PDB-4gte: T. Maritima FDTS (E144R mutant) with FAD and Folate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gte

タイトル

T. Maritima FDTS (E144R mutant) with FAD and Folate

要素

Thymidylate synthase thyX

キーワード

TRANSFERASE / Flavin-dependent thymidylate synthase / TM0449 / E144R mutant / Folate

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / NADPH binding / flavin adenine dinucleotide binding / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Mathews, I.I. / Lesley, S.A. / Kohen, A. / Prabhakar, A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Folate binding site of flavin-dependent thymidylate synthase.
著者: Koehn, E.M. / Perissinotti, L.L. / Moghram, S. / Prabhakar, A. / Lesley, S.A. / Mathews, I.I. / Kohen, A.

履歴

登録	2012年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gte.cif.gz	376 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gte.ent.gz	310.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gte.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gte_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gte_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	4gte_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	4gte_validation.cif.gz	48.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/4gte ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/4gte	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gt9C 4gtaC 4gtbC 4gtcC 4gtdC 4gtfC 4gtlC 1o26S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gtc-d 1o2a-d 1o24-d 4kas-d 1o2b-d 5ios-d 4gtl-d 1o25-d 4kar-d 4gtd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate synthase thyX

B: Thymidylate synthase thyX

C: Thymidylate synthase thyX

D: Thymidylate synthase thyX

ヘテロ分子

114 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.710, 117.070, 141.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Thymidylate synthase thyX / TS / TSase 分子量: 27531.760 Da / 分子数: 4 / 変異: E144R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: thyX, thy1, TM_0449 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYT0, thymidylate synthase (FAD)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-MEF / N-({4-[(6aR)-3-amino-1-oxo-1,2,5,6,6a,7-hexahydroimidazo[1,5-f]pteridin-8(9H)-yl]phenyl}carbonyl)-L-glutamic acid / 5,10-methylene,5,6,7,8-tetrahydrofolate / (6R)-5,10-メチレンテトラヒドロ葉酸分子量: 457.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃N₇O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.39 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50-60% PEG 200 and 100mM Tris HCL (pH 8.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月28日 / 詳細: K-B focusing mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→40 Å / Num. all: 73284 / Num. obs: 73284 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.89→1.94 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 5349 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
REFMAC	5.5.0110	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC	5.5.0110	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1O26

1o26

解像度: 1.89→38.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 7.007 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21266	3687	5 %	RANDOM
R_work	0.18367	-	-	-
obs	0.18512	69504	99.17 %	-
all	-	69504	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.883 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→38.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7231	0	206	162	7599

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	7674
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5341
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.666	1.979	10414
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.978	3	12839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.107	5	855
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.688	22.277	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.891	15	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.879	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	8256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.923	1.5	4312
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.286	1.5	1711
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.662	2	7001
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.628	3	3362
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.217	4.5	3412
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.89→1.939 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	270	-
R_work	0.266	5055	-
obs	-	-	99.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0022	0.0622	0.5784	1.2566	0.921	4.8254	0.0136	-0.0084	0.0595	0.0552	-0.0295	0.0419	-0.2059	-0.2758	0.016	0.0473	0.0053	-0.0072	0.0217	0.0158	0.0773	28.4095	60.9694	123.0666
2	1.1211	0.5617	0.4499	2.8773	1.6827	3.2421	0.0153	0.0587	-0.04	-0.2699	0.0672	-0.3099	-0.0273	0.1904	-0.0824	0.0412	0.0052	0.0422	0.0471	0.0441	0.1028	44.5652	45.2727	97.4661
3	0.9317	-0.15	-0.9014	1.5727	0.9839	4.2773	0.0163	0.0504	-0.0771	-0.1214	-0.0093	0.0547	0.1012	-0.2411	-0.007	0.0211	-0.0116	-0.0186	0.0164	0.0137	0.114	25.5983	28.2148	106.1904
4	0.9802	-0.626	-0.6533	2.9617	1.9975	3.2421	-0.0408	-0.1348	-0.0305	0.324	0.156	-0.2553	0.1207	0.3048	-0.1152	0.0637	-0.0057	-0.0505	0.0758	0.0461	0.0869	40.9161	40.1816	133.8459

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	38 - 217
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 31
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	37 - 91
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 220
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 32
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	36 - 220
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	4	D	37 - 218

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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