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- PDB-4gxm: OYE1-W116L in complex with aromatic product of R-carvone dismutation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gxm
タイトルOYE1-W116L in complex with aromatic product of R-carvone dismutation
要素NADPH dehydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / enoate reductase / OYE / carvone / enanatiocomplementarity / TIM barrel / FMN binding domain / NAD(P)H oxidoreductase / FMN NAD(P)H
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH dehydrogenase / : / NADPH dehydrogenase activity / FMN binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)phenol / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NADPH dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces pastorianus (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.362 Å
データ登録者Pompeu, Y.A. / Stewart, J.D.
引用ジャーナル: ACS CATALYSIS / 年: 2013
タイトル: X‑ray Crystallography Reveals How Subtle Changes Control the Orientation of Substrate Binding in an Alkene Reductase
著者: Pompeu, Y.A. / Sullivan, B. / Stewart, J.D.
履歴
登録2012年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,00616
ポリマ－44,9991
非ポリマー2,00715
水11,403633
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.120, 141.120, 42.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-415-

MG

21A-867-

HOH

31A-869-

HOH

41A-884-

HOH

51A-944-

HOH

61A-1112-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NADPH dehydrogenase 1 / Old yellow enzyme 1


分子量: 44998.590 Da / 分子数: 1 / 変異: w116L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharomyces pastorianus (酵母) / 遺伝子: OYE1 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold / 参照: UniProt: Q02899, NADPH dehydrogenase

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非ポリマー , 7種, 648分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#7: 化合物 ChemComp-0WV / 2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)phenol / 2-メチル-5-イソプロペニルフェノ-ル


分子量: 148.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12O
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Hepes, 35%PEG400, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月26日
放射モノクロメーター: si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 87102 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 16.5 % / Biso Wilson estimate: 13.08 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 60.1
反射 シェル解像度: 1.36→1.38 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.68 / Num. unique all: 2611 / Rsym value: 0.394 / % possible all: 56.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4gbu

4gbu


解像度: 1.362→34.227 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: 10% throughout / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 11.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1365 8695 9.99 %random
Rwork0.1079 ---
obs0.1108 87025 93.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.362→34.227 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3172 0 100 633 3905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013478
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4424725
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5971332
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.112482
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009619
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3622-1.37760.17991880.12261693X-RAY DIFFRACTION61
1.3776-1.39380.17021990.10981786X-RAY DIFFRACTION66
1.3938-1.41080.14912090.0971915X-RAY DIFFRACTION70
1.4108-1.42870.1552230.09682008X-RAY DIFFRACTION72
1.4287-1.44750.14432370.09462146X-RAY DIFFRACTION78
1.4475-1.46730.1322510.09282249X-RAY DIFFRACTION82
1.4673-1.48830.12982680.09172442X-RAY DIFFRACTION88
1.4883-1.51050.1382890.09122598X-RAY DIFFRACTION96
1.5105-1.53410.14023050.08632752X-RAY DIFFRACTION99
1.5341-1.55930.12823020.08052726X-RAY DIFFRACTION100
1.5593-1.58610.12833110.07832795X-RAY DIFFRACTION100
1.5861-1.6150.12493000.0782706X-RAY DIFFRACTION100
1.615-1.6460.1213090.08082779X-RAY DIFFRACTION100
1.646-1.67960.11753040.08112738X-RAY DIFFRACTION100
1.6796-1.71620.11743080.0842766X-RAY DIFFRACTION100
1.7162-1.75610.1193060.0892751X-RAY DIFFRACTION100
1.7561-1.80.13693110.09182800X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.84870.11983040.09422742X-RAY DIFFRACTION100
1.8487-1.90310.13263090.0992784X-RAY DIFFRACTION100
1.9031-1.96450.13913100.10182793X-RAY DIFFRACTION100
1.9645-2.03470.12383070.09872762X-RAY DIFFRACTION100
2.0347-2.11610.12423110.09652791X-RAY DIFFRACTION100
2.1161-2.21240.11913090.09492781X-RAY DIFFRACTION100
2.2124-2.32910.13013100.09562802X-RAY DIFFRACTION100
2.3291-2.47490.13163130.10192801X-RAY DIFFRACTION100
2.4749-2.6660.13323140.10882830X-RAY DIFFRACTION100
2.666-2.93410.12833130.122829X-RAY DIFFRACTION100
2.9341-3.35840.15353180.12592852X-RAY DIFFRACTION100
3.3584-4.230.13963210.11742898X-RAY DIFFRACTION100
4.23-34.23740.16923360.16133015X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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