PDB-4gik: Crystal Structure of Pseudouridine Monophosphate Glycosidase/Line...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gik

タイトル

Crystal Structure of Pseudouridine Monophosphate Glycosidase/Linear R5P Adduct

要素

Pseudouridine-5'-phosphate glycosidase

キーワード

HYDROLASE / alpha-beta-alpha sandwich fold

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleobase catabolic process / pseudouridylate synthase / pseudouridylate synthase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / manganese ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.187 Å

データ登録者

Huang, S. / Mahanta, N. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Pseudouridine monophosphate glycosidase: a new glycosidase mechanism.
著者: Huang, S. / Mahanta, N. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2012年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月2日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gik.cif.gz	186.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gik.ent.gz	145.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gik.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gik_validation.pdf.gz	465.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gik_full_validation.pdf.gz	477.7 KB	表示
XML形式データ	4gik_validation.xml.gz	36.6 KB	表示
CIF形式データ	4gik_validation.cif.gz	51.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/4gik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/4gik	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gijC 4gilC 4gimC 1vkmS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4gil-d 4gim-d 4gij-d 1vkm-1 4gvs-d 3me1-d 3x1g-1 3eh1-d 3we7-d 4ex8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pseudouridine-5'-phosphate glycosidase

B: Pseudouridine-5'-phosphate glycosidase

C: Pseudouridine-5'-phosphate glycosidase

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.347, 116.496, 132.153
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pseudouridine-5'-phosphate glycosidase / pseudouridine monophosphate glycosidase / PsiMP glycosidase 分子量: 35623.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: b2165, JW2152, psuG, yeiN / プラスミド: THT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P33025, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素
#2: 糖	ChemComp-R5P / RIBOSE-5-PHOSPHATE タイプ: saccharide / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₁O₈P
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.33 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 22% PEG4000, 0.1 M Tris, 0.2 M sodium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月8日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.187→50 Å / Num. all: 49764 / Num. obs: 49152 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 7.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.187-2.28	4	0.47	1	99.9
2.28-2.37	4.1	0.375	1	99.9
2.37-2.48	4.1	0.318	1	100
2.48-2.61	4.1	0.239	1	100
2.61-2.77	4	0.178	1	100
2.77-2.99	4	0.132	1	100
2.99-3.29	4	0.099	1	99.9
3.29-3.76	4	0.073	1	99.9
3.76-4.74	3.9	0.049	1	99.6
4.74-50	3.8	0.03	1	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VKM

1vkm

解像度: 2.187→41.204 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.6 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2313	2532	5.15 %
R_work	0.1792	-	-
obs	0.1819	49141	98.73 %
all	-	49764	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.404 Å² / k_sol: 0.321 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	13.1086 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-8.4708 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.6379 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.187→41.204 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6555	0	42	322	6919

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6711
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.178	9146
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.134	2350
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1139
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1179

