PDB-4guc: 1.4 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4guc

タイトル

1.4 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein BA_2500 from Bacillus anthracis str. Ames

要素

Protein BA_2500

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / virulence / pathogenesis / vaccine candidate / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

Immunoglobulin-like - #3720 / Protein of unknown function DUF5065 / Domain of unknown function (DUF5065) / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.4 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein BA_2500 from Bacillus anthracis str. Ames
著者: Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2012年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4guc.cif.gz	119.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4guc.ent.gz	101.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4guc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/4guc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/4guc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4qkt-1 1ebt-d 1moh-d 4mba-d 5bpq-4 2fam-d 6omw-4 5vgt-2 3lys-4 6mcr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: idp05410

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein BA_2500

B: Protein BA_2500

ヘテロ分子

28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein BA_2500

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein BA_2500

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.470, 34.708, 61.928
Angle α, β, γ (deg.)	81.33, 79.45, 70.07
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Protein BA_2500 分子量: 13892.291 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 40-156 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BA_2500, BAS2320, GBAA_2500 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q81QC7, UniProt: A0A6L7HJ72*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.08 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Crystallization condition: 25% PEG 3350, 0.2M Na Chloride, 0.1M Bis-Tris pH 5.6. Freezing condition: 25% PEG 3350, 0.2M Na Chloride, 0.1M Bis-Tris 7% Glyserol,7% EG, 7% Sucrose. Protein: 3.4 ...詳細: Crystallization condition: 25% PEG 3350, 0.2M Na Chloride, 0.1M Bis-Tris pH 5.6. Freezing condition: 25% PEG 3350, 0.2M Na Chloride, 0.1M Bis-Tris 7% Glyserol,7% EG, 7% Sucrose. Protein: 3.4 mg/mL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.08 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Crystallization condition: 25% PEG 3350, 0.2M Na Chloride, 0.1M Bis-Tris pH 5.6. Freezing condition: 25% PEG 3350, 0.2M Na Chloride, 0.1M Bis-Tris 7% Glyserol,7% EG, 7% Sucrose. Protein: 3.4 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.03316 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月20日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03316 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→30 Å / Num. all: 39510 / Num. obs: 39510 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 14.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 20.22
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1892 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.4→29.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 2.215 / SU ML: 0.041 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18693	1745	4.9 %	RANDOM
R_work	0.14737	-	-	-
obs	0.14932	33587	85.32 %	-
all	-	33587	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.227 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	-0.24 Å²	-0.04 Å²
2-	-	0.5 Å²	0.02 Å²
3-	-	-	-0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1896	0	30	302	2228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.772	1.941	2825
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.88	3	3423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.748	5	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.776	23.889	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	8.198	15	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.246	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	283
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2372
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	469
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.194	1.5	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.38	1.5	500
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.959	2	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.588	3	890
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.956	4.5	888

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.437 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.218	79	-
R_work	0.153	1345	-
obs	-	1345	45.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2104	-0.0196	0.2294	0.6643	0.2637	1.7928	-0.0406	0.0217	-0.0196	-0.0348	0.0313	-0.024	0.1032	-0.0213	0.0093	0.013	-0.0076	0.0041	0.0413	0.0093	0.0352	38.6396	22.0075	38.6341
2	0.703	-0.0872	0.0369	1.6729	-1.2545	2.2607	-0.0005	0.0346	0.0539	-0.0055	0.0535	0.0813	-0.0797	-0.0188	-0.0531	0.0185	0.0047	0.0075	0.0243	-0.0027	0.054	34.0113	30.5329	48.7841
3	0.7216	-0.1859	-0.5298	0.9321	0.1261	2.2266	0.028	0.0812	0.0132	-0.094	0.0036	-0.0285	-0.1351	0.1307	-0.0316	0.0173	-0.0123	0.0002	0.0537	0.0048	0.0435	43.604	27.3088	36.7584
4	0.6031	-0.0008	-0.3947	0.542	-0.4416	1.4749	0.0162	-0.0108	0.0785	0.0464	-0.0423	-0.0073	-0.1626	0.1355	0.0261	0.0205	-0.0186	-0.0052	0.0343	0.0075	0.0302	38.2727	31.0741	48.767
5	1.5165	-0.9907	0.5711	4.6281	-1.2951	2.9709	0.0141	0.0472	0.0778	-0.1044	-0.0041	-0.0577	-0.0101	-0.0349	-0.0099	0.0091	-0.0085	0.0141	0.0582	-0.0012	0.0352	35.306	27.8825	39.6226
6	1.8956	-0.2974	-0.2126	0.9016	0.5113	1.7671	-0.031	-0.1453	-0.0348	0.0813	0.0042	0.0515	0.068	0.0119	0.0268	0.0296	0.0021	0.0048	0.0125	0.0066	0.0312	45.9239	20.2923	77.173
7	1.1234	-0.5141	-0.0676	1.6117	0.9582	2.003	0.0553	0.0772	0.0129	0.0105	-0.1128	0.1075	-0.0047	0.053	0.0575	0.0043	-0.0004	0.0006	0.0185	-0.0048	0.0702	51.1007	23.9781	62.7193
8	0.967	0.1468	-0.0786	0.4248	0.124	2.8713	0.0385	-0.0322	0.0469	-0.0043	-0.0047	-0.0304	-0.0861	-0.1197	-0.0338	0.0084	0.0061	-0.0005	0.0101	-0.0023	0.0312	42.5336	24.998	71.7172
9	0.6974	0.1054	0.1397	2.0276	-0.2649	1.6441	0.0085	0.0606	0.073	-0.0766	0.0475	0.0352	-0.0732	0.0029	-0.056	0.0092	0.0003	-0.0064	0.0065	0.0012	0.0821	47.0789	27.5229	63.9229
10	2.1536	0.1843	0.5323	1.3502	-0.4836	2.0789	0.046	-0.0181	-0.1004	0.0354	-0.068	-0.2115	0.0534	-0.0015	0.0221	0.0193	-0.0038	0.0056	0.0126	0.0052	0.0509	48.6649	22.3488	71.6609

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	42 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	68 - 86
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	87 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	112 - 143
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	144 - 156
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	42 - 64
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	65 - 87
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	88 - 117
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	118 - 139
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	140 - 156

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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