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万見
- PDB-4gpo: Oligomeic Turkey Beta1-Adrenergic G Protein-Coupled Receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gpo
タイトルOligomeic Turkey Beta1-Adrenergic G Protein-Coupled Receptor
要素Beta-1 adrenergic receptor
キーワードRECEPTOR / seven-transmembrane helix receptor / G-protein coupled receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


beta1-adrenergic receptor activity / positive regulation of heart rate by epinephrine-norepinephrine / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / early endosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta 1 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) ...Beta 1 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-1 adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Huang, J.J. / Chen, S. / Zhang, J.J. / Huang, X.Y.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of oligomeric beta-1-adrenergic G protein-coupled receptors in ligand-free basal state.
著者: Huang, J. / Chen, S. / Zhang, J.J. / Huang, X.Y.
履歴
登録2012年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月24日Group: Refinement description
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-1 adrenergic receptor
B: Beta-1 adrenergic receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5052
ポリマ－71,5052
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area30210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)229.660, 79.590, 69.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 36:237 or resseq 280:356 )
211chain B and (resseq 36:237 or resseq 280:356 )

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要素

#1: タンパク質 Beta-1 adrenergic receptor / Beta-1 adrenoreceptor / Beta-1 adrenoceptor / Beta-T


分子量: 35752.598 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 33-243,272-276,279-367 / 変異: STABILISING MUTATIONS / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)
遺伝子: ADRB1 / プラスミド: pVL1393 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five / 参照: UniProt: P07700

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20mM sodium acetate, 100-300mM ammonium sulfate, 26~30% PEG200, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
PH範囲: 3.6-4.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月30日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→67.57 Å / Num. obs: 17463 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 3.35→3.44 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 1275 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y04

2y04


解像度: 3.5→29.779 Å / SU ML: 1.54 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 40.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3546 642 4.94 %RANDOM
Rwork0.3099 ---
obs0.3121 13006 83.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.16 Å / VDWプローブ半径: 0.5 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.906 Å2 / ksol: 0.254 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4683 Å2-0 Å212.3701 Å2
2--3.7643 Å20 Å2
3----9.5631 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→29.779 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4442 0 0 0 4442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1366205
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.261593
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084746
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005745
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2217X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2217X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.02
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.76980.5524730.47671428X-RAY DIFFRACTION48
3.7698-4.14830.47541000.36922160X-RAY DIFFRACTION74
4.1483-4.74640.32231520.26672881X-RAY DIFFRACTION98
4.7464-5.97210.34911400.29492931X-RAY DIFFRACTION99
5.9721-29.78040.29711770.29282964X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7954-0.39590.17260.7802-0.52261.0011-0.02310.1115-0.1781-0.2534-0.13290.1042-0.03910.1053-0.07550.2712-0.06870.0922-0.2136-0.08560.3455-32.0337-0.037310.0043
21.11220.2447-0.26880.4606-0.07980.8440.3702-0.5973-0.3338-0.2171-0.04320.48350.06160.71480.7066-0.7398-0.19370.6566-0.3670.3722-0.8309-31.677914.850415.6039
30.0327-0.0144-0.06770.00520.04270.13510.0179-0.0971-0.05460.00050.0745-0.0461-0.0430.16930.06830.4548-0.1557-0.36520.9595-0.2423-0.0206-13.817229.091429.0225
40.58390.1082-0.10970.7618-0.30280.9321-0.0763-0.3164-0.1530.08640.19180.4947-0.39150.34690.01980.1652-0.0030.098-0.42420.2858-0.1209-40.846524.35726.5952
50.558-0.12840.62640.3792-0.5971.3548-0.2215-0.03020.4020.0832-0.08-0.15-0.1820.2668-0.21970.4419-0.4605-0.12320.1795-0.22580.2844-9.630226.828813.3294
63.0940.31770.8891.55310.29182.1557-0.0385-0.05830.0589-0.3286-0.03660.0436-0.1503-0.05950.09940.39270.0648-0.91640.5006-0.01960.8922-19.869118.57617.0111
72.2998-0.60091.01690.1917-0.55713.0273-0.03590.70490.2198-0.3927-0.05470.317-0.0078-0.11480.00560.71050.2702-0.80070.46270.06830.5676-33.082314.4248-5.7092
81.7356-0.52470.54741.7364-2.14762.6998-0.2679-0.5086-0.15970.1584-0.0303-0.23840.06430.4482-0.21930.29190.1552-0.10980.3679-0.3360.5314-18.16936.035719.5227
90.93660.6383-0.41170.56190.03290.9693-0.0043-0.1785-0.0662-0.2307-0.10290.0969-0.32630.20610.03350.55340.0796-0.14170.08830.03950.6228-35.32-8.45413.858
100.7269-0.09420.02530.7476-0.68751.7315-0.3173-0.19390.07860.2771-0.3312-0.42780.10360.6493-0.45150.0425-0.31620.16920.110.3032-0.1007-19.5419-22.28219.8999
111.83781.5638-0.79851.47860.15435.1686-0.00630.11490.3276-0.16710.15160.3846-0.5482-0.3470.02480.3690.072-0.3093-0.06820.16810.5556-40.9625-14.6983.192
120.9418-0.3460.14340.3565-0.07970.95090.0649-0.23480.07220.1962-0.14740.10260.05440.0496-0.2642-0.65360.45660.4497-0.2127-0.228-0.1099-31.2626-29.11513.6133
13-0.00560.002-0.0009-0.00220.00120.001-0.14710.1479-0.2235-0.24850.22910.05730.00450.1279-0.03450.68410.2191-0.3271.5539-0.27211.3272-13.2429-37.47728.4213
142.27790.11250.74431.11870.19931.2305-0.30480.06280.2196-0.360.05280.2668-0.33390.1133-0.0928-0.29090.1576-0.5946-0.00170.07670.0583-40.0747-32.8615.7378
153.08741.34790.20650.5860.09630.01510.4125-0.8612-0.38040.4597-0.268-0.31460.20610.1057-0.08550.4870.1436-0.34690.42450.0340.6947-27.7842-35.15535.823
162.0875-1.84721.42591.6583-1.36614.9132-0.1155-0.36260.19480.6684-0.0315-0.8926-0.26160.51660.12390.76420.1095-0.4950.5732-0.04020.8475-28.0644-24.73932.3494
172.2913-0.11931.23941.7004-0.03521.6306-0.05660.11590.0459-0.2312-0.15150.1726-0.1383-0.5088-0.08610.0525-0.0008-0.8840.63770.28971.0108-50.9389-28.65216.7077
180.6072-0.6399-0.36513.1116-0.09170.6221-0.007-0.06920.01060.02810.1036-0.12410.1140.07180.0480.40540.2491-0.74910.2215-0.11031.0227-36.3107-18.46920.7451
194.02733.5373-0.32298.37580.29142.574-0.111-0.1624-0.24550.13160.06520.45470.1678-0.4567-0.00791.0827-0.3367-0.07071.5914-0.20591.1822-16.1263-11.40727.9748
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 35:66)A35 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 67:140)A67 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 141:157)A141 - 157
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 158:217)A158 - 217
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 218:282)A218 - 282
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 283:315)A283 - 315
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 316:332)A316 - 332
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 333:356)A333 - 356
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 35:66)B35 - 66
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 67:92)B67 - 92
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 93:110)B93 - 110
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 111:140)B111 - 140
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 141:157)B141 - 157
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 158:217)B158 - 217
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 218:282)B218 - 282
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 283:302)B283 - 302
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resseq 303:323)B303 - 323
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resseq 324:345)B324 - 345
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resseq 346:356)B346 - 356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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