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- PDB-4gu9: Focal adhesion kinase catalytic domain in complex with (2-Fluoro-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gu9
タイトルFocal adhesion kinase catalytic domain in complex with (2-Fluoro-phenyl)-(1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)-amine
要素Focal adhesion kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Protein tyrosine kinase / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


netrin-activated signaling pathway / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of endothelial cell migration / regulation of epithelial cell migration / detection of muscle stretch / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / JUN kinase binding / signal complex assembly / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of macrophage proliferation ...netrin-activated signaling pathway / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of endothelial cell migration / regulation of epithelial cell migration / detection of muscle stretch / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / JUN kinase binding / signal complex assembly / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of macrophage proliferation / DCC mediated attractive signaling / Signal regulatory protein family interactions / positive regulation of fibroblast migration / MET activates PTK2 signaling / growth hormone receptor signaling pathway / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of focal adhesion assembly / negative regulation of cell-cell adhesion / Apoptotic cleavage of cellular proteins / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of wound healing / regulation of osteoblast differentiation / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / positive regulation of macrophage chemotaxis / regulation of cytoskeleton organization / establishment of cell polarity / vascular endothelial cell response to oscillatory fluid shear stress / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / negative regulation of anoikis / positive regulation of epithelial cell migration / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / ephrin receptor signaling pathway / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / regulation of cell adhesion / heart morphogenesis / Integrin signaling / stress fiber / EPHB-mediated forward signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / protein tyrosine phosphatase activity / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SH2 domain binding / ciliary tip / molecular function activator activity / placenta development / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / axon guidance / integrin-mediated signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / non-specific protein-tyrosine kinase / cell motility / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / integrin binding / epidermal growth factor receptor signaling pathway / regulation of cell shape / regulation of cell population proliferation / cell migration / RAF/MAP kinase cascade / actin binding / protein tyrosine kinase activity / angiogenesis / cell cortex / protein phosphatase binding / cytoskeleton / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cilium / positive regulation of cell migration / ciliary basal body / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / centrosome / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain / Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain superfamily / Focal adhesion kinase, N-terminal / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / Focal adhesion targeting region / FERM N-terminal domain / : / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / FERM domain signature 2. / FERM central domain ...Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain / Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain superfamily / Focal adhesion kinase, N-terminal / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / Focal adhesion targeting region / FERM N-terminal domain / : / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4GU / Focal adhesion kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Musil, D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Fragment-based discovery of new highly substituted 1H-pyrrolo[2,3-b]- and 3H-imidazolo[4,5-b]-pyridines as focal adhesion kinase inhibitors.
著者: Heinrich, T. / Seenisamy, J. / Emmanuvel, L. / Kulkarni, S.S. / Bomke, J. / Rohdich, F. / Greiner, H. / Esdar, C. / Krier, M. / Gradler, U. / Musil, D.
履歴
登録2012年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Focal adhesion kinase 1
B: Focal adhesion kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3744
ポリマ－63,9162
非ポリマー4582
水2,396133
1
A: Focal adhesion kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1872
ポリマ－31,9581
非ポリマー2291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Focal adhesion kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1872
ポリマ－31,9581
非ポリマー2291
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.541, 88.288, 136.761
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Focal adhesion kinase 1 / FADK 1 / Focal adhesion kinase-related nonkinase / FRNK / Protein phosphatase 1 regulatory subunit ...FADK 1 / Focal adhesion kinase-related nonkinase / FRNK / Protein phosphatase 1 regulatory subunit 71 / PPP1R71 / Protein-tyrosine kinase 2 / p125FAK / pp125FAK


分子量: 31957.928 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC Protein kinase domain resides 410-686 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTK2, FAK, FAK1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q05397, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-4GU / N-(2-fluorophenyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 229.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8FN5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 0.1 M tris, 16% PEG3350, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→44 Å / Num. all: 22787 / Num. obs: 22728 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 49.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.56 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
BUSTER2.11.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PXK

3pxk


解像度: 2.4→44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9433 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9227 / SU R Cruickshank DPI: 0.366 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2208 1165 5.13 %RANDOM
Rwork0.1779 ---
obs0.1801 22727 99.75 %-
all-22787 --
原子変位パラメータBiso mean: 45.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2429 Å20 Å20 Å2
2---0.0118 Å20 Å2
3----1.2311 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.286 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4079 0 34 133 4246
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014210HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.15691HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1476SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes93HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes601HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4210HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.19
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion538SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4721SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.52 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2528 166 5.62 %
Rwork0.1839 2788 -
all0.1879 2954 -
obs--99.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.43250.8389-0.86021.3436-1.08582.4225-0.01270.2050.1485-0.0690.09980.0611-0.0317-0.3103-0.087-0.11760.03810.0064-0.08030.0639-0.10398.663519.6507-34.3308
21.19280.3994-0.15311.93-0.50080.8576-0.0207-0.1197-0.02460.00390.0576-0.01040.0865-0.0059-0.0369-0.05950.0136-0.0154-0.07720.0049-0.08917.8154-0.2868-2.8902
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A414 - 685
2X-RAY DIFFRACTION2B415 - 683

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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