PDB-4glk: Structure and activity of AbiQ, a lactococcal anti-phage endoribo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4glk

タイトル

Structure and activity of AbiQ, a lactococcal anti-phage endoribonuclease belonging to the type-III toxin-antitoxin system

要素

AbiQ

キーワード

HYDROLASE / Alpha Beta / endonuclease / RNA antiQ

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Samson, J. / Spinelli, S. / Cambillau, C. / Moineau, S.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2013
タイトル: Structure and activity of AbiQ, a lactococcal endoribonuclease belonging to the type III toxin-antitoxin system.
著者: Samson, J.E. / Spinelli, S. / Cambillau, C. / Moineau, S.

履歴

登録	2012年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月20日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4glk.cif.gz	82.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4glk.ent.gz	62.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4glk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/4glk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/4glk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xddS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fra-4 3vb8-3 4k1s-2 5mm8-d 4cyu-2 3atl-d 4xur-3 6r5c-2 3a85-d 4km0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AbiQ

ヘテロ分子

20.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.140, 54.510, 64.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	AbiQ 分子量: 20308.732 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 13-183 / 変異: S51L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 遺伝子: abiQ / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 参照: UniProt: Q9ZJ19, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: buffer: 1 M potassium/sodium tartrate, 0.1 M MES, pH 6.0, drop: 200 nL 4.6 mg/mL protein + 100 nL buffer, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月14日
放射	モノクロメーター: channel cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→45 Å / Num. all: 9880 / Num. obs: 9880 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / B_iso Wilson estimate: 35.49 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 2.16→2.22 Å / 冗長度: 13.1 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 753 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.9.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XDD

2xdd

解像度: 2.16→27.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9239 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2232	694	7.02 %	RANDOM
R_work	0.1937	-	-	-
all	0.1958	9880	-	-
obs	0.1958	9880	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.209 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.4018 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.6108 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.272 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→27.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1353	0	18	69	1440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	1397	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.18	1876	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	0	493	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	0	28	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	0	195	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	0	1397	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.77
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	23.96
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	0	177	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	0	1651	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.16→2.42 Å / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3178	173	6.33 %
R_work	0.2274	2561	-
all	0.2327	2734	-
obs	-	2734	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5346	-0.1421	0.1281	0.0035	-0.0091	0.1401	0.0034	0.0205	-0.0105	0.0346	-0.0029	-0.0111	0.0164	-0.0004	-0.0005	-0.0153	-0.0178	0.0063	0.006	-0.0282	-0.0027	-4.237	9.7849	-8.4216
2	0.1613	0.0871	-0.0568	0.3875	-0.1545	0.383	-0.0029	0.0161	0.0139	0.0236	-0.0157	0	-0.0024	-0.0143	0.0186	0.0082	-0.0038	0.0308	-0.0168	-0.0191	0.0187	-11.6035	12.135	-3.6199
3	0.1406	-0.0553	-0.3807	0	-0.4888	0.3075	-0.0004	-0.0013	-0.0027	-0.0019	0.005	-0.0108	-0.0077	0.0019	-0.0045	-0.0071	0.0615	-0.0127	0.0209	0.0126	0.0115	4.6029	15.8531	-10.3077
4	0.1954	0.3321	-0.0618	0.3649	0.8137	0.2286	-0.002	0.0201	0.0047	-0.0042	0.0214	0.0075	0.0064	-0.0228	-0.0194	-0.0081	0.0079	-0.0156	-0.0048	-0.0096	0.0087	-7.9765	19.0957	-13.6104
5	0.0636	-0.0439	0.0587	0	-0.1771	0.0003	0	-0.0023	0.0025	0.0052	-0.0039	0.0049	0.0003	-0.0081	0.0039	-0.0243	0.0129	-0.0394	0.0163	0.0223	0.001	-14.6242	31.173	-12.7675
6	0.3186	0.4046	0.0407	0.041	-0.4669	0.1217	0.0061	0.0066	0.002	-0.0054	-0.0047	0.0243	-0.0076	0.003	-0.0014	-0.0198	-0.0051	-0.0229	0.0256	0.038	-0.0036	-8.353	27.3597	-21.7348
7	0.2875	0.0482	-0.37	0.3091	-0.1493	0.2779	0.0021	-0.0023	0.0168	-0.0208	-0.0072	0.0173	-0.0135	-0.0042	0.0051	-0.0233	0.0069	0.0045	0.0141	0.0229	0.0057	-9.1418	24.1527	-15.855
8	0.0817	-0.5586	0.0298	0	0.3223	0.0341	-0.0039	0.0036	0.011	0.0148	-0.0004	-0.0137	0.0133	0.0053	0.0043	0.0018	0.0183	-0.0318	-0.0219	-0.0305	0.0214	-1.4932	7.349	-10.2771
9	0.3186	0.1042	0.3329	0.3591	-0.1747	0	0.0009	0.0059	-0.0002	0.0073	0.0005	0.0118	-0.0041	-0.019	-0.0014	-0.0066	-0.006	-0.0793	-0.0135	-0.0113	0.0399	-13.7104	10.3151	-25.7781
10	0.0737	0.1287	-0.161	0.0018	-0.4035	0.2394	0.0048	-0.0021	-0.0018	-0.0368	0.0023	0.0019	0.003	0.0105	-0.0071	0.0122	-0.0126	-0.013	-0.028	0.0161	0.007	-2.2191	21.6364	-23.4358
11	0.0656	-0.1076	0.2472	0.2088	-0.0807	0.0209	-0.0012	-0.0013	-0.0169	0.0067	0.0092	-0.0094	0.0007	0.0146	-0.0079	-0.0263	-0.0124	-0.0141	-0.0145	0.0181	0.0527	4.5887	27.1871	-7.8214
12	0.0465	-0.1037	0.5807	0.0214	0.1399	0.0181	0.0023	-0.0009	0.0069	0.02	0.005	-0.0118	-0.0004	0.0032	-0.0073	-0.0077	0.0234	-0.0404	0.0221	-0.0192	-0.0246	-2.0543	29.2585	-1.0962
13	0.007	0.2251	0.663	0.1256	-0.2637	0.113	-0.0017	-0.011	-0.017	0.0114	0.001	-0.0034	0.004	0.0073	0.0007	0.0305	0.0221	-0.1095	0.012	0.0192	0.0014	3.5622	10.5932	2.3426

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|1 - A\|17}	A	1 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|18 - A\|33}	A	18 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|34 - A\|44}	A	34 - 44
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|45 - A\|57}	A	45 - 57
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|58 - A\|68}	A	58 - 68
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|69 - A\|80}	A	69 - 80
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|81 - A\|92}	A	81 - 92
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|93 - A\|104}	A	93 - 104
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|105 - A\|116}	A	105 - 116
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|117 - A\|129}	A	117 - 129
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{A\|130 - A\|142}	A	130 - 142
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{A\|143 - A\|155}	A	143 - 155
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{A\|156 - A\|168}	A	156 - 168

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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