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- PDB-4gm8: Crystal structure of human WD repeat domain 5 with compound MM-102 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gm8
タイトルCrystal structure of human WD repeat domain 5 with compound MM-102
要素
  • MM-102
  • WD repeat-containing protein 5
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION INHIBITOR / MLL1 / histone methyltransferase / WD40 / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3Q5ser reader activity / histone H3K4me1 reader activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis ...histone H3Q5ser reader activity / histone H3K4me1 reader activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / histone methyltransferase complex / regulation of cell division / MLL1 complex / regulation of embryonic development / histone acetyltransferase complex / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / skeletal system development / gluconeogenesis / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / mitotic spindle / Neddylation / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
WDR5 beta-propeller domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. ...WDR5 beta-propeller domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MM-102 / WD repeat-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.601 Å
データ登録者Karatas, H. / Townsend, E.C. / Chen, Y. / Bernard, D. / Cao, F. / Liu, L. / Lei, M. / Dou, Y. / Wang, S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: High-affinity, small-molecule peptidomimetic inhibitors of MLL1/WDR5 protein-protein interaction.
著者: Karatas, H. / Townsend, E.C. / Cao, F. / Chen, Y. / Bernard, D. / Liu, L. / Lei, M. / Dou, Y. / Wang, S.
履歴
登録2012年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 5
B: WD repeat-containing protein 5
C: WD repeat-containing protein 5
D: WD repeat-containing protein 5
E: MM-102
F: MM-102
G: MM-102
H: MM-102


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,2478
ポリマ－140,2478
非ポリマー00
水5,477304
1
A: WD repeat-containing protein 5
E: MM-102


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0622
ポリマ－35,0622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area920 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area11730 Å2
手法PISA
2
B: WD repeat-containing protein 5
F: MM-102


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0622
ポリマ－35,0622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area11550 Å2
手法PISA
3
C: WD repeat-containing protein 5
G: MM-102


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0622
ポリマ－35,0622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area920 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area11730 Å2
手法PISA
4
D: WD repeat-containing protein 5
H: MM-102


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0622
ポリマ－35,0622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area920 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area11600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.861, 106.478, 120.719
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 35:210 or resseq 213:334 )
211chain B and (resseq 35:210 or resseq 213:334 )
311chain C and (resseq 35:210 or resseq 213:334 )
411chain D and (resseq 35:210 or resseq 213:334 )

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要素

#1: タンパク質
WD repeat-containing protein 5 / WDR5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 34390.992 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 22-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / プラスミド: PET28b-sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61964
#2: タンパク質・ペプチド
MM-102


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 670.813 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 参照: MM-102
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 30% PEG8000, 0.2 M ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月25日
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→100 Å / Num. all: 37980 / Num. obs: 35626 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.6-2.692.33.10.399194.2
2.69-2.8195.4
2.8-2.93196.8
2.93-3.08196.4
3.08-3.28195.5
3.28-3.53194
3.53-3.88193
3.88-4.45191.8
4.45-5.6191.2
5.6-100189.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H14

2h14


解像度: 2.601→48.86 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2494 1604 4.99 %RANDOM
Rwork0.1926 ---
all0.1954 37980 --
obs0.1954 32146 84.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.844 Å2 / ksol: 0.393 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.0324 Å20 Å21.7924 Å2
2--16.6865 Å20 Å2
3----13.654 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.601→48.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9501 0 0 304 9805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089729
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.213203
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5683521
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721475
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031615
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2305X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2305X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.037
13C2305X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.031
14D2289X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.034
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.601-2.68490.34051250.26572416X-RAY DIFFRACTION74
2.6849-2.78090.30221360.23712596X-RAY DIFFRACTION79
2.7809-2.89220.30771340.22182679X-RAY DIFFRACTION82
2.8922-3.02380.31681470.22092734X-RAY DIFFRACTION84
3.0238-3.18320.2391380.19452790X-RAY DIFFRACTION86
3.1832-3.38260.21761550.18232874X-RAY DIFFRACTION88
3.3826-3.64370.25131480.19352864X-RAY DIFFRACTION87
3.6437-4.01020.23771290.17182919X-RAY DIFFRACTION88
4.0102-4.59010.20881590.14512863X-RAY DIFFRACTION88
4.5901-5.78160.22781630.17792926X-RAY DIFFRACTION89
5.7816-48.86870.22951700.21232881X-RAY DIFFRACTION86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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