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万見
- PDB-4gvb: Crystal structure of the virally encoded antifungal protein, KP6,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gvb
タイトルCrystal structure of the virally encoded antifungal protein, KP6, heterodimer
要素
  • KP6 killer toxin subunit alpha
  • KP6 killer toxin subunit beta
キーワードTOXIN / Antifungal protein / Secreted
機能・相同性Killer toxin KP6 alpha-subunit / toxin activity / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / extracellular region / Alpha Beta / KP6 killer toxin
機能・相同性情報
生物種Ustilago maydis virus P6 (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Smith, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: The Atomic Structure of the Virally Encoded Antifungal Protein, KP6.
著者: Allen, A. / Chatt, E. / Smith, T.J.
履歴
登録2012年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22013年2月13日Group: Database references
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KP6 killer toxin subunit alpha
B: KP6 killer toxin subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0362
ポリマ－18,0362
非ポリマー00
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.419, 44.419, 155.648
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

HOH

21B-131-

HOH

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要素

#1: タンパク質 KP6 killer toxin subunit alpha / VP10


分子量: 8893.862 Da / 分子数: 1 / 断片: KP6 alpha subunit / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ustilago maydis virus P6 (ウイルス) / 参照: UniProt: P16948
#2: タンパク質 KP6 killer toxin subunit beta / VP12.5


分子量: 9142.168 Da / 分子数: 1 / 断片: KP6 beta subunit / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ustilago maydis virus P6 (ウイルス) / 参照: UniProt: P16948
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Reservoir solution contained 50 mM Tris, pH 8.0, 0.7 M ammonium sulfate, and 1 mM sodium azide. The drops were composed of 1:1 ratio of reservoir solution and 8.2 mg/ml KP6, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Reservoir solution contained 50 mM Tris, pH 8.0, 0.7 M ammonium sulfate, and 1 mM sodium azide. The drops were composed of 1:1 ratio of reservoir solution and 8.2 mg/ml KP6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Osmic (blue) mirror optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→39 Å / Num. all: 13869 / Num. obs: 13869 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.2 %
反射 シェル解像度: 1.8→1.89 Å / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_353)精密化
SAINTデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→38.468 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 24.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2475 753 4.99 %Random
Rwork0.2148 ---
obs0.2164 -86.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.721 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7075 Å20 Å2-0 Å2
2--3.7075 Å20 Å2
3----7.4151 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.468 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1173 0 0 168 1341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071209
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9651623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.476417
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075162
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004214
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.9390.32371280.28972359X-RAY DIFFRACTION73
1.939-2.13410.29431340.25192560X-RAY DIFFRACTION79
2.1341-2.44290.31281550.23442754X-RAY DIFFRACTION85
2.4429-3.07760.24831710.21573187X-RAY DIFFRACTION97
3.0776-38.47680.20691650.19363465X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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