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Yorodumi- PDB-4glj: Crystal structure of methylthioadenosine phosphorylase in complex... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4glj | ||||||
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Title | Crystal structure of methylthioadenosine phosphorylase in complex with rhodamine B | ||||||
Components | RsfP | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Methylthioadenosine phosphorylase / methylthioadenosine / rhodamine B / methagenomic library / Antarctic soil | ||||||
Function / homology | Function and homology information S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage Similarity search - Function | ||||||
Biological species | uncultured bacterium (environmental samples) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Bujacz, A. / Bujacz, G. / Cieslinski, H. / Bartasun, P. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2013 Title: A study on the interaction of rhodamine B with methylthioadenosine phosphorylase protein sourced from an antarctic soil metagenomic library. Authors: Bartasun, P. / Cieslinski, H. / Bujacz, A. / Wierzbicka-Wos, A. / Kur, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4glj.cif.gz | 131.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4glj.ent.gz | 103.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4glj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4glj_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4glj_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 4glj_validation.xml.gz | 17.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4glj_validation.cif.gz | 24.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/4glj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/4glj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4glfSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | Trimer |
-Components
#1: Protein | Mass: 32165.668 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) uncultured bacterium (environmental samples) Gene: rsfP / Plasmid: pBAD-Myc-HisA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): LMG194 / References: UniProt: C6KFA4 | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 30%PPG400, 75mM MgCl2, BIS-TRIS, 10mM rhodamine B , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.94 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 27, 2010 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal Si monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.94 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. all: 160210 / Num. obs: 22360 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 14.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.342 / % possible all: 75.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 4GLF Resolution: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 6.126 / SU ML: 0.091 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.136 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.303 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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