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万見
- PDB-4gx5: GsuK Channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gx5
タイトルGsuK Channel
要素TrkA domain protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Membrane Protein / Ion Channel / ADP binding / NAD binding / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / nucleotide binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, N-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. / Helix Hairpins - #70 ...Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, N-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TrkA domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Kong, C. / Zeng, W. / Ye, S. / Chen, L. / Sauer, D.B. / Lam, Y. / Derebe, M.G. / Jiang, Y.
引用ジャーナル: elife / 年: 2012
タイトル: Distinct gating mechanisms revealed by the structures of a multi-ligand gated K(+) channel.
著者: Kong, C. / Zeng, W. / Ye, S. / Chen, L. / Sauer, D.B. / Lam, Y. / Derebe, M.G. / Jiang, Y.
履歴
登録2012年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TrkA domain protein
B: TrkA domain protein
C: TrkA domain protein
D: TrkA domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,21224
ポリマ－247,3214
非ポリマー89120
水00
1
A: TrkA domain protein
B: TrkA domain protein
ヘテロ分子

A: TrkA domain protein
B: TrkA domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,21224
ポリマ－247,3214
非ポリマー89120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area13540 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area80500 Å2
手法PISA
2
C: TrkA domain protein
D: TrkA domain protein
ヘテロ分子

C: TrkA domain protein
D: TrkA domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,21224
ポリマ－247,3214
非ポリマー89120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area13700 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area80330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)234.976, 108.364, 165.787
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 134.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

K

21A-602-

K

31A-603-

K

41A-604-

K

51A-607-

K

61A-608-

K

71C-601-

K

81C-602-

K

91C-603-

K

101C-604-

K

111C-608-

K

121C-609-

K

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 19:109 or resseq 111:260 or resseq 351:480 )
21chain B and (resseq 19:109 or resseq 111:260 or resseq 351:480 )
31chain C and (resseq 19:109 or resseq 111:260 or resseq 351:480 )
41chain D and (resseq 19:109 or resseq 111:260 or resseq 351:480 )

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNLEULEUchain 'A' and (resseq 19:109 or resseq 111:260 or resseq 351:480 )AA19 - 10916 - 106
12PROPROTHRTHRchain 'A' and (resseq 19:109 or resseq 111:260 or resseq 351:480 )AA111 - 260108 - 257
13ASPASPLYSLYSchain 'A' and (resseq 19:109 or resseq 111:260 or resseq 351:480 )AA351 - 480348 - 477
21ASNASNLEULEUchain 'B' and (resseq 19:109 or resseq 111:260 or resseq 351:480 )BB19 - 10916 - 106
22PROPROTHRTHRchain 'B' and (resseq 19:109 or resseq 111:260 or resseq 351:480 )BB111 - 260108 - 257
23ASPASPLYSLYSchain 'B' and (resseq 19:109 or resseq 111:260 or resseq 351:480 )BB351 - 480348 - 477
31ASNASNLEULEUchain 'C' and (resseq 19:109 or resseq 111:260 or resseq 351:480 )CC19 - 10916 - 106
32PROPROTHRTHRchain 'C' and (resseq 19:109 or resseq 111:260 or resseq 351:480 )CC111 - 260108 - 257
33ASPASPLYSLYSchain 'C' and (resseq 19:109 or resseq 111:260 or resseq 351:480 )CC351 - 480348 - 477
41ASNASNLEULEUchain 'D' and (resseq 19:109 or resseq 111:260 or resseq 351:480 )DD19 - 10916 - 106
42PROPROTHRTHRchain 'D' and (resseq 19:109 or resseq 111:260 or resseq 351:480 )DD111 - 260108 - 257
43ASPASPLYSLYSchain 'D' and (resseq 19:109 or resseq 111:260 or resseq 351:480 )DD351 - 480348 - 477

