PDB-4gmd: The crystal structure of thymidylate kinase from Pseudomonas aeru...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gmd

タイトル

The crystal structure of thymidylate kinase from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in complex with AZT Monophosphate

要素

Thymidylate kinase

キーワード

Transferase/Inhibitor / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / TRANSFERASE / Transferase-Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

dTMP kinase / dUDP biosynthetic process / dTDP biosynthetic process / dTMP kinase activity / dTTP biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Tan, K. / Joachimiak, G. / Jedrzejczak, R. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of thymidylate kinase from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in complex with AZT Monophosphate
著者: Tan, K. / Joachimiak, G. / Jedrzejczak, R. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gmd.cif.gz	330.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gmd.ent.gz	270.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gmd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/4gmd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/4gmd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4e5uS 4edh 4esh S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4edh-d 3uwk-3 3uxm-6 2qkk-5 5xt8-d 2nrh-d 2zi4-1 2jas-3 4esh-2 5x8v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: APC105732

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate kinase

B: Thymidylate kinase

C: Thymidylate kinase

D: Thymidylate kinase

ヘテロ分子

95.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thymidylate kinase

C: Thymidylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.7 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Thymidylate kinase

D: Thymidylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.500, 123.404, 73.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Experimentally unknown. The chains A and B, C and D may form dimers, respectively.

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Thymidylate kinase / dTMP kinase 分子量: 23408.600 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA2962, tmk / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q9HZN8, dTMP kinase

-
非ポリマー , 5種, 326分子

#2: 化合物	ChemComp-ATM / 3'-AZIDO-3'-DEOXYTHYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE タイプ: DNA linking / 分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.38 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M CaCl2, 0.1M Tris:HCl, 20%(w/v) PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月10日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→34 Å / Num. all: 54559 / Num. obs: 54559 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 24.4
反射シェル	解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.611 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 2763 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4E5U

4e5u

解像度: 1.98→34 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2257	2767	5.08 %	random
R_work	0.1772	-	-	-
all	0.1797	54514	-	-
obs	0.1797	54514	99.81 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.786 Å² / k_sol: 0.302 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.7397 Å²	-0 Å²	3.4182 Å²
2-	-	-8.035 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.2953 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6172	0	117	312	6601

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6379
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.002	8643
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.036	2428
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	965
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1155

