRACTION3A263 - 338

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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