PDB-4gs5: The crystal structure of acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-ac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gs5

タイトル

The crystal structure of acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II-like protein from Dyadobacter fermentans DSM 18053

要素

Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II-like protein

キーワード

LIGASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / fatty acid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Dyadobacter fermentans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.018 Å

データ登録者

Tan, K. / Holowicki, J. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II-like protein from Dyadobacter fermentans DSM 18053
著者: Tan, K. / Holowicki, J. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gs5.cif.gz	156.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gs5.ent.gz	123.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gs5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/4gs5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/4gs5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4txa-d 1u7w-2 6ifi-d 3oiy-1 6ckj-1 4fu4-2 2arb-d 2auy-d 6ckk-d 1c81-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC103395

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II-like protein

ヘテロ分子

41.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.148, 67.148, 176.257
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

詳細

Experimentally unknown. The molecule is predicted to be a monomer.

#1: タンパク質	Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II-like protein 分子量: 39665.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dyadobacter fermentans (バクテリア) 株: DSM 18053 / 遺伝子: Dfer_1215 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: C6W5A4
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M Ammonium Iodine, 20% (w/v) PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月23日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.018→33 Å / Num. all: 27429 / Num. obs: 27429 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 31.2
反射シェル	解像度: 2.02→2.05 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 1340 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.018→32.981 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2545	1373	5.02 %	Random
R_work	0.1956	-	-	-
all	0.1984	27373	-	-
obs	0.1984	27373	99.68 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 33.609 Å² / k_sol: 0.322 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.3829 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.3829 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.7658 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.018→32.981 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2681	0	60	155	2896

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2790
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.015	3768
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.012	1009
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	427
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	483

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0179-2.09	0.284	120	0.2276	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.1737	0.2909	129	0.2141	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1737-2.2726	0.2607	132	0.2093	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2726-2.3923	0.288	147	0.2138	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3923-2.5422	0.3082	144	0.2256	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5422-2.7384	0.3008	143	0.2224	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7384-3.0138	0.2841	151	0.2209	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0138-3.4495	0.2645	147	0.211	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4495-4.3444	0.2401	139	0.1675	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3444-32.9854	0.1937	121	0.1741	2796	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2642	0.3414	-0.1696	1.432	0.2047	6.0224	-0.1081	0.7475	0.1378	-0.4679	-0.2569	0.0528	-0.051	-0.0933	0.0602	0.4837	0.4504	-0.0231	1.5166	0.3434	-0.1963	14.8177	31.2517	-18.7229
2	1.9787	-0.8238	-0.318	0.5133	0.1188	0.0651	0.2393	1.2861	0.1043	-0.4569	-0.3546	0.0511	-0.0686	-0.6552	0.0973	0.2416	-0.0221	-0.0423	0.717	-0.1183	0.1502	18.8647	16.8786	-10.7174
3	5.9715	0.4941	-0.5504	1.3393	0.2851	2.8656	0.2504	1.1286	0.6037	-0.2995	-0.1709	-0.0903	0.0272	0.0799	-0.0559	0.188	0.1254	0.0178	0.5016	0.1135	0.2094	17.4686	29.9914	-5.1629
4	2.9284	-0.1727	-0.9358	6.2648	-0.2408	2.6808	0.1296	0.1475	0.589	0.1768	-0.0185	-0.3872	-0.2426	0.1471	-0.0941	0.104	0.0101	0.0245	0.3016	0.0011	0.3021	24.9032	33.6444	7.3907
5	3.1915	-1.3139	-1.5416	4.3506	4.4283	4.5756	-0.1362	0.2867	-0.1645	0.153	0.0332	0.0946	0.3491	-0.245	0.1018	0.218	-0.0199	0.0221	0.2752	-0.0263	0.1559	19.7315	19.9063	9.9259
6	5.8416	-0.2244	1.2835	2.8147	-0.4811	4.0349	0.0232	0.2828	-0.5757	-0.2077	-0.0346	0.1041	1.0239	-0.4769	-0.0332	0.391	-0.1113	0.0787	0.2329	-0.0745	0.2858	18.6748	6.8938	8.9969
7	4.4267	-0.9801	4.819	1.9904	-2.5735	6.5288	0.0581	-0.0196	-0.0767	0.1187	-0.212	-0.1386	0.6851	0.1716	0.1433	0.2842	-0.0055	0.0317	0.1517	-0.0112	0.2038	26.7051	9.9334	19.5539
8	6.1184	0.9652	-0.7268	3.0007	0.5874	3.2003	0.1167	-0.0685	0.1819	0.2106	-0.1477	-0.3273	0.258	0.594	0.0371	0.3333	0.1049	0.0139	0.1905	0.1134	0.2734	47.8326	7.2679	29.0315
9	3.828	-1.8107	-2.175	1.6073	-0.3833	4.3519	-0.4189	0.2794	-0.3098	-0.0229	-0.2474	0.0497	0.9503	0.5685	0.5213	0.4839	0.1633	0.0962	0.3483	0.075	0.3949	47.1655	1.4085	23.7686

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:18)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 19:69)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 70:127)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 128:177)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 178:198)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 199:230)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 231:254)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 255:314)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 315:350)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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