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1867-2.2288	0.3302	107	0.2282	2064	X-RAY DIFFRACTION	80
2.2288-2.2743	0.3083	136	0.2109	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2743-2.3237	0.258	156	0.2034	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3237-2.3778	0.2828	141	0.2021	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3778-2.4372	0.2765	145	0.2206	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4372-2.5031	0.2827	126	0.2226	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5031-2.5767	0.2912	154	0.205	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5767-2.6599	0.2821	136	0.2048	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6599-2.755	0.2745	147	0.192	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.755-2.8652	0.2546	151	0.1925	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8652-2.9956	0.264	126	0.19	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9956-3.1535	0.2426	128	0.1882	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1535-3.351	0.2751	155	0.1878	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
3.351-3.6096	0.2508	116	0.1869	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6096-3.9725	0.184	159	0.1597	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9725-4.5467	0.1902	154	0.1397	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5467-5.726	0.1966	153	0.1501	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
5.726-41.2109	0.1793	142	0.1736	2795	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1696	1.0609	0.386	5.3644	-1.0253	1.8133	-0.0522	0.1215	-0.1257	-0.7527	-0.0206	0.0655	0.0872	-0.1996	0.076	0.187	0.0121	-0.0476	0.2591	-0.0131	0.2213	15.4118	-19.4345	-23.9739
2	0.9512	0.2198	0.5285	2.1472	0.083	1.4699	0.0394	0.1707	-0.1602	-0.2283	-0.0035	-0.1342	-0.0301	0.245	0.0049	0.083	0.0156	0.011	0.1894	-0.006	0.1578	29.4661	-19.6311	-12.5667
3	0.2741	0.4128	0.2912	1.0724	0.0861	0.5824	-0.1032	-0.4821	-0.0054	0.3633	-0.2323	0.8997	-0.0174	-0.6138	0.1261	0.2388	-0.0034	0.1506	0.4071	-0.1111	0.4256	11.9569	-7.1711	20.1385
4	2.5813	-0.756	0.0958	3.9682	1.5886	4.5072	0.1224	-0.3423	0.0899	0.6438	0.4581	-0.5771	0.6387	0.7903	-0.531	0.4677	0.1009	-0.0373	0.482	-0.0914	0.3006	30.2462	-7.4902	25.9609
5	0.9348	-0.0682	-0.5054	2.6094	1.7791	3.3711	-0.2207	-0.246	-0.1956	0.8631	0.1551	0.0216	0.6934	0.2289	0.0939	0.3494	0.0872	0.0739	0.3087	0.0392	0.2619	24.6964	-14.2574	19.0265
6	0.6076	-0.3397	0.3186	2.583	0.4572	1.9998	-0.0778	-0.0605	0.0198	0.0171	0.0087	0.0742	-0.1857	0.0415	0.0677	0.1028	-0.0059	0.0029	0.1742	-0.024	0.1505	28.1994	-6.915	7.9433
7	1.4711	0.0819	-0.3623	2.953	0.7543	3.2245	-0.029	-0.1621	0.275	0.0003	0.0775	-0.1225	-0.7116	0.2844	-0.0307	0.3061	-0.0541	-0.0394	0.1936	-0.0112	0.1742	31.1759	8.2414	10.2065
8	6.4438	0.0969	3.3019	3.724	0.2072	6.4371	-0.0112	-0.2358	0.404	0.1177	-0.0113	-0.2765	-0.2312	0.3665	-0.0267	0.2462	-0.0592	0.0693	0.2825	-0.0375	0.1765	32.6164	6.9083	16.2938
9	3.3407	1.4378	1.0072	2.3908	0.5401	2.6902	-0.0679	-0.2899	0.0329	0.1886	0.1707	-0.5707	-0.0301	0.6824	-0.1035	0.1717	0.0177	-0.0536	0.4678	-0.0679	0.3332	47.9601	-8.1553	13.3887
10	8.4967	-2.207	0.5741	4.3088	0.2446	4.0296	-0.0425	-0.7707	0.217	0.3744	0.1422	-0.0798	-0.1774	0.0016	-0.0825	0.2742	0.016	0.0059	0.2256	-0.0197	0.1353	28.0378	4.1651	22.9428
11	0.7099	-0.9303	0.5849	1.4388	-0.6379	2.166	-0.2402	0.1433	0.2788	-0.5874	-0.0724	0.2473	-1.3224	-0.1077	0.2086	1.0308	0.1721	-0.3011	0.1616	0.0221	0.39	17.1714	22.8694	-7.8541
12	0.5007	-0.0987	0.4344	0.6231	0.0952	1.5389	-0.2267	0.3284	0.3913	-0.4909	0.1163	-0.0822	-1.0346	0.3418	0.1268	0.7743	-0.1574	-0.0787	0.0104	0.269	-0.0104	28.5025	12.58	-19.0524

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 6:104)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 105:311)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resseq 5:30)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 31:58)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 59:98)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 99:155)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 156:224)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 225:244)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 245:283)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 284:311)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resseq 6:123)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resseq 124:311)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)