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Yorodumi- PDB-4gyp: Crystal structure of the heterotetrameric complex of GlucD and Gl... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4gyp | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the heterotetrameric complex of GlucD and GlucDRP from E. coli K-12 MG1655 (EFI TARGET EFI-506058) | ||||||
Components |
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Keywords | LYASE/LYASE / TIM-BARREL / LYASE-LYASE complex / Structural genomics / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
| Function / homology | Function and homology information: / glucarate dehydratase activity / D-glucarate catabolic process / glucarate dehydratase / Lyases; Carbon-oxygen lyases; Hydro-lyases / amino acid catabolic process / magnesium ion binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Lukk, T. / Ghasempur, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Nair, S.K. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
Citation | Journal: to be publishedTitle: Glucarate dehydratase and its related protein from Escherichia coli form a heterotetrameric complex. Authors: Lukk, T. / Ghasempur, S. / Imker, H.J. / Nair, S.K. / Gerlt, J.A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4gyp.cif.gz | 693.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4gyp.ent.gz | 570 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4gyp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/4gyp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/4gyp | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4il0C ![]() 1ec7S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 49196.855 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 50399.965 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q46915, Lyases; Carbon-oxygen lyases; Hydro-lyases |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 1464 molecules 












| #3: Chemical | | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-P6G / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.9 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 282 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: Protein solution was at 12.5 mg/mL containing 20 mM Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl, 10 mM EDTA and 10 mM bME. Mother liqueur contained 0.17 M Ammonium acetate, 0.085 M Na-citrate tribasic, ...Details: Protein solution was at 12.5 mg/mL containing 20 mM Tris (pH 7.5), 100 mM NaCl, 10 mM EDTA and 10 mM bME. Mother liqueur contained 0.17 M Ammonium acetate, 0.085 M Na-citrate tribasic, dihydrate (pH 5.6), 25.5% PEG 4,000 and 15% v/v glycerol, vapor diffusion, sitting drop, temperature 282K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97857 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Feb 15, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Number: 1029210 / Rmerge(I) obs: 0.148 / D res high: 2.1 Å / Num. obs: 244679 / % possible obs: 99.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Diffraction reflection shell |
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| Reflection | Resolution: 2.1→30 Å / Num. obs: 118199 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 23.762 Å2 / Rsym value: 0.148 / Net I/σ(I): 9.24 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
|
-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 1EC7 Resolution: 2.1→29.965 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.9051 / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / Phase error: 17.23 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 75.71 Å2 / Biso mean: 16.293 Å2 / Biso min: 2.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→29.965 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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