PDB-4gtl: T. Maritima FDTS (R174K mutant) with FAD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gtl

タイトル

T. Maritima FDTS (R174K mutant) with FAD

要素

Thymidylate synthase thyX

キーワード

TRANSFERASE / Flavin-dependent thymidylate synthase / TM0449 / R174K mutant / FAD

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / NADPH binding / flavin adenine dinucleotide binding / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Mathews, I.I. / Lesley, S.A. / Kohen, A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Folate binding site of flavin-dependent thymidylate synthase.
著者: Koehn, E.M. / Perissinotti, L.L. / Moghram, S. / Prabhakar, A. / Lesley, S.A. / Mathews, I.I. / Kohen, A.

履歴

登録	2012年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gtl.cif.gz	372.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gtl.ent.gz	308.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gtl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gtl_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gtl_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4gtl_validation.xml.gz	34.8 KB	表示
CIF形式データ	4gtl_validation.cif.gz	46.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/4gtl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/4gtl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gt9C 4gtaC 4gtbC 4gtcC 4gtdC 4gteC 4gtfC 1o26S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1o25-d 1kq4-d 4gtc-d 1o24-d 4gte-d 1o2a-d 3g4a-d 5iot-d 4kar-d 5ioq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate synthase thyX

B: Thymidylate synthase thyX

C: Thymidylate synthase thyX

D: Thymidylate synthase thyX

ヘテロ分子

112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.780, 116.460, 141.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.954869, 0.249323, -0.161442), (0.275402, 0.53956, -0.795631), (-0.111262, -0.804185, -0.583873)	73.53217, 101.43067, 220.42747
3	given	(0.955421, -0.257005, 0.145325), (-0.254488, -0.966406, -0.035977), (0.149689, -0.002611, -0.98873)	-4.36265, 98.12175, 223.04779
4	given	(-0.999957, -0.007056, -0.006025), (-0.000849, -0.577084, 0.816684), (-0.009239, 0.816654, 0.577053)	68.72907, -25.09503, 13.48981

#1: タンパク質	Thymidylate synthase thyX / TS / TSase 分子量: 27475.666 Da / 分子数: 4 / 変異: R174K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: thyX, thy1, TM_0449 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYT0, thymidylate synthase (FAD)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.85 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50-60% PEG 200 and 100mM Tris HCL (pH 8.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月18日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→40 Å / Num. all: 47764 / Num. obs: 47764 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 2.17→2.23 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1O26

1o26

解像度: 2.17→38.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 15.526 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24073	2415	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18939	-	-	-
obs	0.19198	45284	99.79 %	-
all	-	45284	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.402 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.17→38.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7218	0	141	81	7440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	7581
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5269
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.725	1.969	10277
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.966	3	12691
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.473	5	854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.584	22.593	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.664	15	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.84	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	8179
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.17→2.226 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	165	-
R_work	0.296	3050	-
obs	-	-	99.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1898	1.523	1.0697	3.4019	2.6616	7.0034	-0.2146	0.3748	0.0523	-0.7776	0.2475	-0.1024	-1.2852	0.4773	-0.0329	0.3363	0.004	-0.0024	0.2163	0.0193	0.1435	30.0052	64.277	108.9674
2	1.3299	0.002	-0.3104	2.3959	1.1993	4.506	-0.048	0.0973	-0.0429	-0.279	-0.0241	0.0545	0.0083	-0.3423	0.0721	0.0937	-0.0094	0.0173	0.0962	0.0115	0.1653	26.45	55.7971	112.5779
3	0.705	0.0749	0.8958	1.2624	0.7538	5.1984	-0.0022	-0.1038	0.0472	0.0433	-0.0521	0.0343	-0.237	-0.3459	0.0543	0.1363	-0.0079	0.0182	0.0937	0.0046	0.157	27.463	62.2837	129.6837
4	0.7319	0.356	0.9476	3.6559	2.7485	6.6629	-0.0531	-0.0687	0.255	-0.6577	-0.0211	-0.1704	-1.027	-0.0134	0.0742	0.2028	-0.0394	0.0594	0.1657	-0.0115	0.2538	43.4605	57.5197	101.3652
5	1.5544	0.6333	0.6526	2.4976	1.538	3.0272	-0.0042	0.0505	-0.0376	-0.1911	0.1013	-0.3061	0.0742	0.2281	-0.0971	0.1335	-0.0126	0.0721	0.1196	0.0426	0.1769	43.7473	43.2222	96.121
6	0.5085	-0.5965	-0.9176	3.8484	2.2227	6.0642	-0.0784	-0.1896	-0.1056	0.693	0.0232	0.1026	1.3273	-0.1434	0.0552	0.3505	-0.1025	-0.014	0.1445	0.009	0.1862	24.4336	24.6824	118.5575
7	2.1339	-0.3619	-1.5221	2.2726	1.499	4.9145	0.0942	-0.0647	-0.0408	-0.0014	-0.0374	-0.0041	-0.1781	-0.2027	-0.0569	0.015	-0.0093	-0.0275	0.0872	0.044	0.1607	23.4261	33.1413	115.654
8	1.0455	-0.0043	-1.0159	1.4435	0.8361	4.5213	0.0097	0.1353	-0.0868	-0.2531	-0.0175	0.0468	0.1574	-0.3845	0.0077	0.0828	-0.0159	-0.0249	0.0842	0.0057	0.1962	24.437	26.8519	98.2894
9	1.0203	0.0823	-0.9892	5.0593	3.03	6.4335	-0.103	0.0444	-0.3272	0.8328	-0.1118	0.0938	1.3509	-0.0244	0.2148	0.3115	0.0081	-0.0006	0.1294	0.0418	0.2171	37.9594	27.4533	128
10	0.8161	-0.4428	-0.4407	3.4475	2.1659	3.4418	0.0142	-0.0892	-0.0872	0.2792	0.1535	-0.2543	0.0902	0.2734	-0.1676	0.034	-0.0215	-0.0498	0.1659	0.0696	0.1499	40.4754	41.4739	134.0475

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	90 - 217
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	0 - 31
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	37 - 219
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	0 - 32
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	36 - 88
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	94 - 220
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	0 - 32
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	36 - 218

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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