PDB-4gyo: Crystal Structure of Rap Protein Complexed with Competence and Sp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gyo

タイトル

Crystal Structure of Rap Protein Complexed with Competence and Sporulation Factor

要素

CSF peptide
Response regulator aspartate phosphatase J

キーワード

HYDROLASE / Tetratricopeptide repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoprotein phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Parashar, V. / Neiditch, M.B.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2013
タイトル: Conformational change-induced repeat domain expansion regulates rap phosphatase quorum-sensing signal receptors.
著者: Parashar, V. / Jeffrey, P.D. / Neiditch, M.B.

履歴

登録	2012年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月10日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gyo.cif.gz	316.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gyo.ent.gz	262.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gyo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gyo_validation.pdf.gz	447.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gyo_full_validation.pdf.gz	453.8 KB	表示
XML形式データ	4gyo_validation.xml.gz	28.2 KB	表示
CIF形式データ	4gyo_validation.cif.gz	40 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/4gyo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/4gyo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i1aC 3q15 3ulq C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nvx-d 6b4i-2 4lmh-4 2zze-2 6b4j-1 2zzf-d 6b4j-2 3ffk-2 4qp2-d 4lm8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Response regulator aspartate phosphatase J

B: Response regulator aspartate phosphatase J

C: CSF peptide

D: CSF peptide

ヘテロ分子

90.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Response regulator aspartate phosphatase J

D: CSF peptide

ヘテロ分子

B: Response regulator aspartate phosphatase J

C: CSF peptide

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
90.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Response regulator aspartate phosphatase J

D: CSF peptide

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
45.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Response regulator aspartate phosphatase J

C: CSF peptide

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
45.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.725, 86.725, 225.805
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-582- HOH

#1: タンパク質	Response regulator aspartate phosphatase J 分子量: 44472.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: BSU02820, rapJ, ycdE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O34327, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質・ペプチド	CSF peptide 分子量: 593.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetically produced mature peptide CSF / 参照: UniProt: Q6DL83*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 18 mM Tris (pH 8.0), 133 mM KCl, 4 mM DTT, 294 mM magnesium chloride, 2% benzamidine hydrochloride, 9% PEG 3000, 100 mM sodium cacodylate (pH 6.4), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 47237 / Observed criterion σ(I): 4.39
反射シェル	解像度: 2.16→2.2 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.16→39 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2251	2125	4.51 %	RANDOM
R_work	0.1897	-	-	-
obs	0.1913	47142	99.86 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.536 Å² / k_sol: 0.345 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.9223 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.9223 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.8447 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6102	0	2	277	6381

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6270
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.48	8441
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.078	2330
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	871
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.001	1087

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1597-2.21	0.2607	138	0.2106	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.2652	0.2681	139	0.2085	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2652-2.3265	0.2679	139	0.2115	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3265-2.3949	0.248	140	0.2027	2952	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3949-2.4722	0.2685	140	0.2001	2959	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4722-2.5606	0.2538	140	0.1965	2966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5606-2.6631	0.2646	140	0.2052	2965	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6631-2.7843	0.2755	141	0.2165	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7843-2.9311	0.2316	139	0.2158	2977	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9311-3.1147	0.2397	142	0.2048	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1147-3.3551	0.2456	142	0.1986	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3551-3.6926	0.2038	141	0.181	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6926-4.2266	0.1927	145	0.1636	3050	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2266-5.324	0.2011	145	0.1614	3071	X-RAY DIFFRACTION	99
5.324-47.3226	0.2038	154	0.1944	3252	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4623	0.0718	-0.0132	3.4566	-0.3526	4.1055	-0.2486	0.2852	1.0339	0.0132	0.2094	-0.9967	-0.9304	0.0818	0.1465	0.1552	-0.1977	0.3016	0.1426	0.1132	0.3224	50.5613	65.1381	59.1759
2	2.7148	-0.1712	-1.2717	2.2993	-0.4656	5.2324	0.1684	0.2846	0.4289	-0.2822	0.0599	0.042	-0.7235	-0.2691	-0.082	0.2641	0.0357	0.0412	0.1484	0.0187	0.2171	36.6349	62.5947	71.5932
3	3.4434	-0.1707	-0.2208	2.2818	-0.315	3.7586	-0.0272	-0.1061	-0.3145	0.0126	-0.0472	-0.0794	0.5316	0.0873	0.0706	0.2436	0.0236	-0.0085	0.0932	-0.0014	0.2113	41.0294	43.6197	82.628
4	3.284	-1.2807	-0.1484	3.0995	0.978	4.5183	-0.0625	-0.1846	0.1947	0.3172	0.1621	-0.2372	-0.2095	0.7511	-0.0453	0.177	-0.0108	-0.0546	0.2982	-0.0324	0.2806	48.9179	56.2456	97.5952
5	4.084	0.2113	0.3957	1.4437	-1.171	8.3876	-0.2126	-0.41	0.1043	0.0945	0.0532	-0.1302	-0.0029	-0.2917	0.1346	0.2043	0.0679	-0.0215	0.2382	-0.0956	0.2191	32.5975	58.6373	102.7166
6	4.4518	0.0963	-0.0083	1.8472	-0.7493	4.8871	0.1983	0.2333	-0.7279	-0.4652	-0.4088	0.9725	0.5124	-0.6682	0.2254	0.3267	-0.0351	-0.2145	0.3629	-0.0622	0.7903	72.554	45.1625	75.8653
7	2.9788	-2.1454	-1.2203	4.5658	4.1933	6.371	0.5589	-0.7589	-1.8042	0.5602	-0.2395	0.3209	1.5982	0.2298	0.2629	0.5424	-0.2086	-0.0466	0.3822	0.2244	0.8285	80.1214	37.9997	85.1919
8	3.4312	1.1244	1.385	3.9123	1.1973	3.1734	0.0516	0.3217	-0.3753	-0.3684	0.0556	0.1646	0.2225	-0.0563	-0.1144	0.2172	0.0245	-0.0136	0.1937	-0.0144	0.2455	92.7249	53.7181	80.0583
9	9.1089	1.5449	0.9087	2.9075	-0.2182	3.6459	-0.1156	0.0494	0.5817	-0.2122	0.0705	0.1466	-0.1972	-0.0431	0.024	0.2891	0.0487	-0.0001	0.1343	-0.0294	0.2809	90.1122	70.2445	89.8022
10	2.8869	0.2424	1.7351	2.3215	-0.3193	4.8248	-0.0032	-0.4925	0.0396	0.2249	-0.0575	0.1821	0.0339	-0.5856	0.0499	0.2006	0.0405	0.1031	0.268	-0.0068	0.2145	88.0067	63.1652	106.1187
11	5.5672	0.0816	1.4189	7.2185	4.2016	3.4	-0.0488	-0.6629	-0.7357	0.898	-0.0557	-0.3048	1.0804	-0.4194	-0.0056	0.376	0.1054	0.0715	0.3308	0.127	0.3161	98.7512	50.5709	110.2662
12	6.768	1.2023	3.6509	4.9376	3.9315	8.3152	-0.464	-0.2338	0.1853	-0.0396	0.2404	0.1107	-0.0841	0.2437	0.1619	0.1975	0.0396	0.0334	0.2277	0.0857	0.1732	107.8611	55.4894	105.6242

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 6:67)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 68:172)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 173:252)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 253:329)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 330:371)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 7:67)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 68:94)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 95:195)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 196:233)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 234:307)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 308:329)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 330:371)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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