PDB-4gvw: Three-dimensional structure of the de novo designed serine hydrol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gvw

タイトル

Three-dimensional structure of the de novo designed serine hydrolase 2bfq_3, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR248

要素

De novo designed serine hydrolase

キーワード

DE NOVO PROTEIN / HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

機能・相同性

Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETIC ACID / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン / BALBES / 解像度: 2.113 Å

データ登録者

Kuzin, A. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Rajagopalan, S. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target OR248
著者: Kuzin, A. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Rajagopalan, S. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.

履歴

登録	2012年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gvw.cif.gz	91.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gvw.ent.gz	68.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gvw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gvw_validation.pdf.gz	448.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gvw_full_validation.pdf.gz	448.3 KB	表示
XML形式データ	4gvw_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	4gvw_validation.cif.gz	12.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/4gvw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/4gvw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bfrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1vhu-d 3och-2 6fx7-d 1fr9-d 1ra1-d 7k62-1 5e8q-1 6yl9-2 5ujx-1 4n1g-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NESG-OR248

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: De novo designed serine hydrolase

ヘテロ分子

22.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.644, 62.052, 107.067
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	De novo designed serine hydrolase 分子量: 21729.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.16 %
結晶化	手法: microbatch under oil / pH: 6 詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), Reservoir solution:0.1M Ammonium Sulfate, 0.1M MES, 40% PEG 8000, microbatch under oil

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月5日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 10802 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 24.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 37

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_988	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
msr165		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法: BALBES
開始モデル: 2BFR

2bfr

解像度: 2.113→41.427 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.839 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.239	520	4.82 %	random
R_work	0.172	-	-	-
obs	0.175	10795	98.31 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.836 Å² / k_sol: 0.378 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.19 Å² / B_iso mean: 32.397 Å² / B_iso min: 10.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.39 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.212 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.603 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.113→41.427 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1456	0	21	75	1552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1517
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.003	2044
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	225
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	262
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.144	564

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.113-2.326	0.282	123	0.197	2391	2514	93
2.326-2.662	0.254	130	0.184	2573	2703	100
2.662-3.354	0.255	135	0.171	2602	2737	100
3.354-41.435	0.212	132	0.161	2709	2841	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -12.6994 Å / Origin y: -15.0508 Å / Origin z: -16.0012 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1356 Å²	0.0064 Å²	0.0041 Å²	-	0.1769 Å²	-0.0398 Å²	-	-	0.1887 Å²
L	2.3216 °²	-0.056 °²	-0.0637 °²	-	2.7582 °²	-0.8577 °²	-	-	2.7186 °²
S	-0.0635 Å °	-0.3642 Å °	0.1322 Å °	0.3806 Å °	0.0271 Å °	-0.0096 Å °	-0.1355 Å °	-0.1266 Å °	0.0366 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 192
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 375
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 201
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 202
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 203

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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