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- PDB-4gwm: Crystal structure of human promeprin beta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gwm
タイトルCrystal structure of human promeprin beta
要素Meprin A subunit beta
キーワードHYDROLASE / Mulidomain structure
機能・相同性
機能・相同性情報


meprin B / meprin A complex / metalloendopeptidase activity / inflammatory response / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Meprin alpha/beta subunit / Meprin peptidase domain / Astacin-like domain profile. / Peptidase M12A / Astacin (Peptidase family M12A) / MAM domain signature. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / MATH domain / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) ...Meprin alpha/beta subunit / Meprin peptidase domain / Astacin-like domain profile. / Peptidase M12A / Astacin (Peptidase family M12A) / MAM domain signature. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / MATH domain / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Jelly Rolls - #200 / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Meprin A subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Arolas, J.L. / Broder, C. / Jefferson, T. / Guevara, T. / Sterchi, E.E. / Bode, W. / Stocker, W. / Becker-Pauly, C. / Gomis-Ruth, F.X.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis for the sheddase function of human meprin beta metalloproteinase at the plasma membrane
著者: Arolas, J.L. / Broder, C. / Jefferson, T. / Guevara, T. / Sterchi, E.E. / Bode, W. / Stocker, W. / Becker-Pauly, C. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2012年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Meprin A subunit beta
B: Meprin A subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,87424
ポリマ－134,5732
非ポリマー9,30022
水14,556808
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area46060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.620, 71.120, 85.740
Angle α, β, γ (deg.)74.87, 80.08, 65.13
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Meprin A subunit beta / Endopeptidase-2 / Meprin B / N-benzoyl-L-tyrosyl-P-amino-benzoic acid hydrolase subunit beta / PABA ...Endopeptidase-2 / Meprin B / N-benzoyl-L-tyrosyl-P-amino-benzoic acid hydrolase subunit beta / PABA peptide hydrolase / PPH beta


分子量: 67286.656 Da / 分子数: 2 / 断片: Promeprin beta ectomoiety, UNP residues 23-614 / 変異: T23P, P24W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEP1B / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q16820, meprin B

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糖 , 8種, 12分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1203.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4-4-2/a3-b1_a4-c1_a6-g1_c4-d1_d3-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-h1_f2-g1_h2-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1040.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4-2/a3-b1_a4-c1_a6-f1_c4-d1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 716.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1-2/a3-b1_a4-c1_a6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 818分子

#9: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#10: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#12: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#13: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 808 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 18.2%(wt/vol) PEG8000, 1M LiCl, 0.1M bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-110.9763
シンクロトロンESRF ID23-121.2815
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2011年8月28日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2011年8月28日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97631
21.28151
反射解像度: 1.85→48.45 Å / Num. obs: 118474 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 27.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.069 / Num. unique all: 118474 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ProDCデータ収集
SHELXS位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.85→48.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9591 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9483 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.79 / SU R Cruickshank DPI: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1879 1124 0.95 %RANDOM
Rwork0.1682 ---
all0.1684 118473 --
obs0.1684 118473 96.56 %-
原子変位パラメータBiso max: 153.09 Å2 / Biso mean: 39.52 Å2 / Biso min: 12.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1781 Å2-3.9334 Å23.7397 Å2
2--0.0476 Å22.8639 Å2
3----1.2257 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.276 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→48.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8966 0 606 808 10380
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4537SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes258HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1384HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9834HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1407SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11508SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d9834HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg13404HARMONIC20.99
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.83
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 0 %
Rwork0.2373 8684 -
all0.2373 8684 -
obs--96.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0686-0.2269-0.05731.2626-0.22381.4912-0.0027-0.02520.07630.01750.0434-0.2654-0.25150.2084-0.0407-0.0464-0.02550.00840.0167-0.06250.0435-11.84821.536-9.2443
22.3560.60730.42421.31120.46671.8943-0.067-0.19770.14080.0224-0.040.21790.1145-0.35820.107-0.0732-0.02060.00660.0746-0.08110.061-48.3216-11.1482-8.8015
31.1079-0.1584-0.23730.97610.11371.8645-0.0953-0.293-0.12850.27710.04870.00160.13560.00660.0466-0.02740.0157-0.00890.0333-0.0059-0.0561-27.3215-6.338311.366
41.0398-0.33920.33940.57780.13671.96420.002-0.1951-0.37870.1103-0.0410.17370.283-0.22340.0390.0715-0.03830.09040.08590.00860.2287-35.2765-12.87364.4782
51.12620.12860.33340.8539-0.03411.68610.13310.2091-0.1661-0.2279-0.05690.09790.2424-0.1222-0.07620.12810.0689-0.05160.0947-0.0938-0.0174-43.025-6.4082-43.2633
61.5193-0.5789-0.23991.76261.04441.4020.11290.13090.1625-0.1577-0.0978-0.0471-0.06730.04-0.01520.04560.03760.08-0.00170.00180.0326-31.089126.6161-26.092
70.8666-0.19560.36762.25860.27982.35890.03960.24880.1864-0.4906-0.1260.281-0.219-0.15270.08650.15590.1119-0.06310.1180.00350.0276-49.147419.2032-48.9487
80.86210.11440.64860.9340.071.3947-0.02160.20720.1189-0.2326-0.00480.1733-0.17610.03480.02650.28350.0930.09720.1845-0.02230.0507-38.418620.2173-44.5062
90.5695-0.1180.05290.6199-0.04420.46390.0490.0123-0.0281-0.0462-0.0134-0.0047-0.0432-0.014-0.03560.04260.0160.03250.1059-0.06740.0681-31.35991.7512-17.917
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ B|23 - B|257 B|701 - B|701 B|702 - B|702 }B23 - 257
2X-RAY DIFFRACTION1{ B|23 - B|257 B|701 - B|701 B|702 - B|702 }B701
3X-RAY DIFFRACTION1{ B|23 - B|257 B|701 - B|701 B|702 - B|702 }B702
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|258 - B|428 }B258 - 428
5X-RAY DIFFRACTION3{ B|429 - B|593 }B429 - 593
6X-RAY DIFFRACTION4{ B|703 - B|726 }B703 - 726
7X-RAY DIFFRACTION5{ A|25 - A|257 A|701 - A|701 A|702 - A|702 }A25 - 257
8X-RAY DIFFRACTION5{ A|25 - A|257 A|701 - A|701 A|702 - A|702 }A701
9X-RAY DIFFRACTION5{ A|25 - A|257 A|701 - A|701 A|702 - A|702 }A702
10X-RAY DIFFRACTION6{ A|258 - A|428 }A258 - 428
11X-RAY DIFFRACTION7{ A|429 - A|597 }A429 - 597
12X-RAY DIFFRACTION8{ A|703 - A|727 }A703 - 727
13X-RAY DIFFRACTION9{ A|728 - A|730 A|801 - A|1152 B|727 - B|729 B|801 - B|1256 }A728 - 730
14X-RAY DIFFRACTION9{ A|728 - A|730 A|801 - A|1152 B|727 - B|729 B|801 - B|1256 }A801 - 1152
15X-RAY DIFFRACTION9{ A|728 - A|730 A|801 - A|1152 B|727 - B|729 B|801 - B|1256 }B727 - 729
16X-RAY DIFFRACTION9{ A|728 - A|730 A|801 - A|1152 B|727 - B|729 B|801 - B|1256 }B801 - 1256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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