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万見
- PDB-4gle: SacUVDE in complex with 6-4PP-containing DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gle
タイトルSacUVDE in complex with 6-4PP-containing DNA
要素
  • 5'-D(*CP*GP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*GP*TP*CP*CP*(64T)P*(5PY)P*GP*AP*CP*GP*AP*CP*G)-3'
  • UV damage endonuclease
キーワードHYDROLASE/DNA / TIM barrel / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素 / response to UV / nucleotide-excision repair / endonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
UV-endonuclease UvdE / UV-endonuclease UvdE / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / UV damage endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Meulenbroek, E.M. / Peron Cane, C. / Jala, I. / Iwai, S. / Moolenaar, G.F. / Goosen, N. / Pannu, N.S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: UV damage endonuclease employs a novel dual-dinucleotide flipping mechanism to recognize different DNA lesions.
著者: Meulenbroek, E.M. / Peron Cane, C. / Jala, I. / Iwai, S. / Moolenaar, G.F. / Goosen, N. / Pannu, N.S.
履歴
登録2012年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月26日Group: Database references
改定 1.22013年2月6日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*CP*GP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*CP*CP*(64T)P*(5PY)P*GP*AP*CP*GP*AP*CP*G)-3'
A: UV damage endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0745
ポリマ－44,8823
非ポリマー1922
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area16920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.200, 112.510, 153.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*TP*CP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3'


分子量: 4594.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*TP*CP*CP*(64T)P*(5PY)P*GP*AP*CP*GP*AP*CP*G)-3'


分子量: 4587.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 UV damage endonuclease


分子量: 35698.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
遺伝子: uvdE, Saci_1096 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4J9T1, 加水分解酵素
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30% PEG2000 MME, 100 mM acetate buffer, pH 4.6, 200 mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月12日
放射モノクロメーター: Diamond(001) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→52.834 Å / Num. all: 14055 / Num. obs: 14041 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.832 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0024精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TC3

3tc3


解像度: 2.7→52.834 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 13.216 / SU ML: 0.261 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.763 / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26184 698 5 %RANDOM
Rwork0.19139 ---
all0.19475 13316 --
obs0.19475 13316 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.704 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.2 Å2-0 Å20 Å2
2---1.3 Å2-0 Å2
3---4.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→52.834 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2353 609 10 4 2976
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0173086
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5691.7944287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2713.0016231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1895291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.24424.464112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.81115469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.7671516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023014
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02687
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 44 -
Rwork0.327 945 -
obs--98.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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