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万見
- PDB-4go5: The regulatory subunit of aspartate kinase from Mycobacterium tub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4go5
タイトルThe regulatory subunit of aspartate kinase from Mycobacterium tuberculosis
要素Aspartokinase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate kinase / aspartate kinase activity / homoserine biosynthetic process / threonine biosynthetic process / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / peptidoglycan-based cell wall / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
CASTOR, ACT domain / Aspartokinase catalytic domain / ACT domain / Aspartate kinase, monofunctional class / Aspartate kinase / Aspartate kinase, conserved site / : / ACT domain / Aspartokinase signature. / ACT domain ...CASTOR, ACT domain / Aspartokinase catalytic domain / ACT domain / Aspartate kinase, monofunctional class / Aspartate kinase / Aspartate kinase, conserved site / : / ACT domain / Aspartokinase signature. / ACT domain / ACT domain / ACT domain profile. / ACT domain / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / ACT-like domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspartokinase / Aspartokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yang, Q. / Li, X.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2011
タイトル: Structural view of the regulatory subunit of aspartate kinase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Yang, Q. / Yu, K. / Yan, L. / Li, Y. / Chen, C. / Li, X.
履歴
登録2012年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Aspartokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5021
ポリマ－21,5021
非ポリマー00
水36020
1
X: Aspartokinase

X: Aspartokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0042
ポリマ－43,0042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area14270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.791, 64.791, 136.981
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-212-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Aspartokinase / Aspartate kinase / ASK


分子量: 21502.199 Da / 分子数: 1 / 断片: regulatory subunit (UNP residues 250-421) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: ask, Rv3709c, MT3812, MTV025.057c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A4Z8, UniProt: P9WPX3*PLUS, aspartate kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.2 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.0M ammonium phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 8705 / Num. obs: 8705 / % possible obs: 100 %
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→38.08 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2517 412 4.74 %
Rwork0.2064 --
obs0.2085 8691 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.207 Å2 / ksol: 0.393 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.04 Å20 Å2-0 Å2
2--3.04 Å20 Å2
3----6.0801 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1241 0 0 20 1261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081256
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1571703
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.108448
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073208
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005221
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6001-2.97620.30351620.25072724X-RAY DIFFRACTION100
2.9762-3.74920.25651360.20812758X-RAY DIFFRACTION100
3.7492-38.08420.22891140.19442797X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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