PDB-4gx1: Crystal structure of the GsuK bound to ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gx1

タイトル

Crystal structure of the GsuK bound to ADP

要素

TrkA domain protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Membrane Protein / Ion Channel / ADP Binding / NAD Binding / Membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / nucleotide binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacter sulfurreducens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Kong, C. / Zeng, W. / Ye, S. / Chen, L. / Sauer, D.B. / Lam, Y. / Derebe, M.G. / Jiang, Y.

引用

ジャーナル: elife / 年: 2012
タイトル: Distinct gating mechanisms revealed by the structures of a multi-ligand gated K(+) channel.
著者: Kong, C. / Zeng, W. / Ye, S. / Chen, L. / Sauer, D.B. / Lam, Y. / Derebe, M.G. / Jiang, Y.

履歴

登録	2012年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gx1.cif.gz	747.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gx1.ent.gz	616.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gx1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4gx1_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gx1_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	4gx1_validation.xml.gz	80.8 KB	表示
CIF形式データ	4gx1_validation.cif.gz	102.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/4gx1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/4gx1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4gvlC 4gx0C 4gx2C 4gx5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gx0-1 4gx2-2 4gx5-1 4gx0-2 4gx2-1 4gx5-2 5bvj-d 2fee-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (9) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (2) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TrkA domain protein

B: TrkA domain protein

C: TrkA domain protein

D: TrkA domain protein

ヘテロ分子

251 kDa, 4 ポリマー
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1

A: TrkA domain protein

B: TrkA domain protein

ヘテロ分子

A: TrkA domain protein

B: TrkA domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
250 kDa, 4 ポリマー
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2

C: TrkA domain protein

D: TrkA domain protein

ヘテロ分子

C: TrkA domain protein

D: TrkA domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
251 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	234.323, 111.442, 164.743
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 134.93, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-601- K
2	1	A-602- K
3	1	A-603- K
4	1	B-601- K
5	1	B-602- K
6	1	B-603- K
7	1	C-601- K
8	1	C-602- K
9	1	C-603- K
10	1	D-601- K
11	1	D-602- K

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質

TrkA domain protein

分子量: 61832.238 Da / 分子数: 4 / 変異: E52A, Q77E, L97D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
株: ATCC 51573 / DSM 12127 / PCA / 遺伝子: GSU0527 / プラスミド: pQE-70 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q74FS9

#6: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

-
非ポリマー , 6種, 298分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 13-18% PEG 3350, 250-500mM KSCN, 100mM CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 78 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 72260 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 0.97777
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / % possible all: 88.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→41.47 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2549	3623	5.06 %	Random
R_work	0.2125	-	-	-
obs	0.2147	71566	96.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.847 Å² / k_sol: 0.267 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.179 Å²	-0 Å²	-0.003 Å²
2-	-	-14.2443 Å²	0 Å²
3-	-	-	10.0653 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→41.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14244	0	185	273	14702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	14702
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.902	20046
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.817	5402
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	2401
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2535

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.8369	0.3559	130	0.3277	2547	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8369-2.8757	0.3859	119	0.328	2695	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8757-2.9168	0.4153	160	0.3151	2588	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9168-2.9603	0.3586	132	0.3048	2656	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9603-3.0066	0.3155	147	0.3	2648	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0066-3.0559	0.3756	154	0.2736	2572	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0559-3.1085	0.3196	146	0.2663	2677	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1085-3.165	0.3097	140	0.2661	2630	X-RAY DIFFRACTION	98
3.165-3.2259	0.3181	124	0.2648	2643	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2259-3.2917	0.3189	142	0.2484	2640	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2917-3.3633	0.297	144	0.235	2614	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3633-3.4415	0.2867	148	0.2191	2613	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4415-3.5275	0.2948	134	0.2153	2645	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5275-3.6228	0.2488	122	0.2137	2636	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6228-3.7293	0.262	158	0.2219	2595	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7293-3.8496	0.2532	139	0.1942	2651	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8496-3.9871	0.2739	142	0.1906	2610	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9871-4.1466	0.2042	123	0.1834	2636	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1466-4.3351	0.2027	150	0.1668	2595	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3351-4.5634	0.2122	140	0.1535	2573	X-RAY DIFFRACTION	96
4.5634-4.8489	0.176	151	0.1532	2625	X-RAY DIFFRACTION	96
4.8489-5.2227	0.2255	132	0.1614	2593	X-RAY DIFFRACTION	96
5.2227-5.747	0.2757	124	0.216	2571	X-RAY DIFFRACTION	95
5.747-6.5758	0.2628	127	0.2323	2614	X-RAY DIFFRACTION	95
6.5758-8.274	0.2289	147	0.2013	2552	X-RAY DIFFRACTION	94
8.274-41.4743	0.2362	148	0.2295	2524	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1158	0.361	-0.4285	1.588	0.3082	2.0274	-0.0238	-0.1128	-0.1932	0.4184	0.133	-0.1057	0.3649	-0.0234	-0.0922	0.5228	0.0424	-0.0751	0.3708	0.0765	0.6489	2.6903	48.7894	9.2215
2	2.0764	-0.7832	-0.1838	1.9569	0.762	1.5649	-0.0569	-0.2071	-0.2723	0.547	0.0662	0.1351	0.2652	-0.064	-0.0418	0.7194	0.0176	-0.0224	0.3659	0.0626	0.4918	-56.0564	20.8719	67.633
3	6.9587	3.0777	-1.1267	2.1159	-0.4095	0.6133	0.1329	-0.0944	0.0909	0.1725	0.0159	-0.0116	0.076	-0.0093	-0.1402	0.3723	0.0276	-0.0574	0.3385	-0.0569	0.238	2.0118	-12.947	25.8048
4	0.6783	0.2929	1.5736	1.4125	1.9116	6.9262	-0.0272	-0.0444	0.0526	-0.0093	0.0736	0.0671	-0.3219	-0.0101	0.0118	0.3	0.0487	0.0892	0.3814	0.1398	0.6605	-24.7555	-12.5194	2.4619
5	6.3508	1.3661	-1.291	0.8228	-0.5287	0.9049	-0.0415	0.1186	0.1787	0.1515	-0.0258	0.0106	-0.1608	-0.0159	0.0596	0.5723	0.1201	-0.0735	0.3317	-0.0858	0.3505	-57.111	-40.6379	83.6597
6	0.7498	0.232	0.8059	2.3245	3.1189	7.3893	-0.0378	-0.0125	0.034	-0.0205	0.0172	0.1774	-0.1171	-0.0687	0.0275	0.2522	0.038	0.0409	0.3786	0.0056	0.4594	-83.8747	-40.7175	59.1903
7	5.3742	-2.4579	-1.2516	7.427	1.4164	5.0477	-0.2406	-0.5076	0.0803	1.3501	0.1007	1.0432	-0.319	-0.6152	0.1184	0.6788	0.0465	0.0981	0.8028	0.1509	1.0114	-54.0499	-13.3475	5.6674
8	7.2027	2.2188	1.9413	6.343	2.9102	4.7346	-0.0079	-1.0442	0.3249	0.8492	-0.0461	-0.2298	0.5034	0.2371	-0.0226	0.8766	0.2944	-0.004	0.7791	-0.0035	0.503	-56.2629	-43.0763	113.2972

