PDB-4gm2: The crystal structure of a peptidase from plasmodium falciparum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gm2

タイトル

The crystal structure of a peptidase from plasmodium falciparum

要素

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

apicoplast / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

El Bakkouri, M. / Jung, P. / Wernimont, A.K. / Calmettes, C. / Hui, R. / Houry, W.A. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Insights into the Inactive Subunit of the Apicoplast-localized Caseinolytic Protease Complex of Plasmodium falciparum.
著者: El Bakkouri, M. / Rathore, S. / Calmettes, C. / Wernimont, A.K. / Liu, K. / Sinha, D. / Asad, M. / Jung, P. / Hui, R. / Mohmmed, A. / Houry, W.A.

履歴

登録	2012年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月2日	Group: Database references
改定 1.2	2013年1月30日	Group: Database references
改定 1.3	2018年6月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gm2.cif.gz	487.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gm2.ent.gz	408.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gm2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gm2_validation.pdf.gz	487.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gm2_full_validation.pdf.gz	500.1 KB	表示
XML形式データ	4gm2_validation.xml.gz	40.6 KB	表示
CIF形式データ	4gm2_validation.cif.gz	55.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/4gm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/4gm2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hnkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hnk-2 4hnk-1 3tt6-d 2cby-d 6jx2-d 2c8t-3 2c8t-2 7bug-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

164 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.898, 102.162, 96.414
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.530, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 61 - 243 / Label seq-ID: 22 - 204

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 分子量: 23433.678 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: PF14_0348 / プラスミド: p15TV-L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG1146 / 参照: UniProt: Q8IL98
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M TrisHCl, 20% (v/v) ethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97932 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97932 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 39735 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Χ²: 1.196 / Net I/σ(I): 10.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.8-2.85	3.8	0.755	1977	0.754	1	100
2.85-2.9	3.8	0.604	1989	0.729	1	100
2.9-2.96	3.8	0.509	1948	0.762	1	100
2.96-3.02	3.8	0.402	2010	0.787	1	100
3.02-3.08	3.8	0.336	1976	0.805	1	100
3.08-3.15	3.8	0.257	1979	0.836	1	100
3.15-3.23	3.8	0.203	1968	0.837	1	100
3.23-3.32	3.8	0.171	1978	0.855	1	100
3.32-3.42	3.8	0.123	1979	0.896	1	100
3.42-3.53	3.8	0.099	2007	0.892	1	99.9
3.53-3.65	3.8	0.081	1966	0.957	1	100
3.65-3.8	3.8	0.064	1991	1.01	1	99.9
3.8-3.97	3.8	0.054	1984	1.054	1	100
3.97-4.18	3.8	0.043	2003	1.071	1	100
4.18-4.44	3.8	0.037	1966	1.183	1	100
4.44-4.79	3.8	0.039	1996	1.405	1	100
4.79-5.27	3.8	0.043	1990	1.667	1	100
5.27-6.03	3.7	0.05	2017	1.984	1	100
6.03-7.59	3.7	0.036	2013	1.955	1	100
7.59-50	3.5	0.028	1998	3.857	1	97.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→48.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / WR_factor R_free: 0.2323 / WR_factor R_work: 0.2012 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8425 / SU B: 29.441 / SU ML: 0.264 / SU R Cruickshank DPI: 0.2929 / SU R_free: 0.3296 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.33 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2288	2006	5 %	RANDOM
R_work	0.1991	-	-	-
obs	0.2007	39735	99.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 124.93 Å² / B_iso mean: 101.045 Å² / B_iso min: 43.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.71 Å²	0 Å²	2.04 Å²
2-	-	-1.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9542	0	0	69	9611

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.02	9688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.915	1.972	13078
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.876	5	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.19	25.613	408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.255	15	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.659	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6946

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: LOCAL / Weight: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	151	-
R_work	0.28	2675	-
all	-	2826	-
obs	-	-	96.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.883	-0.3125	-1.0237	2.944	-0.0866	3.2054	-0.1753	-0.3732	-0.3946	0.2445	0.0365	-0.2386	0.3005	-0.1619	0.1388	0.085	-0.0239	-0.0038	0.209	0.0696	0.0834	5.2111	10.6467	22.3762
2	3.4622	0.8719	-0.0337	5.3062	-1.0385	4.3538	-0.0717	-0.6477	-0.3029	0.8693	-0.2325	-0.6892	-0.5754	0.5048	0.3042	0.279	-0.1395	-0.1378	0.3106	0.0599	0.1999	57.3646	49.9473	19.3681
3	4.881	-0.8158	-0.1802	3.1615	0.2839	2.947	-0.132	-0.5313	-0.3396	0.6946	0.0854	-0.0296	0.3321	0.1139	0.0466	0.2427	0.0706	0.0211	0.1113	0.0953	0.1313	33.3783	4.1737	15.0319
4	7.8049	-0.0435	-0.5478	5.5344	1.4881	3.8783	0.0028	-0.9365	0.7808	0.697	-0.0622	0.3699	-0.2955	-0.1836	0.0594	0.3838	0.1136	-0.0041	0.2616	-0.1089	0.4571	6.3102	60.6075	27.4767
5	5.8482	0.3269	1.1786	2.9952	1.5934	3.9631	-0.4635	-0.6469	0.6047	0.1589	0.1745	0.2145	-0.3558	-0.0365	0.289	0.3965	0.0616	-0.0677	0.1157	-0.0301	0.2	36.7118	66.5122	27.4271
6	4.6924	0.882	-0.0198	6.4488	-1.0775	2.7523	0.1375	-0.4483	-0.2914	0.6753	-0.1662	-1.3418	0.2053	0.5428	0.0287	0.1207	0.0696	-0.1707	0.2419	0.0177	0.3271	57.3224	20.1989	13.7292
7	4.0663	0.3225	-0.5483	3.8354	0.3712	3.7704	0.1037	-0.1583	0.4524	0.5525	-0.05	0.3094	-0.2224	-0.4254	-0.0537	0.1395	0.1047	0.0709	0.3061	0.0159	0.0792	-6.572	35.6061	25.4355

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	61 - 243
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	61 - 243
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	61 - 243
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	61 - 243
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	61 - 243
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	61 - 243
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	61 - 243

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