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- PDB-4glp: The crystal structure of soluble human CD14 reveals a bent soleno... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4glp
タイトルThe crystal structure of soluble human CD14 reveals a bent solenoid with a hydrophobic amino-terminal pocket.
要素Monocyte differentiation antigen CD14
キーワードIMMUNE SYSTEM / ALPHA BETA BENT SOLENOID / LRR / LIPOPOLYSACCHARIDE / SERUM / CD14 / LEUCINE-RICH REPEAT / PATTERN RECOGNITION / ENDOTOXIN / SEPSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


opsonin receptor activity / toll-like receptor TLR1:TLR2 signaling pathway / Transfer of LPS from LBP carrier to CD14 / MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / : / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / Toll Like Receptor TLR6:TLR2 Cascade / positive regulation of cytokine production => GO:0001819 / cellular response to diacyl bacterial lipopeptide / cellular response to triacyl bacterial lipopeptide ...opsonin receptor activity / toll-like receptor TLR1:TLR2 signaling pathway / Transfer of LPS from LBP carrier to CD14 / MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / : / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / Toll Like Receptor TLR6:TLR2 Cascade / positive regulation of cytokine production => GO:0001819 / cellular response to diacyl bacterial lipopeptide / cellular response to triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to molecule of bacterial origin / lipoteichoic acid binding / Toll Like Receptor TLR1:TLR2 Cascade / lipopolysaccharide receptor complex / peptidoglycan immune receptor activity / negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / neutrophil degranulation / MyD88-independent TLR4 cascade / TRIF-mediated programmed cell death / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Regulation of TLR by endogenous ligand / lipopeptide binding / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / MyD88 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of endocytosis / necroptotic process / cellular response to lipoteichoic acid / response to magnesium ion / positive regulation of type I interferon production / canonical NF-kappaB signal transduction / response to tumor necrosis factor / phagocytosis / response to electrical stimulus / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / receptor-mediated endocytosis / secretory granule membrane / positive regulation of interleukin-8 production / lipopolysaccharide binding / apoptotic signaling pathway / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of type II interferon production / ER-Phagosome pathway / response to heat / cellular response to lipopolysaccharide / response to ethanol / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / inflammatory response / membrane raft / external side of plasma membrane / innate immune response / apoptotic process / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Monocyte differentiation antigen CD14 / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Monocyte differentiation antigen CD14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 4.002 Å
データ登録者Kelley, S.L. / Lukk, T. / Nair, S.K. / Tapping, R.I.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2013
タイトル: The Crystal Structure of Human Soluble CD14 Reveals a Bent Solenoid with a Hydrophobic Amino-Terminal Pocket.
著者: Kelley, S.L. / Lukk, T. / Nair, S.K. / Tapping, R.I.
履歴
登録2012年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 1.22013年2月6日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年5月26日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ..._entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monocyte differentiation antigen CD14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5091
ポリマ－33,5091
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.520, 147.520, 44.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Monocyte differentiation antigen CD14 / Myeloid cell-specific leucine-rich glycoprotein / Monocyte differentiation antigen CD14 / urinary ...Myeloid cell-specific leucine-rich glycoprotein / Monocyte differentiation antigen CD14 / urinary form / Monocyte differentiation antigen CD14 / membrane-bound form


分子量: 33509.277 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-335 / 変異: C306S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD14 / プラスミド: pDisplay / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08571

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 30% PEG 6000, 0.1 M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid, 0.2 M calcium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月23日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→29.31 Å / Num. all: 4780 / Num. obs: 4780 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 151.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
4-4.10.8423.193887341100
4.1-4.220.6314.153858336100
4.22-4.340.4016.323803334100
4.34-4.470.2888.213527315100
4.47-4.620.22710.353585313100
4.62-4.780.19411.813376299100
4.78-4.960.15313.973521316100
4.96-5.160.13815.732951260100
5.16-5.390.15214.883173283100
5.39-5.660.12316.432917262100
5.66-5.960.11318.842722242100
5.96-6.330.10619.662649239100
6.33-6.760.08224.672478223100
6.76-7.30.06928.472314209100
7.3-80.05533.442037188100
8-8.950.0536.571944180100
8.95-10.330.04541.781620151100
10.33-12.650.04841.451317130100
12.65-17.890.05141.251012110100
17.890.05629.353114974.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 4.002→27.879 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7728 / SU ML: 0.43 / σ(F): 41.09 / 位相誤差: 29.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3211 216 4.53 %
Rwork0.2834 4552 -
obs0.285 4768 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.342 Å2 / ksol: 0.289 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 153.79 Å2 / Biso mean: 54.5678 Å2 / Biso min: 7.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0595 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.0595 Å20 Å2
3----7.6459 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.002→27.879 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2346 0 0 0 2346
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012399
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.643271
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.101380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008433
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.929888
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
4.002-5.03780.281040.258722402344
5.0378-27.87930.36061120.308823122424
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0455-0.0222-0.01670.05360.02850.0244-0.0309-0.0283-0.03040.01410.06010.0627-0.0443-0.0401-0.10290.41130.1906-0.24140.18280.19390.263641.259751.9279-12.4634
20.0561-0.03190.02140.0829-0.0147-0.00950.0247-0.19540.12150.10030.04720.1889-0.1323-0.05140.04260.22210.8298-0.47780.14990.35230.245145.88257.6113-2.721
30.1214-0.15180.15750.1661-0.18910.2007-0.0204-0.08940.05740.05360.07880.1619-0.073-0.1271-0.10350.11160.1178-0.3662-0.10530.49720.293142.530352.1971.9557
40.00690.00290.02820.01360.01990.00730.1515-0.19190.1122-0.02960.0370.1651-0.17270.10910.1693-1.17350.208-0.33-0.3090.76-0.598753.565546.60715.8502
50.02860.06750.04490.15230.04390.05940.0532-0.13170.06060.1548-0.02920.10520.00480.02670.14160.03280.2568-0.0258-0.43460.6436-0.18758.735330.46197.8983
60.02130.00730.01550.07490.03620.0276-0.0254-0.03220.0437-0.00690.0012-0.02230.0065-0.02510.01750.22060.00410.22820.14570.2832-0.008156.81620.3710.7008
70.0267-0.0083-0.01370.00070.00660.0119-0.0993-0.09330.00650.0220.0393-0.0250.09650.1102-0.00430.63150.02680.1321-0.0271-0.05240.61161.327813.18764.8513
80.0584-0.08750.0150.1129-0.00960.0105-0.0035-0.1124-0.08110.0514-0.0105-0.0250.06580.04680.0650.42090.138-0.09150.19250.11260.255953.387312.9131.161
90.0238-0.0057-0.01960.01730.00750.0392-0.02010.0124-0.03630.01430.0245-0.0250.05650.0028-0.00160.4120.15110.14620.28330.21550.288748.87238.3918-0.2178
100.11910.0187-0.02510.03690.03160.0456-0.0066-0.157-0.0378-0.0333-0.0609-0.0174-0.00530.0109-0.01890.4091-0.19860.15830.3096-0.20050.501946.02356.8544-4.1469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 26:45)A26 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 46:81)A46 - 81
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 82:102)A82 - 102
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 103:181)A103 - 181
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 182:236)A182 - 236
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 237:255)A237 - 255
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 256:275)A256 - 275
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 276:295)A276 - 295
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 296:315)A296 - 315
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resseq 316:335)A316 - 335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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