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 18:118 ) OR ( CHAIN B AND RESID 18:118 )	A	18 - 118
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 18:118 ) OR ( CHAIN B AND RESID 18:118 )	B	18 - 118
3	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN C AND RESID 19:118 ) OR ( CHAIN D AND RESID 18:118 )	C	19 - 118
4	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN C AND RESID 19:118 ) OR ( CHAIN D AND RESID 18:118 )	D	18 - 118
5	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND ( RESID 119:261 OR RESID 350:481 OR RESID 604:604 OR RESID 606:606 ) )	A	119 - 261
6	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND ( RESID 119:261 OR RESID 350:481 OR RESID 604:604 OR RESID 606:606 ) )	A	350 - 481
7	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND ( RESID 119:261 OR RESID 350:481 OR RESID 604:604 OR RESID 606:606 ) )	A	604
8	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND ( RESID 119:261 OR RESID 350:481 OR RESID 604:604 OR RESID 606:606 ) )	A	606
9	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND ( RESID 119:260 OR RESID 350:480 OR RESID 604:604 OR RESID 606:606 ) )	B	119 - 260
10	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND ( RESID 119:260 OR RESID 350:480 OR RESID 604:604 OR RESID 606:606 ) )	B	350 - 480
11	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND ( RESID 119:260 OR RESID 350:480 OR RESID 604:604 OR RESID 606:606 ) )	B	604
12	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND ( RESID 119:260 OR RESID 350:480 OR RESID 604:604 OR RESID 606:606 ) )	B	606
13	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND ( RESID 119:261 OR RESID 351:482 OR RESID 604:604 OR RESID 607:607 ) )	C	119 - 261
14	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND ( RESID 119:261 OR RESID 351:482 OR RESID 604:604 OR RESID 607:607 ) )	C	351 - 482
15	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND ( RESID 119:261 OR RESID 351:482 OR RESID 604:604 OR RESID 607:607 ) )	C	604
16	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND ( RESID 119:261 OR RESID 351:482 OR RESID 604:604 OR RESID 607:607 ) )	C	607
17	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN D AND ( RESID 119:261 OR RESID 351:482 OR RESID 603:603 OR RESID 604:604 ) )	D	119 - 261
18	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN D AND ( RESID 119:261 OR RESID 351:482 OR RESID 603:603 OR RESID 604:604 ) )	D	351 - 482
19	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN D AND ( RESID 119:261 OR RESID 351:482 OR RESID 603:603 OR RESID 604:604 ) )	D	603
20	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN D AND ( RESID 119:261 OR RESID 351:482 OR RESID 603:603 OR RESID 604:604 ) )	D	604
21	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND ( RESID 261:349 OR RESID 481:564 ) )	B	261 - 349
22	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND ( RESID 261:349 OR RESID 481:564 ) )	B	481 - 564
23	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN C AND ( RESID 262:350 OR RESID 483:564 ) )	C	262 - 350
24	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN C AND ( RESID 262:350 OR RESID 483:564 ) )	C	483 - 564

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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