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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4glc | ||||||||||||||||||||
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タイトル | DNA dodecamer containing 5-hydroxymethyl-cytosine | ||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / B-DNA dodecamer / epigenetics / 5-hydroxymethyl cytosine | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | Synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Spingler, B. / Renciuk, D. / Vorlickova, M. | ![]() ![]() タイトル: Crystal structures of B-DNA dodecamer containing the epigenetic modifications 5-hydroxymethylcytosine or 5-methylcytosine. 著者: Renciuk, D. / Blacque, O. / Vorlickova, M. / Spingler, B. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 23.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 14.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 385.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 386.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3693.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 7 詳細: 0.04M sodium cacodylate buffer, 0.08M sodium chloride, 0.012M spermine tetra hydrochloride, 30% MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月9日 |
放射 | モノクロメーター: BARTELS MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00067 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.831→41.6 Å / Num. obs: 6201 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.68 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rsym value: 0.021 / Net I/σ(I): 24.06 |
反射 シェル | 解像度: 1.831→1.94 Å / 冗長度: 3.62 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Mean I/σ(I) obs: 6.65 / % possible all: 96.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1DPN 解像度: 1.831→35.2 Å / Num. parameters: 2123 / Num. restraintsaints: 2406 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 528.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.831→35.2 Å
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拘束条件 |
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