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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gji | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Pseudomonas stutzeri L-rhamnose isomerase mutant H101N in complex with L-rhamnopyranose | ||||||
![]() | L-rhamnose isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / Tim Barrel / Sugar binding / Metal binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-rhamnose isomerase activity / L-lyxose metabolic process / rhamnose catabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yoshida, H. / Kamitori, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of l-rhamnose isomerase in complex with l-rhamnopyranose demonstrates the sugar-ring opening mechanism and the role of a substrate sub-binding site. 著者: Yoshida, H. / Yoshihara, A. / Teraoka, M. / Yamashita, S. / Izumori, K. / Kamitori, S. #1: ![]() タイトル: The structures of L-rhamnose isomerase from Pseudomonas stutzeri in complexes with L-rhamnose and D-allose provide insights into broad substrate specificity. 著者: Yoshida, H. / Yamada, M. / Ohyama, Y. / Takada, G. / Izumori, K. / Kamitori, S. #2: ![]() タイトル: Catalytic reaction mechanism of Pseudomonas stutzeri L-rhamnose isomerase deduced from X-ray structures. 著者: Yoshida, H. / Yamaji, M. / Ishii, T. / Izumori, K. / Kamitori, S. #3: ![]() タイトル: Elucidation of the role of Ser329 and the C-terminal region in the catalytic activity of Pseudomonas stutzeri L-rhamnose isomerase. 著者: Yoshida, H. / Takeda, K. / Izumori, K. / Kamitori, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 379.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 303.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 517.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 532.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 78.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 118.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 47980.570 Da / 分子数: 4 / 断片: TIM barrel / 変異: D150N, H101N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: L-RhI / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-糖 , 3種, 11分子 ![](data/chem/img/RNS.gif)
![](data/chem/img/RAM.gif)
![](data/chem/img/RM4.gif)
![](data/chem/img/RAM.gif)
![](data/chem/img/RM4.gif)
#2: 糖 | ChemComp-RNS / #3: 糖 | ChemComp-RAM / #5: 糖 | |
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-非ポリマー , 2種, 1974分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-MN / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | RM4 501 AND RNS 502 ARE IN ALTERNATE CONFORMATI |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 7-8% (w/v) PEG 20000, 50mM MES pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月17日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 182769 / Num. obs: 182769 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 9074 / % possible all: 97.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2HCV 解像度: 1.7→31.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 157137.35 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.0989 Å2 / ksol: 0.391326 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→31.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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