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9798-2.0139	0.2925	131	0.2336	2596	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0139-2.0505	0.2912	142	0.2152	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0505-2.09	0.2354	138	0.2212	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.1326	0.3073	118	0.2079	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1326-2.179	0.2852	134	0.2063	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.179-2.2297	0.2758	149	0.1999	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2297-2.2854	0.2337	136	0.1883	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2854-2.3472	0.2706	134	0.1901	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3472-2.4162	0.2875	154	0.1977	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4162-2.4942	0.2686	129	0.1996	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4942-2.5833	0.2669	136	0.1964	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5833-2.6867	0.249	142	0.2087	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6867-2.8089	0.2621	143	0.2052	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8089-2.957	0.2618	132	0.2071	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.957-3.1421	0.2669	135	0.1937	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1421-3.3845	0.2346	145	0.1837	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3845-3.7247	0.2181	148	0.167	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7247-4.2628	0.194	140	0.1465	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2628-5.3673	0.1437	149	0.1355	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3673-34.0418	0.2143	132	0.1696	2624	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1222	-0.3587	1.3868	5.184	0.5789	1.9624	-0.0991	-0.4428	-0.0865	0.0667	0.2406	0.2332	0.0216	-0.248	-0.1005	0.5039	0.0492	0.0122	0.3891	0.0305	0.3349	15.4043	-54.3839	15.518
2	0.5698	0.1276	0.2692	2.8315	0.3957	1.5364	0.0143	0.0245	-0.0489	-0.3743	-0.0381	0.0428	0.0464	0.0275	0.0202	0.2809	0.0271	0.0019	0.2589	0.013	0.2741	18.3806	-39.5276	23.2638
3	1.7416	-0.9352	0.631	0.5307	-0.8187	6.9073	0.4004	-0.7654	-0.7635	0.1806	-0.101	0.519	0.3933	-1.1774	-0.181	0.5022	-0.0587	-0.0038	0.6377	0.1331	0.8444	1.2117	-43.6498	30.5451
4	4.4791	-0.3783	-1.3729	3.9768	1.3469	7.0718	0.5776	0.4149	0.1869	-0.6647	-0.2327	0.9845	-0.5165	-0.9463	0.0513	0.5182	0.1885	-0.2656	0.3771	-0.005	0.4322	2.9236	-37.0251	16.8532
5	1.3835	-1.2122	0.6164	5.1236	0.4468	2.4649	0.4258	0.2927	-0.0009	-1.7739	-0.272	0.5078	-0.2713	0.2333	0.0211	0.8934	0.1289	-0.0841	0.4159	0.0185	0.442	10.9372	-51.896	7.2641
6	6.9183	1.0793	1.3644	3.5001	1.0273	3.8871	-0.393	0.708	0.029	0.2132	0.4324	-0.2511	-0.1074	0.3893	-0.0087	0.3248	0.0452	-0.0059	0.3788	0.018	0.3481	33.1612	-29.5194	-5.3736
7	5.0456	3.5006	1.6759	6.0441	1.9801	2.1055	-0.1081	0.1159	-0.5416	-0.2548	0.1917	-0.8534	-0.2546	0.2569	-0.001	0.4825	0.0471	0.0467	0.3295	0.0156	0.3981	32.4863	-33.6658	-16.2996
8	0.7707	0.2687	0.2835	2.7345	1.8205	3.036	-0.0035	0.1871	-0.0281	-0.6867	0.0584	-0.4809	-0.3452	0.2789	-0.0077	0.4025	0.1004	0.0793	0.3624	0.0377	0.3557	29.5431	-14.7693	-4.2889
9	0.8173	0.1558	-0.1685	1.6117	0.5577	0.7095	0.0802	0.1477	-0.1561	-0.1356	-0.0649	-0.047	0.023	0.0042	-0.0223	0.3121	0.0715	0.0198	0.351	0.0119	0.2772	28.4692	-22.13	1.6518
10	1.4114	-0.2362	0.518	2.025	0.8573	2.3651	0.0771	0.0813	-0.1079	0.3221	0.0146	0.0082	0.4306	-0.0034	-0.0972	0.3964	0.0493	0.0262	0.312	0.0188	0.3528	29.0411	-28.1575	6.1517
11	0.9541	-0.558	-0.7444	0.9878	-0.4573	1.6934	0.0236	0.9393	1.2489	0.05	-0.0174	-0.3757	-0.4528	-0.0007	-0.1838	0.3126	-0.115	0.1467	0.7265	-0.0596	0.927	45.8837	-16.6664	-0.6161
12	4.0651	2.6415	-0.1357	6.2828	0.5766	2.1676	0.3904	-0.3733	0.2465	0.5633	-0.3833	-0.5314	0.1954	0.7863	0.0379	0.3245	0.1133	-0.0257	0.5299	0.0076	0.4845	44.1124	-26.9152	5.8513
13	5.1385	0.423	-2.5976	3.7581	-0.1402	6.5753	0.2006	0.0415	-0.607	0.2752	0.0976	-0.2215	0.3002	-0.1375	-0.3945	0.3911	0.0764	-0.0073	0.4556	-0.0052	0.4663	39.6947	-36.9787	-1.7781
14	7.7775	0.2404	2.0492	4.3404	0.728	6.4304	0.1474	-0.0596	-0.3503	1.1391	0.6124	-0.241	1.3146	0.6735	-0.7694	0.7768	0.1677	-0.1405	0.3963	-0.0779	0.5789	34.8865	-41.3401	-10.4955
15	5.6847	-0.2138	1.1138	1.9851	0.3293	3.5847	-0.0484	-0.4304	-0.3703	0.1776	0.1393	-0.1609	-0.1953	-0.2407	0.0243	0.462	-0.0804	-0.0591	0.2982	0.0059	0.2465	28.1263	-14.8012	44.5601
