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万見
- PDB-4gqa: Crystal structure of NAD binding oxidoreductase from Klebsiella p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gqa
タイトルCrystal structure of NAD binding oxidoreductase from Klebsiella pneumoniae
要素NAD binding Oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / NAD(P)-binding Rossmann-fold domain / NAD binding
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素 / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...: / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Oxidoreductase, NAD binding
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Osinski, S. / Majorek, K.A. / Niedzialkowska, E. / Osinski, T. / Porebski, P.J. / Nawar, A. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. ...Osinski, S. / Majorek, K.A. / Niedzialkowska, E. / Osinski, T. / Porebski, P.J. / Nawar, A. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of NAD binding oxidoreductase from Klebsiella pneumoniae (CASP Target)
著者: Osinski, S. / Majorek, K.A. / Niedzialkowska, E. / Osinski, T. / Porebski, P.J. / Nawar, A. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York ...著者: Osinski, S. / Majorek, K.A. / Niedzialkowska, E. / Osinski, T. / Porebski, P.J. / Nawar, A. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
履歴
登録2012年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD binding Oxidoreductase
B: NAD binding Oxidoreductase
C: NAD binding Oxidoreductase
D: NAD binding Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,83411
ポリマ－183,7674
非ポリマー1,0677
水6,233346
1
A: NAD binding Oxidoreductase
B: NAD binding Oxidoreductase
ヘテロ分子

A: NAD binding Oxidoreductase
B: NAD binding Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,75610
ポリマ－183,7674
非ポリマー9896
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area17440 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area50750 Å2
手法PISA
2
C: NAD binding Oxidoreductase
D: NAD binding Oxidoreductase
ヘテロ分子

C: NAD binding Oxidoreductase
D: NAD binding Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,91212
ポリマ－183,7674
非ポリマー1,1458
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area18280 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area50450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.418, 113.026, 132.174
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-558-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPAA3 - 39025 - 412
21ASPASPBB3 - 39025 - 412
12ASPASPAA3 - 39025 - 412
22ASPASPCC3 - 39025 - 412
13ASPASPAA3 - 39025 - 412
23ASPASPDD3 - 39025 - 412
14ASPASPBB3 - 39025 - 412
24ASPASPCC3 - 39025 - 412
15LYSLYSBB3 - 38925 - 411
25LYSLYSDD3 - 38925 - 411
16ASPASPCC3 - 39025 - 412
26ASPASPDD3 - 39025 - 412

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
NAD binding Oxidoreductase


分子量: 45941.691 Da / 分子数: 4 / 変異: L49M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 株: 342 / 遺伝子: KPK_4084 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: B5Y097, 酸化還元酵素
#2: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2M di-Amonium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月8日 / 詳細: beryllium lens
放射モノクロメーター: C(111) diamond laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→50 Å / Num. all: 65155 / Num. obs: 65155 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.42→2.46 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.648 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.6.0117精密化
Cootモデル構築
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.42→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 18.123 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.433 / ESU R Free: 0.251
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22978 3272 5 %RANDOM
Rwork0.18584 ---
obs0.18805 61607 99.3 %-
all-61607 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.332 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.36 Å20 Å2-0.34 Å2
2--6.45 Å20 Å2
3----4.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11513 0 41 346 11900
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01911965
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.028080
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6411.94516213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.385319479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0151529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.49523.529595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.97151715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0071595
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A130390.09
12B130390.09
21A131330.08
22C131330.08
31A131500.08
32D131500.08
41B129800.09
42C129800.09
51B133520.07
52D133520.07
61C130630.08
62D130630.08
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.483 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 231 -
Rwork0.31 4393 -
obs--98.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4894-0.10050.26240.0463-0.02480.65120.06290.22670.0293-0.03450.022-0.0084-0.0769-0.2248-0.08480.08570.0079-0.03310.18350.05750.0949-18.21664.31746.317
21.6245-0.151-0.29760.09730.03350.86760.03970.0969-0.0257-0.00320.02710.0168-0.01490.3182-0.06680.0945-0.01840.00410.1646-0.04480.118621.60759.71551.592
31.2480.0172-0.2280.063-0.08480.78320.0442-0.2184-0.02940.04110.06930.00850.0929-0.2157-0.11350.07040.0044-0.00430.16740.06280.089640.30537.29219.669
41.3957-0.00130.36360.0058-0.02611.34440.06450.1201-0.0059-0.0050.0123-0.0080.0288-0.335-0.07690.0858-0.0164-0.04140.12680.04260.137436.19441.865-14.582
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 390
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 390
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 390
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 390

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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