PDB-4gz7: The crystal structure of Apo-dihydropyrimidinase from Tetraodon n...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gz7

タイトル

The crystal structure of Apo-dihydropyrimidinase from Tetraodon nigroviridis

要素

dihydropyrimidinase

キーワード

HYDROLASE / carboxylation / zinc binding / Alpha-Beta Barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrimidine nucleobase catabolic process / dihydropyrimidinase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Tetraodon nigroviridis (魚類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Hsien, Y.C. / Chen, M.C. / Hsu, C.C. / Chan, S.I. / Yang, Y.S. / Chen, C.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Lysine Carboxylation: Metal and Structure Requirements for Post-translational Modification
著者: Hsien, Y.C. / Chen, M.C. / Hsu, C.C. / Chan, S.I. / Yang, Y.S. / Chen, C.J.

履歴

登録	2012年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gz7.cif.gz	111.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gz7.ent.gz	86 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gz7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gz7_validation.pdf.gz	448.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gz7_full_validation.pdf.gz	458.4 KB	表示
XML形式データ	4gz7_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	4gz7_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/4gz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/4gz7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5yza-d 5x1d-d 5yz5-d 5x1a-d 2xkb-4 2z5y-d 4ihi-d 2xkb-12 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: dihydropyrimidinase

ヘテロ分子

55.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: dihydropyrimidinase

ヘテロ分子

A: dihydropyrimidinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.823, 160.823, 94.547
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-916- HOH
2	1	A-917- HOH

#1: タンパク質	dihydropyrimidinase 分子量: 55053.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tetraodon nigroviridis (魚類) / 遺伝子: DPYS / プラスミド: pET44a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: H3C542*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MHA / (CARBAMOYLMETHYL-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ACETIC ACID / N-(2-ACETAMIDO)IMINODIACETIC ACID / ADA 分子量: 190.154 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀N₂O₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.69 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M lithium sulfate monohydrat, PEG 4000 12% w/v, iso-propanol 2% v/v, n-(2-acetamido)-iminodiacetic acid (ADA) buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID
シンクロトロン	NSRRC	BL13B1	1
シンクロトロン	SPring-8	BL12B2	2

検出器

タイプ	ID	検出器
ADSC QUANTUM 4r	1	CCD
ADSC QUANTUM 315	2	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 1.95→44886 Å / Num. all: 44645 / Num. obs: 44645 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 11.8 / Observed criterion σ(I): 11.8 / 冗長度: 9.7 % / R_sym value: 0.045 / Net I/σ(I): 25.6

反射シェル

解像度: 1.95→2.1 Å / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 11.8 / Num. unique all: 8846 / R_sym value: 0.41 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 2.678 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19472	2094	5 %	RANDOM
R_work	0.1588	-	-	-
obs	0.1606	39580	99.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.363 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3805	0	39	232	4076

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.019	3924
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.041	1.952	5310
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.394	5	491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.967	23.543	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.679	15	652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.444	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.164	0.2	579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	3000
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.183	161	-
R_work	0.15	2713	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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