16	4.1667	-3.6551	-1.0343	5.4038	1.4835	1.0507	-0.5521	-0.4163	-0.2362	1.1977	0.3708	0.095	0.0903	0.1533	0.1975	0.5621	0.0036	-0.018	0.4384	-0.0024	0.3601	25.0699	-10.1121	54.6819
17	1.0434	-0.6664	0.0159	2.3586	0.3564	1.5629	-0.1166	-0.0532	-0.0082	0.2274	0.0314	-0.0725	0.0058	-0.0154	0.0874	0.2142	-0.0065	-0.0259	0.2897	0.0161	0.2782	21.8299	-25.5576	40.1985
18	1.4208	0.1825	-0.5669	1.8664	0.0663	2.7305	0.0445	-0.0058	0.1499	-0.2358	-0.1467	-0.2176	-0.3768	0.3761	0.0907	0.3216	0.005	-0.0254	0.3135	0.0395	0.3287	29.3471	-19.0817	32.8723
19	3.512	-0.0111	0.9881	1.0853	1.4479	2.2164	0.3493	-0.7356	-0.2789	0.6872	-0.1035	-0.7652	0.0236	0.5805	0.2086	0.4493	-0.0507	-0.1481	0.7595	0.0411	0.7346	39.4264	-31.1377	43.5317
20	2.9229	-1.7313	0.6614	4.0008	0.4527	1.5931	0.0944	0.1322	0.1952	0.0933	-0.2763	-0.894	-0.1532	1.3184	0.0596	0.3036	-0.1173	-0.0701	0.7238	0.0786	0.5124	41.3413	-18.7236	36.5274
21	3.2446	-0.4609	3.1958	1.5481	0.0622	6.8706	-0.2869	0.0764	0.509	-0.371	0.0185	-0.2075	-0.6276	0.431	0.2063	0.5176	-0.1226	-0.1013	0.5866	0.0095	0.429	36.172	-8.0603	42.5155
22	6.3701	-1.0713	1.732	2.8393	-0.8485	3.7841	-0.1019	0.2883	0.1982	-0.1317	0.2371	-0.4811	-0.6429	0.4417	-0.0145	0.5285	-0.1006	0.0502	0.4792	-0.1235	0.5522	28.466	-2.5814	49.2465
23	2.3424	0.6857	-0.0683	2.9128	0.435	1.3994	0.097	0.1992	0.2532	-0.0527	-0.1085	0.19	0.1828	-0.1567	0.0361	0.348	-0.0086	0.0298	0.3093	0.0135	0.3362	18.9967	10.7572	21.2351
24	1.0178	0.0225	-0.1228	2.3162	1.4651	1.4048	-0.0082	0.1588	0.0718	-0.353	-0.0239	-0.0227	-0.3068	0.0089	-0.0122	0.2904	0.0495	0.0368	0.3074	0.0482	0.2955	24.5135	-1.8755	10.6741
25	2.0504	-0.6464	0.0265	4.1476	-0.2216	2.2129	-0.0009	-0.0187	-0.0439	0.2902	0.011	0.203	0.1243	0.0349	0.0541	0.2743	0.0275	0.0452	0.2771	0.0279	0.2717	16.8397	-7.9751	18.1653
26	4.0229	-1.794	-1.5581	2.2177	0.6975	2.6289	0.3408	0.8141	0.7677	-0.1205	-0.6358	0.2687	-0.2932	-1.0545	0.1587	0.389	0.0885	-0.0783	0.5882	0.0072	0.5841	7.2445	-1.0272	4.5233
27	4.149	-0.0599	1.902	3.31	1.7479	9.7505	0.1225	-0.1422	0.3565	0.1305	-0.1553	1.1011	0.4944	-1.2622	-0.0667	0.2886	0.0137	0.0986	0.396	0.0043	0.5868	4.6927	-4.9286	17.0111
28	2.8116	-2.196	1.4924	4.4218	-1.3143	1.951	-0.4732	-0.4977	-0.0315	0.5823	0.2007	-0.1272	0.1083	-0.0457	0.1481	0.4035	0.1495	0.0639	0.4072	0.0131	0.3522	8.9976	3.5405	26.0519
29	4.3897	-1.3338	1.2152	3.7842	-1.0228	3.5843	-0.2572	-0.5569	-0.0288	0.3294	0.1549	0.1863	-0.254	-0.3662	0.1104	0.4357	-0.0272	0.0499	0.3279	-0.0288	0.2681	15.4516	11.6234	30.1764

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 2:30)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 31:136)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 137:159)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 160:177)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 178:209)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 2:15)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 16:30)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 31:62)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 63:112)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 113:136)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 137:159)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 160:176)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 177:189)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 190:208)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resseq 2:15)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resseq 16:30)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resseq 31:95)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resseq 96:136)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resseq 137:159)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resseq 160:176)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resseq 177:189)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resseq 190:209)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resseq 2:30)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resseq 31:95)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resseq 96:136)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resseq 137:159)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resseq 160:176)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resseq 177:189)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resseq 190:209)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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