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要素

#1: タンパク質
TrkA domain protein


分子量: 61830.309 Da / 分子数: 4 / 変異: E52A, Q77E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
株: ATCC 51573 / DSM 12127 / PCA / 遺伝子: GSU0527 / プラスミド: pQE-70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q74FS9
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 13-18% PEG 3350, 250-500mM KSCN, 100mM CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 78 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03319 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 27539 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(I): 0.902
反射 シェル解像度: 3.7→3.76 Å / % possible all: 47.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.7→45.393 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2929 1382 5.03 %Random
Rwork0.2605 ---
obs0.2623 27458 86.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 162.069 Å2 / ksol: 0.29 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.7228 Å20 Å235.7441 Å2
2---20.1721 Å20 Å2
3---24.8948 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→45.393 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14246 0 20 0 14266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00614532
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05319788
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5875212
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0652365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042527
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2892X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.073
12B2892X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.073
13C2892X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
14D2892X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.064
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7001-3.83230.4203830.35781518X-RAY DIFFRACTION51
3.8323-3.98560.3802990.35121958X-RAY DIFFRACTION66
3.9856-4.16690.34521010.33052411X-RAY DIFFRACTION79
4.1669-4.38640.30981330.30142570X-RAY DIFFRACTION87
4.3864-4.6610.31871320.26392842X-RAY DIFFRACTION95
4.661-5.02040.25481680.23742959X-RAY DIFFRACTION99
5.0204-5.52490.31911400.25242974X-RAY DIFFRACTION99
5.5249-6.32250.28721550.25912979X-RAY DIFFRACTION99
6.3225-7.95870.28631830.23132978X-RAY DIFFRACTION99
7.9587-45.39630.27741880.25112887X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.24860.8722-1.41872.66441.30187.9572-0.11950.08270.9646-0.03220.4243-0.8813-0.59270.363-0.36251.6549-0.08950.01311.02190.03771.166-49.176-46.936960.1412
25.10580.8044-1.62695.25882.07476.8260.3844-0.07861.62790.17670.3185-0.5376-0.45170.5111-0.39511.0715-0.25330.17021.1814-0.04632.0811-108.0075-20.1203118.9765
32.74030.0434-1.8537.4517-0.86358.38210.11550.46760.17750.41870.36931.15180.10480.0666-0.29290.82660.1063-0.0261.12730.12961.3285-32.744811.284959.7713
48.3823-2.12353.24981.14380.01913.8717-0.51220.5512-1.6568-0.2759-0.10770.42850.1759-0.41850.40931.5838-0.42940.48961.5083-0.14771.4624-57.474411.238633.3616
54.8287-2.0469-2.19534.1088-0.5958.47780.42570.5021-0.1324-0.6529-0.2238-0.89321.11660.5418-0.00670.8539-0.0908-0.35951.3763-0.23761.2523-91.80738.2093119.0884
67.11770.6099-0.03074.6317-2.3423.2128-0.2509-0.0973-0.33620.30880.32320.0467-0.5407-0.1756-0.20411.470.24650.14171.3913-0.1031.0547-115.448438.165891.4855
73.26362.16270.47044.64493.13764.71090.15160.2924-0.9044-1.86660.4594-1.8243-0.00391.1726-0.71953.0716-1.35460.1682.1646-0.24851.5218-55.977812.77534.1456
83.4356-3.2646-0.86753.94112.24352.6686-0.5387-1.40342.12811.48610.4832-0.6599-0.87190.47660.57561.4133-0.23-0.08332.4276-0.53652.7616-62.629739.5326120.9481
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 18:119 ) OR ( CHAIN B AND RESID 17:119 )A18 - 119
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 18:119 ) OR ( CHAIN B AND RESID 17:119 )B17 - 119
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND RESID 19:119 ) OR ( CHAIN D AND RESID 18:119 )C19 - 119
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND RESID 19:119 ) OR ( CHAIN D AND RESID 18:119 )D18 - 119
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 120:261 OR RESID 350:480 OR RESID 605:605 ) )A120 - 261
6X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 120:261 OR RESID 350:480 OR RESID 605:605 ) )A350 - 480
7X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 120:261 OR RESID 350:480 OR RESID 605:605 ) )A605
8X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND ( RESID 120:260 OR RESID 350:480 OR RESID 601:601 ) )B120 - 260
9X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND ( RESID 120:260 OR RESID 350:480 OR RESID 601:601 ) )B350 - 480
10X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND ( RESID 120:260 OR RESID 350:480 OR RESID 601:601 ) )B601
11X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND ( RESID 120:261 OR RESID 351:482 OR RESID 605:605 ) )C120 - 261
12X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND ( RESID 120:261 OR RESID 351:482 OR RESID 605:605 ) )C351 - 482
13X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND ( RESID 120:261 OR RESID 351:482 OR RESID 605:605 ) )C605
14X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND ( RESID 120:261 OR RESID 351:482 OR RESID 601:601 ) )D120 - 261
15X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND ( RESID 120:261 OR RESID 351:482 OR RESID 601:601 ) )D351 - 482
16X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND ( RESID 120:261 OR RESID 351:482 OR RESID 601:601 ) )D601
17X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND ( RESID 261:349 OR RESID 481:564 ) )B261 - 349
18X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND ( RESID 261:349 OR RESID 481:564 ) )B481 - 564
19X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND ( RESID 262:350 OR RESID 483:564 ) )C262 - 350
20X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND ( RESID 262:350 OR RESID 483:564 ) )C483 - 564

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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