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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gi5 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of a Putative quinone reductase from Klebsiella pneumoniae (Target PSI-013613) | ||||||
![]() | quinone reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Quinone reductase / Protein structure initiative / FAD bound / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumar, P.R. / Ahmed, M. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Gizzi, A. / Glen, S. / Hammonds, J. ...Kumar, P.R. / Ahmed, M. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Gizzi, A. / Glen, S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J.D. / Seidel, R. / Stead, M. / Toro, R. / Washington, E. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a quinone reductase from Klebsiella pneumoniae with bound FAD 著者: Kumar, P.R. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 106.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1017.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 31976.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MGH 78578 / 遺伝子: KPN78578_46790, KPN_04757 / プラスミド: pSGC / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 446分子 ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.54 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (0.2M NA2HPO4/KH2PO4, PH 6.2, 2.5M NACL - MCSG3 #6); Cryoprotection (Glycerol), Sitting Drop, Vapor Diffusion, temperature ...詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (0.2M NA2HPO4/KH2PO4, PH 6.2, 2.5M NACL - MCSG3 #6); Cryoprotection (Glycerol), Sitting Drop, Vapor Diffusion, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月14日 / 詳細: MIRRORS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 194318 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.542 / Net I/σ(I): 26.8979 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set site |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: A VERY LARGE POSITIVE DENSITY WAS SEEN ADJACENT TO THE FAD LIGANDS IN BOTH PROTEIN MONOMERS. THIS WAS INITIALLY MODELLED AS A BENZOIC ACID LIGAND (BEZ). THE EXACT IDENTITY OF THE ACTUAL ...詳細: A VERY LARGE POSITIVE DENSITY WAS SEEN ADJACENT TO THE FAD LIGANDS IN BOTH PROTEIN MONOMERS. THIS WAS INITIALLY MODELLED AS A BENZOIC ACID LIGAND (BEZ). THE EXACT IDENTITY OF THE ACTUAL LIGAND IN THE STRUCTURE IS UNKNOWN. IT IS A POSSIBLE EXPRESSION ARTIFACT AND HAS BEEN DENOTED AS UNKNOWN LIGAND (UNL). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 91.57 Å2 / Biso mean: 22.1059 Å2 / Biso min: 10.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→48.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.752→1.798 Å / Total num. of bins used: 20
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